Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001386809.1

Sequence Length

2324 nt

GC Content

0.5736

GGUGCGUCCGCGGGUGGCUGCCCCGCAGGUGCGCGCGGCCGGGGCUGGCGGCGACUCUCUCCACCGGGCCGCCCGGGAGGCUCAUGCAGCGCGGCUGGGUCCCGCGGCGCCCGGAUCGGGGAAGUGAAAGUGCCUCGGAGGAGGAGGGCCGGUCCGGCAGUGCAGCCGCCUCACAGGUCGGCGGACGGGCCAGGCGGGCGGCCUCCUGAACCGAACCGAAUCGGCUCCUCGGGCCGUCGUCCUCCCGCCCCUCCUCGCCCGCCGCCGGAGUUUUCUUUCGGUUUCUUCCAAGAUUCCUGGCCUUCCCUCGACGGAGCCGGGCCCAGUGCGGGGGCGCAGGGCGCGGGAGCUCCACCUCCUCGGCUUUCCCUGCGUCCAGAGGCUGGCAUGGCGCGGGCCGAGUACUGAGCGCACGGUCGGGGCACAGCAGGGCCGGGGGGUGCAGCUGGCUCGCGCCUCCUCUCCGGCCGCCGUCUCCUCCGGUCCCCGGCGAAAGCCAUUGAGACACCAGCUGGACGUCACGCGCCGGAGCAUGUCUGGGAGUCAGAGCGAGGUGGCUCCAUCCCCGCAGAGUCCGCGGAGCCCCGAGAUGGGACGGGACUUGCGGCCCGGGUCCCGCGUGCUCCUGCUCCUGCUUCUGCUCCUGCUGGUGUACCUGACUCAGCCAGGCAAUGGCAACGAGGGCAGCGUCACUGGAAGUUGUUAUUGUGGUAAAAGAAUUUCUUCCGACUCCCCGCCAUCGGUUCAGUUCAUGAAUCGUCUCCGGAAACACCUGAGAGCUUACCAUCGGUGUCUAUACUACACGAGGUUCCAGCUCCUUUCCUGGAGCGUGUGUGGGGGCAACAAGGACCCAUGGGUUCAGGAAUUGAUGAGCUGUCUUGAUCUCAAAGAAUGUGGACAUGCUUACUCGGGGAUUGUGGCCCACCAGAAGCAUUUACUUCCUACCAGCCCCCCAAUUUCUCAGGCCUCAGAGGGGGCAUCUUCAGAUAUCCACACCCCUGCCCAGAUGCUCCUGUCCACCUUGCAGUCCACUCAGCGCCCCACCCUCCCAGUAGGAUCACUGUCCUCGGACAAAGAGCUCACUCGUCCCAAUGAAACCACCAUUCACACUGCGGGCCACAGUCUGGCAGCUGGGCCUGAGGCUGGGGAGAACCAGAAGCAGCCGGAAAAAAAUGCUGGUCCCACAGCCAGGACAUCAGCCACAGUGCCAGUCCUGUGCCUCCUGGCCAUCAUCUUCAUCCUCACCGCAGCCCUUUCCUAUGUGCUGUGCAAGAGGAGGAGGGGGCAGUCACCGCAGUCCUCUCCAGAUCUGCCGGUUCAUUAUAUACCUGUGGCACCUGACUCUAAUACCUGAGCCAAGAAUGGAAGCUUGUGAGGAGACGGACUCUAUGUUGCCCAGGCUGUUAUGGAACUCCUGAGUCAAGUGAUCCUCCCACCUUGGCCUCUGAAGGUGCGAGGAUUAUAGGCGUCACCUACCACAUCCAGCCUACACGUAUUUGUUAAUAUCUAACAUAGGACUAACCAGCCACUGCCCUCUCUUAGGCCCCUCAUUUAAAAACGGUUAUACUAUAAAAUCUGCUUUUCACACUGGGUGAUAAUAACUUGGACAAAUUCUAUGUGUAUUUUGUUUUGUUUUGCUUUGCUUUGUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCAUCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCGGCUCACUGCAACCCCCAUCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCUCACCACCACACCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGACCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUGGUGAUCUGCCCACCCAGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAAAGGUGUGAGCCACCAUGCCUGGCCCUAUGUGUGUUUUUUAACUACUAAAAAUUAUUUUUGUAAUGAUUGAGUCUUCUUUAUGGAAACAACUGGCCUCAGCCCUUGCGCCCUUACUGUGAUUCCUGGCUUCAUUUUUUGCUGAUGGUUCCCCCUCGUCCCAAAUCUCUCUCCCAGUACACCAGUUGUUCCUCCCCCACCUCAGCCCUCUCCUGCAUCCUCCUGUACCCGCAGCGAAGGCCUGGGCUUUCCCACCCUCCCUCCUUAGCAGGUGCCGUGCUGGGACACCAUACGGGUUGGUUUCACCUCCUCAGUCCCUUGCCUACCCCAGUGAGAGUCUGAUCUUGUUUUUAUUGUUAUUGCUUUUAUUAUUAUUGCUUUUAUUAUCAUUAAAACUCUAGUUCUUGUUUUGUCUCUCCGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-865.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -902.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 790.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((((((.(....)))))).)).))))))(((.(((((((..((((.(((........))).)))).((((((......((((.((..((((((((((((((((.((((((((((((.......(((..(((((.((((((((.((((.((...)).(((((((...))).)))))))).)))).(((((.((((((...((.((((......)))).))...)))))))))))(((((((((((...(((((.(((((((((((((.....((......)))))))))).(((((...(((....)))..)))))..).))))))))).)))).))))))))))).)))))..))))))))))).)))).((((.(((...(((.((((((..((((.(((.(((.((..(((((...(.(((...((((((.((((((((............(((((((((.(((((.((...(((.(.(((....)))...).)))...))..)))))...)).)))))))..((((((((((..(((((((((.((..(((((...((((((((.(((((((...(((.((.(.(((((((((.....)))))))))).)))))..))))).))...(((.((....)).)))...)))))(((((((.(((.(((..((((((.(((.....(((((..(((.((.......)).)))..)))))(((((.(((....(((((((.....)))))))....)))(((((((..((.(((...(((.((((.((....(((((..(((((((((..((((...((((.((.((.(((((((....(((((....)))))((((((((.((((((((((...(((...)))....))))).)))))...((((...((((.......((((......))))))))