Basic Information

Symbol
DDX5
RNA class
mRNA
Alias
DEAD-Box Helicase 5 G17P1 HLR1 P68 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) Box Polypeptide 5 (RNA Helicase, 68kD) DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Polypeptide 5 Probable ATP-Dependent RNA Helicase DDX5 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Helicase 5 DEAD Box Protein 5 RNA Helicase P68 Putative ATP-Dependent RNA Helicase DDX5 ATP-Dependent RNA Helicase DDX5 EC 3.6.4.13 DEAD Box-5 EC 3.6.1 HUMP68 HELR
Location (GRCh38)
17:64498254-64508199
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004396.5
Sequence length
3684.0 nt
GC content
0.4028

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1029.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1101.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 984.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320595.2 NCBI
GACCAUUCUCCGCCGACCAAAACCCGUCAAAGGAUUAUCAGACACGCGG… 3769 nt 0.4105
NM_001320596.3 NCBI
CUCUUUUGGUUACAGACGUGAGGGCUCUUUGGAGACGUAAACAUCUCCG… 3782 nt 0.4085
NM_001320597.2 NCBI
GCCAUUUUGAUAUUCACGUCACAGUGAUUGGAAGAGAUUUGACGGUGUA… 3662 nt 0.3976
NM_004396.5 NCBI
ACCUCAUUCAUUUCUACCGGUCUCUAGUAGUGCAGCUUCGGCUGGUGUC… 3684 nt 0.4028
Summary

This gene encodes a member of the DEAD box family of RNA helicases that are involved in a variety of cellular processes as a result of its role as an adaptor molecule, promoting interactions with a large number of other factors. This protein is involved in pathways that include the alteration of RNA structures, plays a role as a coregulator of transcription, a regulator of splicing, and in the processing of small noncoding RNAs. Members of this family contain nine conserved motifs, including the conserved Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD) motif, important to ATP binding and hydrolysis as well as RNA binding and unwinding activities. Dysregulation of this gene may play a role in cancer development. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2017]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that tibial fracture induces temporally stratified transcriptomic changes in the spinal cord, with Ingenuity Pathway Analysis predicting the DDX5 as an upstream master regulator of neurodegeneration-associated genes at 3 and 7 days post-fracture [Deng et al. DOI:10.1038/s41598-025-17561-6].