Basic Information

Symbol
CXCL16
RNA class
mRNA
Alias
C-X-C Motif Chemokine Ligand 16 SR-PSOX SRPSOX CXCLG16 Scavenger Receptor For Phosphatidylserine And Oxidized Low Density Lipoprotein Chemokine (C-X-C Motif) Ligand 16 Transmembrane Chemokine CXCL16 Small-Inducible Cytokine B16 C-X-C Motif Chemokine 16 CXC Chemokine Ligand 16 SCYB16
Location (GRCh38)
17:4733533-4739934
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001386809.1
Sequence length
2324.0 nt
GC content
0.5736

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-865.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -902.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 790.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((.(....)))))).)).))))))(((.(((((((..((((.(((........))).)))).((((((......((((.((..((((((((((((((((.((((((((((((.......(((..(((((.((((((((.((((.((...)).(((((((...))).)))))))).)))).(((((.((((((...((.((((......)))).))...)))))))))))(((((((((((...(((((.(((((((((((((.....((......)))))))))).(((((...(((....)))..)))))..).))))))))).)))).))))))))))).)))))..))))))))))).)))).((((.(((...(((.((((((..((((.(((.(((.((..(((((...(.(((...((((((.((((((((............(((((((((.(((((.((...(((.(.(((....)))...).)))...))..)))))...)).)))))))..((((((((((..(((((((((.((..(((((...((((((((.(((((((...(((.((.(.(((((((((.....)))))))))).)))))..))))).))...(((.((....)).)))...)))))(((((((.(((.(((..((((((.(((.....(((((..(((.((.......)).)))..)))))(((((.(((....(((((((.....)))))))....)))(((((((..((.(((...(((.((((.((....(((((..(((((((((..((((...((((.((.((.(((((((....(((((....)))))((((((((.((((((((((...(((...)))....))))).)))))...((((...((((.......((((......))))))))...)))).))))))))..(((((.((((((((((...((((..............((((((.((((.((((....((((((((.........................(((((....))))).((((...(((....)))))))...((((.......)))).))))))))..))))...)))).))))))))))((((.(((((..(((..(((((((..........((((......))))((((((....((....))....)))))).(((....)))......((((.(((((..((((((.(........).))))))...))))).))))((((((.((..(.((((((((((..((..((.(((((((.........)))).)))...(((........)))(((....)))..))..))..))))).))))))..)))))))).))))))).)))..))))).))))..(((((((((.((((((........)))))).)))))))))((((.................)))).........(((((.....)))))..((.((....))))..)))))))))).)))))..............((((.........))))....(((((..((((((((((..(((..(((((((............))))))).)))..((...((((((((....))))))))...))..))))))))))..)))))(((((((((.((....)))).)))))))..((((.((((.((((.....(((.......))).....))))..((((((((......((((.....))))...))))))))...................)))).))))..((((((.((((((((...)))))..........))).))))))..))))).)))).)))))).)))).)))))))))....))))))).)))))))...))).))..).)))))).............(((((((.....))))))))))))((((....))))......(((....)))..)))))))))..))).))))))))))........))).)))))..)).))))))......)))..))))))).))))))))))).))))))...)))).)))))..)))))...)))..))))..........)))))).)))...))).))))...........))))))))...))))).)))..)).))))......)))))))))))))..)))......(((((((((.((((..((....))..))))..)))))))))....................((((((..........))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((((.