Basic Information

Symbol
CXCL12
RNA class
mRNA
Alias
C-X-C Motif Chemokine Ligand 12 PBSF Stromal Cell-Derived Factor 1 SCYB12 TPAR1 SDF1 Pre-B Cell Growth-Stimulating Factor Chemokine (C-X-C Motif) Ligand 12 Intercrine Reduced In Hepatomas SDF-1a SDF-1b TLSF-A TLSF-B SDF1A SDF1B IRH C-X-C Motif Chemokine 12 HSDF-1 SDF-1 TLSF HIRH
Location (GRCh38)
10:44370165-44386493
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_199168.4
Sequence length
1928.0 nt
GC content
0.4751

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-613.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -647.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 482.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000609.7 NCBI
GCCGCACUUUCACUCUCCGUCAGCCGCAUUGCCCGCUCGGCGUCCGGCC… 3537 nt 0.4758
NM_001033886.2 NCBI
GCCGCACUUUCACUCUCCGUCAGCCGCAUUGCCCGCUCGGCGUCCGGCC… 524 nt 0.5573
NM_001178134.2 NCBI
GCCGCACUUUCACUCUCCGUCAGCCGCAUUGCCCGCUCGGCGUCCGGCC… 1197 nt 0.4637
NM_001277990.2 NCBI
GCCGCACUUUCACUCUCCGUCAGCCGCAUUGCCCGCUCGGCGUCCGGCC… 3127 nt 0.4759
NM_199168.4 NCBI
GCCGCACUUUCACUCUCCGUCAGCCGCAUUGCCCGCUCGGCGUCCGGCC… 1928 nt 0.4751
Summary

This antimicrobial gene encodes a stromal cell-derived alpha chemokine member of the intercrine family. The encoded protein functions as the ligand for the G-protein coupled receptor, chemokine (C-X-C motif) receptor 4, and plays a role in many diverse cellular functions, including embryogenesis, immune surveillance, inflammation response, tissue homeostasis, and tumor growth and metastasis. Mutations in this gene are associated with resistance to human immunodeficiency virus type 1 infections. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2014]

Forensic Context

A study in human corpus cavernosum tissue demonstrated that CXCL12 is a gene marker for endothelial cell subcluster EC2 and is highly expressed in this subcluster [Zhao et al. DOI:10.1038/s41467-022-31950-9]. In a separate study in Tibetan and Bama pigs, CXCL12 was uniquely upregulated in the skeletal muscle of cold-exposed Bama pigs, identifying it as a gene marker for immune/inflammatory response [Yang et al. DOI:10.3390/ijms24087431]. A study in rats demonstrated that sarin-induced seizure led to a significant and sustained down-regulation of the CXCL12 in the piriform cortex at all measured time points (0.25, 1, 3, 6, and 24 hours) post-seizure onset, as identified through microarray analysis [Spradling et al. DOI:10.1186/1742-2094-8-83].