...)))).))))))))..(((((.((((((((((...((((..............((((((.((((.((((....((((((((.........................(((((....))))).((((...(((....)))))))...((((.......)))).))))))))..))))...)))).))))))))))((((.(((((..(((..(((((((..........((((......))))((((((....((....))....)))))).(((....)))......((((.(((((..((((((.(........).))))))...))))).))))((((((.((..(.((((((((((..((..((.(((((((.........)))).)))...(((........)))(((....)))..))..))..))))).))))))..)))))))).))))))).)))..))))).))))..(((((((((.((((((........)))))).)))))))))((((.................)))).........(((((.....)))))..((.((....))))..)))))))))).)))))..............((((.........))))....(((((..((((((((((..(((..(((((((............))))))).)))..((...((((((((....))))))))...))..))))))))))..)))))(((((((((.((....)))).)))))))..((((.((((.((((.....(((.......))).....))))..((((((((......((((.....))))...))))))))...................)))).))))..((((((.((((((((...)))))..........))).))))))..))))).)))).)))))).)))).)))))))))....))))))).)))))))...))).))..).)))))).............(((((((.....))))))))))))((((....))))......(((....)))..)))))))))..))).))))))))))........))).)))))..)).))))))......)))..))))))).))))))))))).))))))...)))).)))))..)))))...)))..))))..........)))))).)))...))).))))...........))))))))...))))).)))..)).))))......)))))))))))))..)))......(((((((((.((((..((....))..))))..)))))))))....................((((((..........))))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((((((((.(....)))))).)).))))))(((.(((((((({((((.({,........||),)))},((((((......((((.((..((((((((((((((((.({{{{((((({(,......(((..(((((.((((((((.((((,{(...}}.(((((((...))).)))))))).)))).((({((((((((...((.((((......)))).))...)))))))))))(((((((((((...(((((.(((({(((({{{{.....((......))))))}})).(((((,,,{{{...,)))..)))))..}.))))))))).)))).))))))))))).)))))..)))}}}))))),)))).((((.(((...(((.((((((,.((((.(((.(((.((..(((((...(.(((...((((((.((((((((,..,.,,.....((((((({(.{((((,{,..{(({.|.(((....)))...).)))...,),,)))})...})})))))))..((((((((((..(((((((((.((..(((((.,,(((((({{,{((({((,,.{{{.{|||.(((((({((,,,..}}}}}})))}||||}||.||}}},||,..,}},||.}}.}}.}},,..|}}}}{((((((.(((.(((..((((((.(((,,..,(((((,,{({.,{.,,,...||,|}}.,))}}}|||,,.(((....(((((((.....)))))))....)))..{{{{(.{{{,{....|,.||}}||}.....||||{||||||{{{{({{{{....},))))).}||||||((((.....((((,,,.{(({,{((({.,,({((((((((((...(((...}))....))))).))))).}}((((..{((((.......((((......)))),.....|||||{,..,,|||..{|,,,.|||||||||{{{,.,,|....,,,,,,,,),|{..||,|}}})}||,..,}||,|{,||}}.....}}.}}}}}},}},,,,},||||...,||||},.||||,..(((....)))||}}.,,(({,.....,.}}||,,|}}}|||{{{{{{,..|||||||||||{(({(({(((((({..(((,.{{{((((,,.......|{||{|||,..}}||((((({....{{,.,,}}},..)}}))),||{....))),.....,{,,.(((((..((((((.(........).))))))...))))){||||((((((.,{,,{|(({{{{|{{{,},,,||{||||.........}}}.||))|}.,|{.(((........)))|||,,..}}}..,}}|}|,.}}}}},)}}}}},,||}}}}}}{|||||,,.|||..,,,,{({|{(..(((((((((.((((((........)))))).))))))))).|}|.}}}.....,,.,..))))))..,.||,..,{{{{|...,},|||{|((......{||||{{{((|||||,...||||.........,,,.,||,,,,.......,{{|,{{{|.,,{{.{(((({(({,..,{{..((((({{.,,...,.,.}.})))))).}},..{{...||,,,{{{..{{((({{{||...)))})))),)),))))}})}},||||||||.||...,||||.}}}||}|{{{{{..||{|,||||...,,|||,.....,))),,,,.)))|,{((((((((......(((|.....)}}}...)))))))}.........,,...,,,,,}))}.}}}}}}.||,,,.|}}|,((((((((({{{(,.{{.{{{{.(((((((.......))}))))),,(((((......)))))....})).})}})..)))).)))))),)}))))}}})..,,}}},},}},}}}||{{{{{.,,|,}}}}},}}}}},{|||,,.,)))},,,,}}|||,.,,)}}..,))))))))..))).))))))))))........})).)))))..)).))))))......)))..))))))).))))))))))).)))))),..)))).)))))..)))))...)))..)))).},,,,.,..)))))).)))...))).))))...........))))))))...))))).)))..)).))))......)))))))))))))..))).......{,(((((.,.((,,..{,,,,||.,|,||..||..,,,........}}.........,,.||||||...,,.....},}},}.}}}}},...