Basic Information

Symbol
DERL1
RNA class
mRNA
Alias
Derlin 1 Derlin-1 DER1 DER-1 Degradation In Endoplasmic Reticulum Protein 1 Der1-Like Domain Family, Member 1 DERtrin-1 FLJ13784 MGC3067 PRO2577 Der1-Like Protein 1
Location (GRCh38)
8:123013170-123042406
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024295.6
Sequence length
3213.0 nt
GC content
0.4398

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-977.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1035.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001134671.3 NCBI
AGAAGGCUGCCUCGCUGGUCCGAAUUCGGUGGCGCCACGUCCGCCCGUC… 3153 nt 0.4418
NM_001330601.2 NCBI
AGAAGGCUGCCUCGCUGGUCCGAAUUCGGUGGCGCCACGUCCGCCCGUC… 3101 nt 0.4418
NM_001363963.2 NCBI
AUUCUCCCUUCCAGAUGCAGUAUGAGGACUGAGUCAGAGGCUAUGGAAA… 2818 nt 0.4177
NM_024295.6 NCBI
AGAAGGCUGCCUCGCUGGUCCGAAUUCGGUGGCGCCACGUCCGCCCGUC… 3213 nt 0.4398
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the derlin family. Members of this family participate in the ER-associated degradation response and retrotranslocate misfolded or unfolded proteins from the ER lumen to the cytosol for proteasomal degradation. This protein recognizes substrate in the ER and works in a complex to retrotranslocate it across the ER membrane into the cytosol. This protein may select cystic fibrosis transmembrane conductance regulator protein (CFTR) for degradation as well as unfolded proteins in Alzheimer's disease. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode different protein isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly upregulated the DERL1 in oligodendrocytes, as part of broader disruptions to protein processing in the endoplasmic reticulum pathway within cortical glial cells [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].