Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387905.1
Sequence Length
3601 nt
GC Content
0.6021
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGGGAGAUGCUGCCCCCACCCCCUUAGGCCCGAGGGAUCAGGAGCUAUGGGACCAGAGGCCCUGUCAUCUUUACUGCUGCUGCUCUUGGUGGCAAGUGGAGAUGCUGACAUGAAGGGACAUUUUGAUCCUGCCAAGUGCCGCUAUGCCCUGGGCAUGCAGGACCGGACCAUCCCAGACAGUGACAUCUCUGCUUCCAGCUCCUGGUCAGAUUCCACUGCCGCCCGCCACAGCAGGUUGGAGAGCAGUGACGGGGAUGGGGCCUGGUGCCCCGCAGGGUCGGUGUUUCCCAAGGAGGAGGAGUACUUGCAGGUGGAUCUACAACGACUGCACCUGGUGGCUCUGGUGGGCACCCAGGGACGGCAUGCCGGGGGCCUGGGCAAGGAGUUCUCCCGGAGCUACCGGCUGCGUUACUCCCGGGAUGGUCGCCGCUGGAUGGGCUGGAAGGACCGCUGGGGUCAGGAGGUGAUCUCAGGCAAUGAGGACCCUGAGGGAGUGGUGCUGAAGGACCUUGGGCCCCCCAUGGUUGCCCGACUGGUUCGCUUCUACCCCCGGGCUGACCGGGUCAUGAGCGUCUGUCUGCGGGUAGAGCUCUAUGGCUGCCUCUGGAGGGAUGGACUCCUGUCUUACACCGCCCCUGUGGGGCAGACAAUGUAUUUAUCUGAGGCCGUGUACCUCAACGACUCCACCUAUGACGGACAUACCGUGGGCGGACUGCAGUAUGGGGGUCUGGGCCAGCUGGCAGAUGGUGUGGUGGGGCUGGAUGACUUUAGGAAGAGUCAGGAGCUGCGGGUCUGGCCAGGCUAUGACUAUGUGGGAUGGAGCAACCACAGCUUCUCCAGUGGCUAUGUGGAGAUGGAGUUUGAGUUUGACCGGCUGAGGGCCUUCCAGGCUAUGCAGGUCCACUGUAACAACAUGCACACGCUGGGAGCCCGUCUGCCUGGCGGGGUGGAAUGUCGCUUCCGGCGUGGCCCUGCCAUGGCCUGGGAGGGGGAGCCCAUGCGCCACAACCUAGGGGGCAACCUGGGGGACCCCAGAGCCCGGGCUGUCUCAGUGCCCCUUGGCGGCCGUGUGGCUCGCUUUCUGCAGUGCCGCUUCCUCUUUGCGGGGCCCUGGUUACUCUUCAGCGAAAUCUCCUUCAUCUCUGAUGUGGUGAACAAUUCCUCUCCGGCACUGGGAGGCACCUUCCCGCCAGCCCCCUGGUGGCCGCCUGGCCCACCUCCCACCAACUUCAGCAGCUUGGAGCUGGAGCCCAGAGGCCAGCAGCCCGUGGCCAAGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCAUCCUCAUCGGCUGCCUGGUGGCCAUCAUCCUGCUCCUGCUGCUCAUCAUUGCCCUCAUGCUCUGGCGGCUGCACUGGCGCAGGCUCCUCAGCAAGGCUGAACGGAGGGUGUUGGAAGAGGAGCUGACGGUUCACCUCUCUGUCCCUGGGGACACUAUCCUCAUCAACAACCGCCCAGGUCCUAGAGAGCCACCCCCGUACCAGGAGCCCCGGCCUCGUGGGAAUCCGCCCCACUCCGCUCCCUGUGUCCCCAAUGGCUCUGCCUACAGUGGGGACUAUAUGGAGCCUGAGAAGCCAGGCGCCCCGCUUCUGCCCCCACCUCCCCAGAACAGCGUCCCCCAUUAUGCCGAGGCUGACAUUGUUACCCUGCAGGGCGUCACCGGGGGCAACACCUAUGCUGUGCCUGCACUGCCCCCAGGGGCAGUCGGGGAUGGGCCCCCCAGAGUGGAUUUCCCUCGAUCUCGACUCCGCUUCAAGGAGAAGCUUGGCGAGGGCCAGUUUGGGGAGGUGCACCUGUGUGAGGUCGACAGCCCUCAAGAUCUGGUUAGUCUUGAUUUCCCCCUUAAUGUGCGUAAGGGACACCCUUUGCUGGUAGCUGUCAAGAUCUUACGGCCAGAUGCCACCAAGAAUGCCAGCUUCUCCUUGUUCUCCAGGAAUGAUUUCCUGAAAGAGGUGAAGAUCAUGUCGAGGCUCAAGGACCCAAACAUCAUUCGGCUGCUGGGCGUGUGUGUGCAGGACGACCCCCUCUGCAUGAUUACUGACUACAUGGAGAACGGCGACCUCAACCAGUUCCUCAGUGCCCACCAGCUGGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCCCCUGGGGACGGGCAGGCUGCGCAGGGGCCCACCAUCAGCUACCCAAUGCUGCUGCAUGUGGCAGCCCAGAUCGCCUCCGGCAUGCGCUAUCUGGCCACACUCAACUUUGUACAUCGGGACCUGGCCACGCGGAACUGCCUAGUUGGGGAAAAUUUCACCAUCAAAAUCGCAGACUUUGGCAUGAGCCGGAACCUCUAUGCUGGGGACUAUUACCGUGUGCAGGGCCGGGCAGUGCUGCCCAUCCGCUGGAUGGCCUGGGAGUGCAUCCUCAUGGGGAAGUUCACGACUGCGAGUGACGUGUGGGCCUUUGGUGUGACCCUGUGGGAGGUGCUGAUGCUCUGUAGGGCCCAGCCCUUUGGGCAGCUCACCGACGAGCAGGUCAUCGAGAACGCGGGGGAGUUCUUCCGGGACCAGGGCCGGCAGGUGUACCUGUCCCGGCCGCCUGCCUGCCCGCAGGGCCUAUAUGAGCUGAUGCUUCGGUGCUGGAGCCGGGAGUCUGAGCAGCGACCACCCUUUUCCCAGCUGCAUCGGUUCCUGGCAGAGGAUGCACUCAACACGGUGUGAAUCACACAUCCAGCUGCCCCUCCCUCAGGGAGCGAUCCAGGGGAAGCCAGUGACACUAAAACAAGAGGACACAAUGGCACCUCUGCCCUUCCCCUCCCGACAGCCCAUCACCUCUAAUAGAGGCAGUGAGACUGCAGGUGGGCUGGGCCCACCCAGGGAGCUGAUGCCCCUUCUCCCCUUCCUGGACACACUCUCAUGUCCCCUUCCUGUUCUUCCUUCCUAGAAGCCCCUGUCGCCCACCCAGCUGGUCCUGUGGAUGGGAUCCUCUCCACCCUCCUCUAGCCAUCCCUUGGGGAAGGGUGGGGAGAAAUAUAGGAUAGACACUGGACAUGGCCCAUUGGAGCACCUGGGCCCCACUGGACAACACUGAUUCCUGGAGAGGUGGCUGCGCCCCCAGCUUCUCUCUCCCUGUCACACACUGGACCCCACUGGCUGAGAAUCUGGGGGUGAGGAGGACAAGAAGGAGAGGAAAAUGUUUCCUUGUGCCUGCUCCUGUACUUGUCCUCAGCUUGGGCUUCUUCCUCCUCCAUCACCUGAAACACUGGACCUGGGGGUAGCCCCGCCCCAGCCCUCAGUCACCCCCACUUCCCACUUGCAGUCUUGUAGCUAGAACUUCUCUAAGCCUAUACGUUUCUGUGGAGUAAAUAUUGGGAUUGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCAUAGCCUUGGGGUUGGACAUCUCUAGUGUAGCUGCCACAUUGAUUUUUCUAUAAUCACUUGGGGUUUGUACAUUUUUGGGGGGAGAGACACAGAUUUUUACACUAAUAUAUGGACCUAGCUUGAGGCAAUUUUAAUCCCCUGCACUAGGCAGGUAAUAAUAAAGGUUGAGUUUUCCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1583.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1640.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 881.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((.(((((((((((........((.((...(((((....))))).)).))..........)))))))).)))(((((((((((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((......)))))).)))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.(........)))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((((......((((((.(((......)).).))))))..(((...(((((.(((((.((((..(((.(((((.((((((((..((.....))))))).))).)))))))).....))))))).)).))))))))...((((..((((((((....((((.(((((((((((((..(((........(((...))).(.((((((((.((....((((((((...((((.(((.(.((.((((.(.....(((((.(((((.(((((((.(((((.((.....(((((((.(((.....((.(((((((((.((...((((....))))....))((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((......((((((....((((((((((....(((((((....)))))))(((.((((((((((((..(((((....((..((.((.(.((((....((..(.((((((.........)))))).)..))....)))).))).))..))))))).))))))).))))).)))..((((......))))((((((((((((.(((((((((....)))))).)))..))))))))))))))))))))))((((((((((((.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).)))))).))).)))...........((((((((((((((.(((.((((.((...........)).))))...(((((((..((((((((((((((((((.(((............))))))(((((((((((.(((..............(((((((........)))))))......(((((........)))))..(((((((((((((......))..))))).))))))))).))))))))))).(((((.(((((.((.(.(((..((......))..))).))).)))..)).)))))(((((((((...)))))..)))))))))))).)))))))