Basic Information

Symbol
DNMT3B
RNA class
mRNA
Alias
DNA Methyltransferase 3 Beta DNA (Cytosine-5-)-Methyltransferase 3 Beta DNA (Cytosine-5)-Methyltransferase 3B DNA Methyltransferase HsaIIIB DNA MTase HsaIIIB EC 2.1.1.37 M.HsaIIIB DNA Cytosine-5--Methyltransferase 3 Beta Dnmt3b FSHD4 ICF1 ICF
Location (GRCh38)
20:32762385-32809359
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006892.4
Sequence length
4336.0 nt
GC content
0.5394

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1574.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1654.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1029.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001207055.2 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 3961 nt 0.5428
NM_001207056.2 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 3859 nt 0.5416
NM_001424351.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4217 nt 0.5430
NM_001424352.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4210 nt 0.5361
NM_001424353.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4157 nt 0.5446
NM_001424354.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4150 nt 0.5376
NM_001424355.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4147 nt 0.5445
NM_001424356.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4091 nt 0.5397
NM_001424357.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4031 nt 0.5413
NM_001424358.1 NCBI
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCU… 4021 nt 0.5412
Showing 1 to 10 of 16 entries
Summary

CpG methylation is an epigenetic modification that is important for embryonic development, imprinting, and X-chromosome inactivation. Studies in mice have demonstrated that DNA methylation is required for mammalian development. This gene encodes a DNA methyltransferase which is thought to function in de novo methylation, rather than maintenance methylation. The protein localizes primarily to the nucleus and its expression is developmentally regulated. Mutations in this gene cause the immunodeficiency-centromeric instability-facial anomalies (ICF) syndrome. Eight alternatively spliced transcript variants have been described. The full length sequences of variants 4 and 5 have not been determined. [provided by RefSeq, May 2011]

Forensic Context

A study in human postmortem prefrontal cortex demonstrated that the DNMT3B protein was strongly up-regulated (2.4-fold) in antidepressant-free depressed suicide subjects compared to non-psychiatric controls [Smalheiser et al. DOI:10.1371/journal.pone.0033201]. This up-regulation was inversely correlated with the significant down-regulation of its validated regulatory microRNA, hsa-miR-148b, indicating a post-transcriptional regulatory mechanism associated with the pathogenesis of major depression and suicide.