Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320596.3
Sequence Length
3782 nt
GC Content
0.4085
CUCUUUUGGUUACAGACGUGAGGGCUCUUUGGAGACGUAAACAUCUCCGAGUGGCGAGGGUGGGCGGGGCUGGGCUUGGGAAAGGGCGGGGUGGCUUGCUUGAGGUGUGGAAAGACCAGAAGAAGUAGUGCAGCUUCGGCUGGUGUCAUCGGUGUCCUUCCUCCGCUGCCGCCCCCGCAAGGCUUCGCCGUCAUCGAGGCCAUUUCCAGCGACUUGUCGCACGCUUUUCUAUAUACUUCGUUCCCCGCCAACCGCAACCAUUGACGCCAUGUCGGGUUAUUCGAGUGACCGAGACCGCGGCCGGGACCGAGGGUUUGGUGCACCUCGAUUUGGAGGAAGUAGGGCAGGGCCCUUAUCUGGAAAGAAGUUUGGAAACCCUGGGGAGAAAUUAGUUAAAAAGAAGUGGAAUCUUGAUGAGCUGCCUAAAUUUGAGAAGAAUUUUUAUCAAGAGCACCCUGAUUUGGCUAGGCGCACAGCACAAGAGGUGGAAACAUACAGAAGAAGCAAGGAAAUUACAGUUAGAGGUCACAACUGCCCGAAGCCAGUUCUAAAUUUUUAUGAAGCCAAUUUCCCUGCAAAUGUCAUGGAUGUUAUUGCAAGACAGAAUUUCACUGAACCCACUGCUAUUCAAGCUCAGGGAUGGCCAGUUGCUCUAAGUGGAUUGGAUAUGGUUGGAGUGGCACAGACUGGAUCUGGGAAAACAUUGUCUUAUUUGCUUCCUGCCAUUGUCCACAUCAAUCAUCAGCCAUUCCUAGAGAGAGGCGAUGGGCCUAUUUGUUUGGUGCUGGCACCAACUCGGGAACUGGCCCAACAGGUGCAGCAAGUAGCUGCUGAAUAUUGUAGAGCAUGUCGCUUGAAGUCUACUUGUAUCUACGGUGGUGCUCCUAAGGGACCACAAAUACGUGAUUUGGAGAGAGGUGUGGAAAUCUGUAUUGCAACACCUGGAAGACUGAUUGACUUUUUAGAGUGUGGAAAAACCAAUCUGAGAAGAACAACCUACCUUGUCCUUGAUGAAGCAGAUAGAAUGCUUGAUAUGGGCUUUGAACCCCAAAUAAGGAAGAUUGUGGAUCAAAUAAGACCUGAUAGGCAAACUCUAAUGUGGAGUGCGACUUGGCCAAAAGAAGUAAGACAGCUUGCUGAAGAUUUCCUGAAAGACUAUAUUCAUAUAAACAUUGGUGCACUUGAACUGAGUGCAAACCACAACAUUCUUCAGAUUGUGGAUGUGUGUCAUGACGUAGAAAAGGAUGAAAAACUUAUUCGUCUAAUGGAAGAGAUCAUGAGUGAGAAGGAGAAUAAAACCAUUGUUUUUGUGGAAACCAAAAGAAGAUGUGAUGAGCUUACCAGAAAAAUGAGGAGAGAUGGGUGGCCUGCCAUGGGUAUCCAUGGUGACAAGAGUCAACAAGAGCGUGACUGGGUUCUAAAUGAAUUCAAACAUGGAAAAGCUCCUAUUCUGAUUGCUACAGAUGUGGCCUCCAGAGGGCUAGAUGUGGAAGAUGUGAAAUUUGUCAUCAAUUAUGACUACCCUAACUCCUCAGAGGAUUAUAUUCAUCGAAUUGGAAGAACUGCUCGCAGUACCAAAACAGGCACAGCAUACACUUUCUUUACACCUAAUAACAUAAAGCAAGUGAGCGACCUUAUCUCUGUGCUUCGUGAAGCUAAUCAAGCAAUUAAUCCCAAGUUGCUUCAGUUGGUCGAAGACAGAGGUUCAGGUCGUUCCAGGGGUAGAGGAGGCAUGAAGGAUGACCGUCGGGACAGAUACUCUGCGGGCAAAAGGGGUGGAUUUAAUACCUUUAGAGACAGGGAAAAUUAUGACAGAGGUUACUCUAGCCUGCUUAAAAGAGAUUUUGGGGCAAAAACUCAGAAUGGUGUUUACAGUGCUGCAAAUUACACCAAUGGGAGCUUUGGAAGUAAUUUUGUGUCUGCUGGUAUACAGACCAGUUUUAGGACUGGUAAUCCAACAGGGACUUACCAGAAUGGUUAUGAUAGCACUCAGCAAUACGGAAGUAAUGUUCCAAAUAUGCACAAUGGUAUGAACCAACAGGCAUAUGCAUAUCCUGCUACUGCAGCUGCACCUAUGAUUGGUUAUCCAAUGCCAACAGGAUAUUCCCAAUAAGACUUUAGAAGUAUAUGUAAAUGUCUGUUUUUCAUAAUUGCUCUUUAUAUUGUGUGUUAUCUGACAAGAUAGUUAUUUAAGAAACAUGGGAAUUGCAGAAAUGACUGCAGUGCAGCAGUAAUUAUGGUGCACUUUUUCGCUAUUUAAGUUGGAUAUUUCUCUACAUUCCUGAAACAAUUUUUAGGUUUUUUUUGUACUAGAAAAUGCAGGCAGUGUUUUCACAAAAGUAAAUGUACAGUGAUUUGAAAUACAAUAAAUGAAGGCAAUGCAUGGCCUUCCAAUAAAAAAUAUUUGAAGACUGAAUUAAGUGGAAAUUGUACUUUAUUUUAUAUAAUGUCAUGUAAAACUUUGCUUAAGAUGGUCUGGUUUUUUUUUUGUUUUUGUUUGGUUUUUUUUUUCCAUGAAAACAAAUGACUGUUCCUUUUUAUUUAAUUUGGGAGGCAGGGGGAAUCAGAAGGCCCUUCUUUAUAAUGAGCUAUUCAUAUUGCAGGAGUCAGAAUGAAUUGAUACAGGUGAAUUUUUAGUUACAGGCUAAAUUGCAUAAAAGCUUUGUCAGCUUCCAGCAUCAGGGGAGUCAUUUAAUAGCCUUUUUCCUUAUUUGCUAGUAUGGUUAAAUGAGAAAAUAGUAAAAUAGAUACAAAGUCAUCUAUAUAGUGUGAGAACGUGGGUGACUUUUUCAAAGUUUAUAAUUUAAAAAGCUCCAAAUAACUGGCUUUUUCAAGAGACUUAUACUCAUGCUCUUGGCUAUACUGUGAAUUACUGAAAUGUUGAACAAACCUGUGAAAGACAUACAUUAGCCCUUUAAGAUGGCCAGGAGCUAAGCUUGAGUCUCCUUUACUGAAUUUCGUUCUUAGUGCAGGUUACUUGUAGAUUCUAGUCUUCACAGGCUCCCUGGGGCUCUUAACUAGUCACACUGGGAGUCAUGAAUGUCUUUCCAAUAAUUCAGGGAAUUCUAGAGAUCCUCAAACUGUAAGGUCUAUUCAUACUCAACACAAGGAAAAAACCUCAUUAAAAUUAAUGACUAAUCAGGAGGCAACGUAACCAAAAGCACAGUGAAUGAAAGUUUUCAUGGUAGGUUCAACAUGGGUUUAUUGCUAGAAAGAUCCAGGGGAUAGCUUUAGGUUUAACUUCGGCUCACCAACGUAACUUUCUAAUCAUUUAUUUCAGUAAUAGCUAGAAGUGGGUCUGAAUGUUUUCCCAGAGUCUGAUACGUGUUUUUUUUUGCCAGAAGAGAGGUCUUCAGGAGACUUCAUUUAAAUUCUGAUUAUUAAACUGAGGCUUUAAUUGAUGUUAAUGCCUUAUGUCAAAUGUAAAGUUAGAAUUUGCUAGGGCUGGGAUAGGGAGUGAUAUUUCUAGGACUUAGACAUUGAAAACUAAUUCAGCCUGUAGUAACCUGGAUGGUUUUCAAUGGCAUGGUUAGUCAAAUUCAUGGUUUUAAACUUAGAAGCAGCUUUCGGGGGAGAGGGUAGGUUGGAGCAUUUAUUACAUAUUUUACUGUUUAAUGUCUUAACCGUGGGCCUUUUAAUUUGUAAACACUGAAAUGAUUGUUGGGCUGUGGAAAACAUUUACCUAUUUACCUUGGAAGUUUUAAAAGACAGUCCACUUUUUAGCAUGUGUGUUGUGUCCAGCCUGUGGUCGUCUUAACUAAUAAAUGUGAUUUUUCUCCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1093.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1166.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 975.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((.(((((((((((((((((((((((........)))))))((((((..((((((((((((.(((..((((((((.((((((((((..((..((((...(((...(((((..(((((......)))))..)))))..........)))..)))).)).)))).))))))..(((((((.......))))))).......((((....))))...))))))))...........))).)))..))))..)))))..))))))((((((((..(((......))))))).))))..(.(((((....))))).).((((......)))).........)))))))))))..........)))))..)))).((((((((((((((((((.....((.((..(((((((((.......((((((.....)))))))))))))))...))))((((.((((.((.(((((((((((((((((((.........((((..(((((((((............(((((...((((...(((((((((.............((((...((((((....((((.((.(......).)).))))((((..((.((....)).))..)))).....))))))))))......((((....(((.(((..((((((((.((((.((((..(((...((((((..((..........)).))))))))))))))))).))))))))...))).)))...))))((((.....))))......((((((....))))))....)))))))))....((((((..((((.(((((((........)))).((((.((.(((.(((((.((..((((.....(((((.((.....)).)))))..))))))))))).))).)).))))......)))..))))..)))))).............(((((((((...(((.....))).)))))))))..(((((((((((.(((((.((.(((((.......))))).)).((((........)))).....(((((.((((........((((((((((...((..((((((...))))))))((((.(((((.....((((((....))))))((((.(((((((((.((((................((((((((((.....))))))..)))).(((((...(((((((.(((...(((((..(((.(((.....(((((((.......)))))))....(((.(((((.((((((((((((((..........((((((((((((((((((((.(((((((.((.(((...((((((....((((.((((.((.(((((..(((((((....)))))))(((....)))........((((..(((((((.....)))))))..))))..(((((((((((((((...(((((....)))))...))))((((((((.((((....(((.(((((((((((.....)))))..((((..(((...(((((((((.(((((((.............(((((((((..((......)).....(((...((((((((((.(((...............(.(((((((((.((((((((.(((((....((((((.((((((((.......))))))))..)))))))))))))))))))..))))))))))))).)))))))))).)))..((....))(((......)))