Basic Information

Symbol
DDX4
RNA class
mRNA
Alias
DEAD-Box Helicase 4 VASA DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) Box Polypeptide 4 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Polypeptide 4 Probable ATP-Dependent RNA Helicase DDX4 DEAD Box Protein 4 Vasa Homolog Putative ATP-Dependent RNA Helicase DDX4 EC 3.6.4.13 EC 3.6.1
Location (GRCh38)
5:55738017-55817157
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024415.3
Sequence length
2847.0 nt
GC content
0.3983

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-769.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -827.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 780.42
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142549.2 NCBI
GUGGGCGCCUGCGAGGGCUUGGGAGAGCAAGCCGCGGAGAGAACUUGAA… 2745 nt 0.3953
NM_001166533.2 NCBI
GUGGGCGCCUGCGAGGGCUUGGGAGAGCAAGCCGCGGAGAGAACUUGAA… 2787 nt 0.3968
NM_001166534.2 NCBI
UUACAUUUCGAAAAAUCAUUCCUUUCAGAAUAAACAUUUCUGGGAAUGG… 2390 nt 0.3849
NM_024415.3 NCBI
GUGGGCGCCUGCGAGGGCUUGGGAGAGCAAGCCGCGGAGAGAACUUGAA… 2847 nt 0.3983
Summary

DEAD box proteins, characterized by the conserved motif Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), are putative RNA helicases. They are implicated in a number of cellular processes involving alteration of RNA secondary structure such as translation initiation, nuclear and mitochondrial splicing, and ribosome and spliceosome assembly. Based on their distribution patterns, some members of this family are believed to be involved in embryogenesis, spermatogenesis, and cellular growth and division. This gene encodes a DEAD box protein, which is a homolog of VASA proteins in Drosophila and several other species. The gene is specifically expressed in the germ cell lineage in both sexes and functions in germ cell development. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

A study in Lucilia sericata identified vasa (LOC119612105) as a female-biased gene whose promoter could be utilized for germline Cas9 expression in genetic control strategies [Davis et al. DOI:10.1016/j.ygeno.2021.10.003].