......)))))))((((((..((((((.......................))))))...))))))(((...(((......)).)....)))...(((((.......)))))...(((((.((((((((((..(((...))).....))))))).))).)))))..))).))))))).))))))).))))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))).))..)))))))))...))...))).)))))))(((((((....)))))))((((..((.((((((((((.(((....((((((.((.(..((((.......))))..)...))))))))))).))))))).))).)))))).((((((((((((((..(((((((.......))))))).....((((((.......))))))....((......))..))))))..))))))))(((.....))).....(((((....((((.((((......((((((....))))))...)))).))))..))).)))).)))))..))))).....((.((((((((.((((((((((.((..(((.((.((...(((.((((...........)))).)))..)))).)))..))))......)).)))))).)))))))).))...)))))))..))))).....).)))).))).))).)).)))))))))))).))))).))))..((((((.....))))))))).)))))))))))((((.(((((.(((((((..........(((((((.(((...(((((((.((.(((((((....((((((.........)).))))....))))..))).)).)).)))))..((((......)))).......))))))))))))))))).)))))))))(((((...)))))...((((((((..(((....(((((...((((........)))).(.(((((((...(((((..(((((.((((((.((....((((((((((.(((.((((...)))).((((......)))).((((.((((((((.(....).)))))..))))))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).)))..))((((((((...(((.(.((........))).)))...((((....)))))))))))).....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).)((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))))).)))).....))))))))..))))(((((((..(((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))).))))))))))).....((((((((....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...)))..)))))((((((.(((((......))))).).))))))))))).))))..))))).....))))).......)))))))..(((((((((.((((((((...(........)...))).)))))...))))))))).))..))))))))))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))).)))...))))...)))).)))).......)))).))))))))..)))))......(((.....)))..)).)))))))..((((((((((...(((.((.(((((.......)))))..)).)))...)))))...)))))((((((.....((((((((.............((((.(((((..(((............)))..))))))))).....))))))))...))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.{{.(((((((((((......,,({.{{.,,{{{{{,,.|))))}.)).)),,,,......}})))))),}))((((((((((,.,((((.((((((.{((((((((((((((((((((,.....))))))}}))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.{........}))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((({....,,((({((.,{{.....,}},),))||||{,{{({{.{{{||||,{{(|(({{..((({((((({(((((((({..({,{{{||,,,))}))).))||||||.{,.,|||}||}.}}.}}}))||{|{.{((({.(({(((({.{.,((((,({(({(((((((({{((,........,||}}}{((.((((,((,,,.(({(({(((((,((,...}},.|||}}}..}}}}}}}..}}))}}}}{((((({(((((((.((((,{,({({{,(((((((.(((.....((.(((((((((.((,,,(({{..,,))))....}|((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((...,..