...))))))))).....))))))).)))).))))).)))..)))).))))).).)))....)))))))))))).(((....)))((((((((.......))))))))(((((.....((...)).....))))).))))))))))).............(((((((((((......))))(((((((((((((((((((.....))).)))))))....((((.((((((((.(((((....((((......)))).....))).((((..((((((..(((((((((.(((((((.((((....))))...........(((((.(((((..........)))))...)))))...((((...))))))))))).))))))))).))))))))))..........)).)))))))))))).(((.((.(((((((.....(((((((..((((......))))((((((.((.......)).))))))..))).)))).....))))))).)).)))....)))))))))..(((((((............)))))))..)))))))(((....))).((((((((.(((((((...((.(((((........((((((........))))))..........))))).)).(((......)))....))))))))))))))).......))))).))...)))).))))......)))))).))).)).))))))).)))))).......)))))))))))))).......)))))))))))))).........(((((((((.((((((..((((...((((...(((.(((((((.........((((........))))....(((((...(((((((((((.(((.((((((..((((((((...((((((........)))))).........((..(((((.((((((((((...))).))))))))))))..))...........((((((((((((...((......))))))))))))))..)))))))).......((((((((..........))))))))...((((((((..((...((((((((((((.((.((((...((((.(((((..(((....)))....)))))...))))...))))))))))))))))))..))..)))))))).......((((...))))...)))))).))))))))))...))))..))))).(((((((.((((((.......)))).).).)))))))))))))).)))....))))...))))..)))).))..)))))...))))..))))).))).)))))))))))(((......)))(((((....)))))........(((((((.....(((........(((((..(((((((....((((..((((....(((((((.((....)).)))))))..))))((((..((......))..)))).))))....)))))))...)))))(((((((((....))).))))))))).....)))))))))).)))))))...)))))(((((((....))))))))))))))))))))))))...(((((((((((((((..((((((((.(((((....))))).)))))).))..))))....)))))))))))(((((.((((((.............))))))..))))).((((((((((((.(((((...........)))))))))))))))))...)))))))))....))).))))))).........))))))))).))))).))))))))))).((((.(((((.((...(((((...((((.((((.......))))...))))...)))))...)).))))).))))))))))))).............)))).)))))....)))).........))))))))).......))))))))))))))))...))))...)))))))))...........)))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,,,{{{,.(((({,(((((((((({((((((.,....,.))))))}((((,,..(((.(((((((,.(({..(((((((({((((((((((..((..((((.,.(((...(((((..(((((......)))))..)))))..........)))..)))).)).)))))))))))..(((((((.......))))))).......((((....))))...)))))))}....}},.,..))))))).})),,..))))}..||||,,{((,({{{,,,,,,||||||{{|}|{,{|({,.,.,||}.,),,))))).),{{||,,....)}))......}}})))))))))))||,...))}.)}}}}..,}}).{(((((((((((((((({..,..{(.((..((((((((({......,{{{{{.....)}}}}))))))))))...)))}{{{|.((((.((.((((((((((,,((((({{{{{{..{{{{,...(((.(((((((...,{(((((((...((((({,....},}))))....})))))}....,,.))))))).)))...,,||.||,||||}.{(((({.(((((.(((({{....(((.,,(((.,,,.}}}...}))..((((.((((((((....(((.(((..{(((((((.((((.((((..(((...,(((({..{{..........}}.))))}})))}))))))).)))))))}...))).)))....,))}}})}}}.}))),{(((({((((,({{{{,,||,,...,)}.,))))))))}|||}}(((((,....}}))),.......||.,.{(((.((.(((.