Basic Information

Symbol
DDR1
RNA class
mRNA
Alias
Discoidin Domain Receptor Tyrosine Kinase 1 RTK6 CD167 EDDR1 NTRK4 PTK3A CAK NEP Epithelial Discoidin Domain-Containing Receptor 1 CD167 Antigen-Like Family Member A Protein-Tyrosine Kinase RTK-6 Mammary Carcinoma Kinase 10 Tyrosine-Protein Kinase CAK Cell Adhesion Kinase Tyrosine Kinase DDR EC 2.7.10.1 HGK2 TRKE Neurotrophic Tyrosine Kinase, Receptor, Type 4 Discoidin Domain Receptor Family, Member 1 Epithelial Discoidin Domain Receptor 1 Discoidin Receptor Tyrosine Kinase PTK3A Protein Tyrosine Kinase 3A Neuroepithelial Tyrosine Kinase Protein-Tyrosine Kinase 3A CD167a Antigen EC 2.7.10 MCK-10 MCK10 TRK E PTK3 DDR
Location (GRCh38)
6:30876421-30900978
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001297654.2
Sequence length
3836.0 nt
GC content
0.6144

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1692.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1752.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 816.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001387896.1 NCBI
AUUUCUUCCCAGCGCUUCCAGCAGCCAGAGGCAGGCGCCCAAGCUCGCU… 3749 nt 0.6058
NM_001387897.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3923 nt 0.6128
NM_001387898.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 3706 nt 0.6074
NM_001387899.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 4008 nt 0.6125
NM_001387900.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3694 nt 0.6056
NM_001387901.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 4105 nt 0.6122
NM_001387902.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 3879 nt 0.6159
NM_001387903.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 4129 nt 0.6147
NM_001387904.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 3762 nt 0.6061
NM_001387905.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3601 nt 0.6021
Showing 11 to 20 of 37 entries
Summary

Receptor tyrosine kinases play a key role in the communication of cells with their microenvironment. These kinases are involved in the regulation of cell growth, differentiation and metabolism. The protein encoded by this gene belongs to a subfamily of tyrosine kinase receptors with homology to Dictyostelium discoideum protein discoidin I in their extracellular domain, and that are activated by various types of collagen. Expression of this protein is restricted to epithelial cells, particularly in the kidney, lung, gastrointestinal tract, and brain. In addition, it has been shown to be significantly overexpressed in several human tumors. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

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