Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_024295.6
Sequence Length
3213 nt
GC Content
0.4398
AGAAGGCUGCCUCGCUGGUCCGAAUUCGGUGGCGCCACGUCCGCCCGUCUCCGCCUUCUGCAUCGCGGCUUCGGCGGCUUCCACCUAGACACCUAACAGUCGCGGAGCCGGCCGCGUCGUGAGGGGGUCGGCACGGGGAGUCGGGCGGUCUUGUGCAUCUUGGCUACCUGUGGGUCGAAGAUGUCGGACAUCGGAGACUGGUUCAGGAGCAUCCCGGCGAUCACGCGCUAUUGGUUCGCCGCCACCGUCGCCGUGCCCUUGGUCGGCAAACUCGGCCUCAUCAGCCCGGCCUACCUCUUCCUCUGGCCCGAAGCCUUCCUUUAUCGCUUUCAGAUUUGGAGGCCAAUCACUGCCACCUUUUAUUUCCCUGUGGGUCCAGGAACUGGAUUUCUUUAUUUGGUCAAUUUAUAUUUCUUAUAUCAGUAUUCUACGCGACUUGAAACAGGAGCUUUUGAUGGGAGGCCAGCAGACUAUUUAUUCAUGCUCCUCUUUAACUGGAUUUGCAUCGUGAUUACUGGCUUAGCAAUGGAUAUGCAGUUGCUGAUGAUUCCUCUGAUCAUGUCAGUACUUUAUGUCUGGGCCCAGCUGAACAGAGACAUGAUUGUAUCAUUUUGGUUUGGAACACGAUUUAAGGCCUGCUAUUUACCCUGGGUUAUCCUUGGAUUCAACUAUAUCAUCGGAGGCUCGGUAAUCAAUGAGCUUAUUGGAAAUCUGGUUGGACAUCUUUAUUUUUUCCUAAUGUUCAGAUACCCAAUGGACUUGGGAGGAAGAAAUUUUCUAUCCACACCUCAGUUUUUGUACCGCUGGCUGCCCAGUAGGAGAGGAGGAGUAUCAGGAUUUGGUGUGCCCCCUGCUAGCAUGAGGCGAGCUGCUGAUCAGAAUGGCGGAGGCGGGAGACACAACUGGGGCCAGGGCUUUCGACUUGGAGACCAGUGAAGGGGCGGCCUCGGGCAGCCGCUCCUCUCAAGCCACAUUUCCUCCCAGUGCUGGGUGCACUUAACAACUGCGUUCUGGCUAACACUGUUGGACCUGACCCACACUGAAUGUAGUCUUUCAGUACGAGACAAAGUUUCUUAAAUCCCGAAGAAAAAUAUAAGUGUUCCACAAGUUUCACGAUUCUCAUUCAAGUCCUUACUGCUGUGAAGAACAAAUACCAACUGUGCAAAUUGCAAAACUGACUACAUUUUUUGGUGUCUUCUCUUCUCCCCUUUCCGUCUGAAUAAUGGGUUUUAGCGGGUCCUAGUCUGCUGGCAUUGAGCUGGGGCUGGGUCACCAAACCCUUCCCAAAAGGACCCUUAUCUCUUUCUUGCACACAUGCCUCUCUCCCACUUUUCCCAACCCCCACAUUUGCAACUAGAAGAGGUUGCCCAUAAAAUUGCUCUGCCCUUGACAGGUUCUGUUAUUUAUUGACUUUUGCCAAGGCUUGGUCACAACAAUCAUAUUCACGUAAUUUUCCCCCUUUGGUGGCAGAACUGUAGCAAUAGGGGGAGAAGACAAGCAGCGGAUGAAGCGUUUUCUCAGCUUUUGGAAUUGCUUCGACCUGACAUCCGUUGUAACCGUUUGCCACUUCUUCAGAUAUUUUUAUAAAAAAGUACCACUGAGUCAGUGAGGGCCACAGAUUGGUAUUAAUGAGAUACGAGGGUUGUUGCUGGGUGUUUGUUUCCUGAGCUAAGUGAUCAAGACUGUAGUGGAGUUGCAGCUAACAUGGGUUAGGUUUAAACCAUGGGGGAUGCAACCCCUUUGCGUUUCAUAUGUAGGCCUACUGGCUUUGUGUAGCUGGAGUAGUUGGGUUGCUUUGUGUUAGGAGGAUCCAGAUCAUGUUGGCUACAGGGAGAUGCUCUCUUUGAGAGGCUCCUGGGCAUUGAUUCCAUUUCAAUCUCAUUCUGGAUAUGUGUUCAUUGAGUAAAGGAGGAGAGACCCUCAUACGCUAUUUAAAUGUCACUUUUUUGCCUAUCCCCCGUUUUUUGGUCAUGUUUCAAUUAAUUGUGAGGAAGGCGCAGCUCCUCUCUGCACGUAGAUCAUUUUUUAAAGCUAAUGUAAGCACAUCUAAGGGAAUAACAUGAUUUAAGGUUGAAAUGGCUUUAGAAUCAUUUGGGUUUGAGGGUGUGUUAUUUUGAGUCAUGAAUGUACAAGCUCUGUGAAUCAGACCAGCUUAAAUACCCACACCUUUUUUUCGUAGGUGGGCUUUUCCUAUCAGAGCUUGGCUCAUAACCAAAUAAAGUUUUUUGAAGGCCAUGGCUUUUCACACAGUUAUUUUAUUUUAUGACGUUAUCUGAAAGCAGACUGUUAGGAGCAGUAUUGAGUGGCUGUCACACUUUGAGGCAACUAAAAAGGCUUCAAACGUUUUGAUCAGUUUCUUUUCAGGAAACAUUGUGCUCUAACAGUAUGACUAUUCUUUCCCCCACUCUUAAACAGUGUGAUGUGUGUUAUCCUAGGAAAUGAGAGUUGGCAAACAACUUCUCAUUUUGAAUAGAGUUUGUGUGUACCUCUCCAUAUUUAAUUUAUAUGAUAAAAUAGGUGGGGAGAGUCUGAACCUUAACUGUCAUGUUUUGUUGUUCAUCUGUGGCCACAAUAAAGUUUACUUGUAAAAUUUUAGAGGCCAUUACUCCAAUUAUGUUGCACGUACACUCAUUGUACAGGCGUGGAGACUCAUUGUAUGUAUAAGAAUAUUCUGACAGUGAGUGACCCGGAGUCUCUGGUGUACCCUCUUACCAGUCAGCUGCCUGCGAGCAGUCAUUUUUUCCUAAAGGUUUACAAGUAUUUAGAACUCUUCAGUUCAGGGCAAAAUGUUCAUGAAGUUAUUCCUCUUAAACAUGGUUAGGAAGCUGAUGACGUUAUUGAUUUUGUCUGGAUUAUGUUUCUGGAAUAAUUUUACCAAAACAAGCUAUUUGAGUUUUGACUUGACAAGGCAAAACAUGACAGUGGAUUCUCUUUACAAAUGGAAAAAAAAAAUCCUUAUUUUGUAUAAAGGACUUCCCUUUUUGUAAACUAAUCCUUUUUAUUGGUAAAAAUUGUAAAUUAAAAUGUGCAACUUGAAGGUUGUCUGUGUUAAGUUUCCAUGUCCCUGCUCUGCUGUCUCUUAGAUAUCACAUAAUUUGUGUAACCAAUUAUCUCUUGAAGAGCAUUUAGGAAGUACCCAGUAUUUUUUGCUGGAUUAAUUCCUGGAUGCAGAAUUCCUGGGUUUUCAUUUUAAUGAAGGAGGAUGCUUGCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-977.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1035.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((....((((((((((...(((((((((((.(.(((((((.(((((((..((.(.(((((((..((((((((((......(((........)))..)))))).)))).))))))).).))..)))....)))).))))))).).)).))......(((.((((..((((...(((((...)))))...))))....))))))).....((((((((........))).))))))))))))..((((.(((...)))))))....))))....)))))).))))))...........((((...((((((((((((((.(((((((....))))))).........((((.............))))((((((...))))))..(((((((((((.....((((.....))))............((..((......))..))...(((((((((((((((((((((.......((((...(((......)))...))))(((((.(((((((.((((((((......)).))))))((((((.....)))))))))))))..))))).(((((((((((.(.((((((((.(((............(((.((((....(((((((((...(((..........)))...)))))))))((((((.((..(((((((((((........))))))).))))..)).))))))...........((((((((((.(((((.........)))))))))))))))...........)))).)))))))))))))).).)))))..))))))..((((((((((((((((((((..((((.(.((((((((((...((((((.....)))..)))...)))))).)).)).).)).))(((((..(((((........)))))...)))))(((((((((((........))))))))).))................(((((.(((((.((.....((((.(.(((......))).).))))....))))))))))))(((((((((((((.....)))).....((((((........))))))........(((((((((.((.....((((........))))......))))))..)))))...........((((...)))).....))))))))))))))))).))))))))))))....((((.(((((........)))))))))...)))))))))))).(((((((((..((((.(((((((((((..((((.((.((((((((((((............(((((..(((.........................((((((......))))))...............(((((((((((...)))))).....(((((...((....))..)))))................((..((((((((((...((.(((....))).))...)))))))))).))..