(....)))))).)).))))))(((.(((((((({((((.({,........||),)))},((((((......((((.((..((((((((((((((((.({{{{((((({(,......(((..(((((.((((((((.((((,{(...}}.(((((((...))).)))))))).)))).((({((((((((...((.((((......)))).))...)))))))))))(((((((((((...(((((.(((({(((({{{{.....((......))))))}})).(((((,,,{{{...,)))..)))))..}.))))))))).)))).))))))))))).)))))..)))}}}))))),)))).((((.(((...(((.((((((,.((((.(((.(((.((..(((((...(.(((...((((((.((((((((,..,.,,.....((((((({(.{((((,{,..{(({.|.(((....)))...).)))...,),,)))})...})})))))))..((((((((((..(((((((((.((..(((((.,,(((((({{,{((({((,,.{{{.{|||.(((((({((,,,..}}}}}})))}||||}||.||}}},||,..,}},||.}}.}}.}},,..|}}}}{((((((.(((.(((..((((((.(((,,..,(((((,,{({.,{.,,,...||,|}}.,))}}}|||,,.(((....(((((((.....)))))))....)))..{{{{(.{{{,{....|,.||}}||}.....||||{||||||{{{{({{{{....},))))).}||||||((((.....((((,,,.{(({,{((({.,,({((((((((((...(((...}))....))))).))))).}}((((..{((((.......((((......)))),.....|||||{,..,,|||..{|,,,.|||||||||{{{,.,,|....,,,,,,,,),|{..||,|}}})}||,..,}||,|{,||}}.....}}.}}}}}},}},,,,},||||...,||||},.||||,..(((....)))||}}.,,(({,.....,.}}||,,|}}}|||{{{{{{,..|||||||||||{(({(({(((((({..(((,.{{{((((,,.......|{||{|||,..}}||((((({....{{,.,,}}},..)}}))),||{....))),.....,{,,.(((((..((((((.(........).))))))...))))){||||((((((.,{,,{|(({{{{|{{{,},,,||{||||.........}}}.||))|}.,|{.(((........)))|||,,..}}}..,}}|}|,.}}}}},)}}}}},,||}}}}}}{|||||,,.|||..,,,,{({|{(..(((((((((.((((((........)))))).))))))))).|}|.}}}.....,,.,..))))))..,.||,..,{{{{|...,},|||{|((......{||||{{{((|||||,...||||.........,,,.,||,,,,.......,{{|,{{{|.,,{{.{(((({(({,..,{{..((((({{.,,...,.,.}.})))))).}},..{{...||,,,{{{..{{((({{{||...)))})))),)),))))}})}},||||||||.||...,||||.}}}||}|{{{{{..||{|,||||...,,|||,.....,))),,,,.)))|,{((((((((......(((|.....)}}}...)))))))}.........,,...,,,,,}))}.}}}}}}.||,,,.|}}|,((((((((({{{(,.{{.{{{{.(((((((.......))}))))),,(((((......)))))....})).})}})..)))).)))))),)}))))}}})..,,}}},},}},}}}||{{{{{.,,|,}}}}},}}}}},{|||,,.,)))},,,,}}|||,.,,)}}..,))))))))..))).))))))))))........})).)))))..)).))))))......)))..))))))).))))))))))).)))))),..)))).)))))..)))))...)))..)))).},,,,.,..)))))).)))...))).))))...........))))))))...))))).)))..)).))))......)))))))))))))..))).......{,(((((.,.((,,..{,,,,||.,|,||..||..,,,........}}.........,,.||||||...,,.....},}},}.}}}}},...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001100812.2 NCBI
GGUGCGUCCGCGGGUGGCUGCCCCGCAGGUGCGCGCGGCCGGGGCUGGC… 1451 nt 0.6251
NM_001386809.1 NCBI
GGUGCGUCCGCGGGUGGCUGCCCCGCAGGUGCGCGCGGCCGGGGCUGGC… 2324 nt 0.5736
Summary

Enables chemokine activity. Involved in several processes, including positive regulation of cell growth; response to tumor necrosis factor; and response to type II interferon. Located in extracellular space. Biomarker of COVID-19 and systemic scleroderma. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CXCL16 gene was upregulated in the neocortex, striatum, and corpus callosum-external capsule at 2 days post-traumatic brain injury [Kounelis-Wuillaume et al. DOI:10.1177/08977151251390528].