(((((.{{.,((((.....(((((.((,....)),)))))..))))))))))).))).)).))))}))).))))).)))))}}}})},.....,.......(((((((((.,,{({.....))).)))))))))..(((((((((((.(((({.((.(((((.......))))).)).{(((........)))}.....{((((.((((...,....{(((((((((...((,.{(((({...})))))))((({,(((({.....((((((....))))))((((.(((((((({{((((................{(((((((((.....))))))}.,}}|,{(({{...,,,|,||,|||||||{{{{{{.(({,,......(((((((.......)))))))..,{{,,.,.,||,((((((((((((((........({((((((((((((((((((({.(((((({.{{.(((...((((((....((((.((((,(({((({({.,{{{{||.,,,))))}}|(((....))),.,....,((((,,(((((((.....)))))))..}}}}..(((((((((((((((...(((((....)))))...))))((((((((.,{,,....,(({(.,((((((((.,,,,,},,,..((((..(((.,.(((((((((.(((((((.............(((((((((..((......||,,,..{,,...((((((((((.(((...............{.(((((((((.((((((((.(((((....((((((.((((((((.......))))))))..)))))))))))))))))))..))))))))),})),)))))))))).}}}..,,.}}.||,|,.},.........))))))))).....))))))).)))).))))).)))..)))).,))))})})))}}..)))))))))))).(({....}}}{(((((((.......))))))))(((((.....,{...}}.....))))),))))))))))),,{,....,|||,(((((((((((......)))}(((((((({((((((((((.....))).)))))))....((((.((((((((.||(({{{{.(({{,,,,,.}}}}.....,||....{,,((((((..(((((((((.(((((((.((((....))))..,,.......(((((.(((((..,,......)))))...))))}...{{{,,,.,})}))))))).))))))))).)))))}}}))},,,...}}}))})))))))))))).(((,{{.({(({{{.....{{({({{.,((((......))))|(((((.((.......)).))))),..}}}.)))).....))))))).,}.))}....}))))))))..{(((({(,........,..))})))},,))))))}(((....))).{(((((((.(((((((..,{{,,,,,,........((((((........)))))).,,.......}}}}},,,.{({......)))....))))))))))))))}.......)))))})}...)))).))))......)))))).,}},}}.))))))).}))))),......}))))))))))))),}}..,,))))))))))))}}..,{{,.,,,{{{(((((,,{{{{(((({({,{{,{,...,{((,{{{||||.,{{,,||||,|||.||||{{{{{{,,{(((({...,{{((({,,,|||||},..{|....,,||{{||...((((((........))))))...,,..,,||}}{{{{,{((((((((({...}))}})))))))))}}..||,,,.,.||...((((((((((((...{(......))))))))))))))..},,,}))),,..,,.((((((({..........))))))))...((((((((..((...((((((((((((.((.{(((...((((.(((((..(((....)))....)))))...))))...)))}))))))))))))))..))..)))))))),{,{{(((({{{{{{{{{.,.|||{,{{||||||||,|||||{,|}}|||...(((((((,{,((((.......})}}.},}.)))))))||||||,.|||,,,....,,,,}}})},,,}}.}||,}}}}}...,}},.,}}}}},}}},},,,,......{((......))|(((((....)))))},,...,}}}}}}}}}.}}}}}}....}}}}.,,}}}}}}}}...}}}}||}},}},,,..|.{((((({.{{....||,})))))},,{|,.{(((..((......))..)))).,))...},,,))}}},,.,}||||{{{|||||.,,,))),))))}))))}},,.}),})))))}.})))))),,,}}}}|{((((({....))))))})))))))))))))))))...(((((((((((((((..((((((((.(((((....))))).)))))).))..)))}...,)))))))))))(((((.(((((({{........}},))))))..))))).(((((((((((,{(((((...,.....,.)))))))))))))))))...)))))))))....))}.)))))))....,,,,.))))))))).))))).))))))))))).{(((,({{{{,((...{{{{{,|,{{{{.((((.......)))),..}})).,.))))}...}}.}}))).)))|((({{((,.{{{{{,|{{.{{.........,))},))))).....)))})))}}}}}},,.....))))))))))))))))...})))...))))))))}..........,))))))))}
Back