(((((((((((((((.((((.........)))).))))))........)))))))))..........((((..(((((.(((((((....)))))))...)))))..)))))))))...)))..)))))....)))))..))))))).))..))))...(((((((((.((((((((((((...(((((((.(((((((((((((((((((..((((((((...((((.(((((((((.....))))))))).))))))))))))((((((......)))))).....(((((((.((((......))))))))))).)))))))))))...(((((...(((((...))))).)))))(((.(((((.......))))))))...........(((..(((((((((..(((((......))))...)..))))).)))).)))......((((.(((((.(((..((((.......))))..))).).).)))))))))))))))...))))).)).)))))))).....)))).((((....))))...))))))))).(((((((((((((.....)))))).)))))))..)))))))(((((.((((((((........))))).))).))))))))).)))).)))))))))....((.(((((.........)))))))...)))))))))((((...))))...))))))))))).....((((((((..((...(((.....(((((........)))))..((((((..((.((((.((..(((((((...((.(.((((...((((.(((((((..........)))))))((((((((((..(((((((...)))))))...((((....((((.((..((((((.......((((.......)))).((((.....))))....(((((((((((((.....)))).))))))))))))))).))))))..))))((((((.((((((.(((((...))))).)))))).))))))...........((((((((((((((((..(((...((((((....((((((((.......))))))))..))))))..(((((.......(((..(((((.....)))))..))))))))(((((((((..(.(((....))).)..)))))))))(((.....))).((((((........))))))...(((((......)))))((((((.((((...................(((((....))))))))).))))))....((((((((((((....((((((((((.(((....(((.(......).)))...))).))))))))))..)))))))))))).((((((...........))))))...)))...))))))))))))))))(((((...((((((((.((((........(((((..........))))).))))...))))))))..)))))((((((....))))))......))))))))))((((((....))))))..))))..)))).))).....))))))))).)))))))))))).((((.....))))..........(((.....)))(((((((((((....((((((.....)))))).....))))))))))).)))..))..)))))))).....))))))))))..)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{.((({,({{..((((((((((...(((((((((((.(.(((((((.(((((((..((.(.(((((((..(((((((({((.,...(((........))),.))))))}}))).))))))).).))..)))....)))).))))))).).)).))......(((.((((..((((...(((((...)))))...)))).,..))))))).....((((({((........))),})))))))))))..((((.(((...)))))))....))))....}))))).,)))|..,.,,......{(({...((((((((((((((.((((((({{,.,||}|||........}||{|}............|}||((((((...))))))..(((((((((((.....,{{{.....,}}},..{{....,,,...,..{||..{|,{(((({{(((((((((((((((((((((.......((((,,,{{{......)))...))))(((((.(((((((.((((((({......),}))))))|(((((.....)))))})))))))..))))).(((((((((((.(.((((((((,(((,...,}}},...(((.((((....{{(((((((...{{{.........,)}}...)))))))||((((((.,{..(({{(((((((........))))))).})))..,,.))))))},........,{(((((((((.