Basic Information

Symbol
DNMT1
RNA class
mRNA
Alias
DNA Methyltransferase 1 CXXC9 MCMT DNMT DNA (Cytosine-5-)-Methyltransferase 1 DNA (Cytosine-5)-Methyltransferase 1 CXXC-Type Zinc Finger Protein 9 DNA Methyltransferase HsaI DNA MTase HsaI EC 2.1.1.37 M.HsaI AIM ADCADN HSN1E Dnmt1
Location (GRCh38)
19:10133342-10231286
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001130823.3
Sequence length
5274.0 nt
GC content
0.5493

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1892.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1983.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 969.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130823.3 NCBI
GCGAAAAGCCGGGGCGCCUGCGCUGCCGCCGCCGCGUCUGCUGAAGCCU… 5274 nt 0.5493
NM_001318730.2 NCBI
GCGAAAAGCCGGGGCGCCUGCGCUGCCGCCGCCGCGUCUGCUGAAGCCU… 5235 nt 0.5496
NM_001318731.2 NCBI
GCGAAAAGCCGGGGCGCCUGCGCUGCCGCCGCCGCGUCUGCUGAAGCCU… 5234 nt 0.5504
NM_001379.4 NCBI
GCGAAAAGCCGGGGCGCCUGCGCUGCCGCCGCCGCGUCUGCUGAAGCCU… 5226 nt 0.5494
Summary

This gene encodes an enzyme that transfers methyl groups to cytosine nucleotides of genomic DNA. This protein is the major enzyme responsible for maintaining methylation patterns following DNA replication and shows a preference for hemi-methylated DNA. Methylation of DNA is an important component of mammalian epigenetic gene regulation. Aberrant methylation patterns are found in human tumors and associated with developmental abnormalities. Variation in this gene has been associated with cerebellar ataxia, deafness, and narcolepsy, and neuropathy, hereditary sensory, type IE. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2016] CIViC Summary for DNMT1 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that following clodronate liposome pre-treatment and controlled cortical impact injury, a compensatory emergency monopoiesis generated transcriptionally distinct Ly6Chi monocyte subsets, including a pro-resolving immunoregulatory population enriched for Apoe and Chil3 and a unique neutrophil-like monocyte cluster defined by granule genes Elane, Prtn3, MPO, and Ctsg [Erwin K. Gudenschwager Basso et al. DOI:10.1186/s12974-024-03032-8]. A study in porcine skin demonstrated that the DNMT1 was significantly decreased at 7 days postexposure following both sulfur mustard and thermal burn injuries [Price et al. DOI:10.080/15569520903097754].