((((((,((((,(((((((({,,.(((((((....))))))),{|||,{.((((..((((((((........{((((...,......)))))(((((.((((((,(....,(((((.((((({.{{(.,{.,,,.((({((({((((((((((((((((((.,,..{((,....,.,||,{(((((((((((.(((((((((....))))))},))..))))))))))))),))))},))))))))))))){.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).},,,,.}},{{,((((.........)})),)},,|||,.,,,)}}}))).....}}}.{{((((.,....}.)))))}.}}}}}}})})))|)))))))))))......(((((((....)))))))..)))))))).,}}}}}}}}},.....((((((..(((((.(((.....,.(((((,({{,{..,(((...{|||(((((({((......))..))))).)))))))))})}))))).,..))).))))).)))))),,|||..||}.....}},.,|||(||.{{.,,{{{}||(((((((((((...))))}((((.(((((||.....{{((,(({.((((,...,,,,,(({.,,((((({.....}}}}}}...}}}}})},,))),}})),,,,}).}))))))))..,||||||},}||},..{{{{{...,,,,))))).,,|||{{.{{{(((((((..(((...))).....))))))).}}}.)))))|||....}})))))))),}))}})))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))...)))))))))...}}...))).)))))))|((((((....))))))},{(({.((.((((((((((.(((....((((((.,,.{..((((.......))))..},..}}))))))))).))))))).))).)}})},.{,,{{{{,||||||,}|||,|||}}}}}}}))))})},....,|||,,....,,{||||||...,)}}}}}},||,,||||||..},}|}}}}|||,,,.}))),.,.,,..,|||,|}|{{{((|({{,{{,((((((....))))))...|||(({{.{,||||{|,||{|,,},.,},||,..,{{.({(,(({((,.,||{||,|}|}||,.,||.|,..,.}}||{}||||}}}....,..})),)})))},)))),))},..))})}}}}}}},}))))),))))}))))},.,,,))))))|{(((((((((((.{.,|{|....,))}).))))))))).)).)).||{{|,..{(((.,..))}}))))),))))))}}}))))))||||,||(({.{{{|||{..........,{||{{{.{((,..(((((((.((.(((((((....{((((({....,}}.)),.)}}....))))..))).)).)).)))))..{{((,,.,,,||||,,.....}}}}||||||||}||||,|}}}}}}}|(((((...)))))},.((((((((..(((....(((((.,.((((........)))),{.(((((((..,(({((..(((((.((((((.((....((((((((((((((.((((...)))).((((......)))).((((.{{((((((.{....}.))))),.}}})))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).))}..)){(((((((...(((.{.((......,,}}}.)))...((({....)))))))))))}.....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).,((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))),}.}}||,,{.,||||||||,,}},,{{{((((,,{{{{({(,{(((({{(((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))),})))))))))).....{((((,{{....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...}},..))))|((((((.(((((......))))),)))))))))}))).))))..)))))...,,))})).,.....)))))))),|||||||{|}|||{(((({{,...,}}})}}.,,))),})))),},)}})))))),)).,)))}}}}}))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))),,)).,,))})...)))),})),......})))).))))))))..)))))......{{(,,,..}}}.}))})))))))..((({((((((...(((.((.(((((.......)))))..)).)))...))))),..}))))(((((({{...((((((({..........|,.((((.(((({,,(((............))).,))))))))).....)))))))),.)))))))....
Back