(((((.........))))))))))))))||||....,,,.)))).))),,})))))))).).)))))..))))))..((((((((((((((((((((..((((,(.((((((((((...((((((,...,)))..)))...)))))).)).)),}.)),}.(((((..(((((........)))))...)))))(((((((((((........))))))))).))......,,..,,,...(((((.(((((.((.....(({{.{,{{{...,,.|}}.}.)))),...})))))))))))(((((((((,,{(,,,..||||,....{(((((........)))))}........(((({(((,,((.....((((........})}}...,,,}}))))..))))}...........((({...}))).....))))))))),,}))))).))))))))))))....,(((.(((((........))))))))}...)))))))))))).(((((((((..((((.(((((((((((..((((.((.((((((((((((.,,..,{{.,..,{{{{,,{,,.........................((((((......)))))).........,,.,..(((((((((((...)))))}.....(((((...((....))..))))}................{{..((((((((((,{,{(.{((....))),})},.)))))))))).}}..(((((((((((((((.((((.........)))).))))))........)))))))))..........((((..(((((.(((((((....)))))))...)))))..)))))))))...})}.,)))),.,,.))))),.})))))).))..)))),(,{((((((((.((((((((((((...(((((((.(((((((((((((((((({..({((({{{.,,({{(,((({{{{{{,,,,.|}}|}}}}}.}))))))}||}}((((({....,,}}}}}},,...{{{{{||,|{{{.....,))})))))))}.})))))))))).,.{((((...(((((...))))).))))|(((.(((((.......)))))))),...,|||...(((..{{(((((((..,((((......))))...,..)))))}}}}).)))......((((.((({(,(((..((((.......))))..))).).).)))))))))))))))...))))).)).)))))))).....)))).{{{{.,,,))))...)))))))))}{((((((((((((.....)))))))))))))}..)))))))(((((.((((((((........))))).))).))))))))).)))).)))))))))...,((.(((((.........)))))))...)))))))))))}}}}},,)),..))))))))))).....{((((((,..,|}}}|||,,|{,(((((........)))))..,|||||||||}{{(({(({,(((((({....({(.(((({{((,(({(((((((..........)))))))},||,,|||,}}|||{|||...}}}}}}}.,,{|||}},,}}))),|,.,,,,,{..,,...((({,,.....}},},},,|,|,|.,|.|{{,{(((((((((((((.....))))}}))))))}},,||||{|,,,||,,|.,,{{{{{(,{{({{{.{{{||...})}}}.}}))))}))))})..,,,,,,...(((((((((((((((({,{{,...((((((....((((((((.......))))))))..)))))}.,((((,.......{((..(((((.....)))))..))},||,,(((((((((..(.((,....))).}..))))))))),,|}.}}})),.((((((........))))))...(((((......))))).,,,,,.,{|,,}}},}...||||,.....(((((....))))).(((({...)))}}.((((((((((((....((((((((({.(((....(((.{......}.)))...))).))))))))))..)))))))))))).((((((...........)))))),..)))},.,)))))))))))))))(((((...((((((((.((((........((((({{.....}},))))).))))...))))))))..))))).,{{{{....},,,,,..,...}||||,|||,((((((....)))))).,}),},,))))}))}},,..}}))}}}}},||||,,,))))}.{{((,,...)))),.........,{{,..,,},,(((((((((((....((((((.....)))))).....))))))))))).,,,.,)),})),}}}}},....))))))))))..))))}))}.
Back