Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424354.1
Sequence Length
4150 nt
GC Content
0.5376
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCUGCUCCCGGCUCCGCGGCCGCAGCCCGCGUGGACGCUCCGAGCGCCCCCCGACGGACGGGACCGGCUCCCUGGCGGUCGGGCGAGCGGGCGGCAACGCUGCCCGGCCGGCAGCGCUGGGGUUAAGUGGCCCAAGUAAACCUAGCUCGGCGAUCGGCGCCGGAGAUUCGCGAGCCCAGCGCCCUGCACGGCCGCCAGCCGGCCUCCCGCCAGCCAGCCCCGACCCGCGGCUCCGCCGCCCAGCCGCGCCCCAGCCAGCCCUGCGGCAGGAAAGCAUGAAGGGAGACACCAGGCAUCUCAAUGGAGAGGAGGACGCCGGCGGGAGGGAAGACUCGAUCCUCGUCAACGGGGCCUGCAGCGACCAGUCCUCCGACUCGCCCCCAAUCCUGGAGGCUAUCCGCACCCCGGAGAUCAGAGGCCGAAGAUCAAGCUCGCGACUCUCCAAGAGGGAGGUGUCCAGUCUGCUAAGCUACACACAGGACUUGACAGGCGAUGGCGACGGGGAAGAUGGGGAUGGCUCUGACACCCCAGUCAUGCCAAAGCUCUUCCGGGAAACCAGGACUCGUUCAGAAAGCCCAGCUUCCCUGAGACGGCGGGCAACAGCAUCGGCAGGAACGCCAUGGCCGUCCCCUCCCAGCUCUUACCUUACCAUCGACCUCACAGACGACACAGAGGACACACAUGGGACGCCCCAGAGCAGCAGUACCCCCUACGCCCGCCUAGCCCAGGACAGCCAGCAGGGGGGCAUGGAGUCCCCGCAGGUGGAGGCAGACAGUGGAGAUGGAGACAGUUCAGAGUAUCAGGAUGGGAAGGAGUUUGGAAUAGGGGACCUCGUGUGGGGAAAGAUCAAGGGCUUCUCCUGGUGGCCCGCCAUGGUGGUGUCUUGGAAGGCCACCUCCAAGCGACAGGCUAUGUCUGGCAUGCGGUGGGUCCAGUGGUUUGGCGAUGGCAAGUUCUCCGAGGUCUCUGCAGACAAACUGGUGGCACUGGGGCUGUUCAGCCAGCACUUUAAUUUGGCCACCUUCAAUAAGCUCGUCUCCUAUCGAAAAGCCAUGUACCAUGCUCUGGAGAAAGCUAGGGUGCGAGCUGGCAAGACCUUCCCCAGCAGCCCUGGAGACUCAUUGGAGGACCAGCUGAAGCCCAUGUUGGAGUGGGCCCACGGGGGCUUCAAGCCCACUGGGAUCGAGGGCCUCAAACCCAACAACACGCAACCAGAGAACAAGACUCGAAGACGCACAGCUGACGACUCAGCCACCUCUGACUACUGCCCCGCACCCAAGCGCCUCAAGACAAAUUGCUAUAACAACGGCAAAGACCGAGGGGAUGAAGAUCAGAGCCGAGAACAAAUGGCUUCAGAUGUUGCCAACAACAAGAGCAGCCUGGAAGAUGGCUGUUUGUCUUGUGGCAGGAAAAACCCCGUGUCCUUCCACCCUCUCUUUGAGGGGGGGCUCUGUCAGACAUGCCGGGAUCGCUUCCUUGAGCUGUUUUACAUGUAUGAUGACGAUGGCUAUCAGUCUUACUGCACUGUGUGCUGCGAGGGCCGAGAGCUGCUGCUUUGCAGCAACACGAGCUGCUGCCGGUGUUUCUGUGUGGAGUGCCUGGAGGUGCUGGUGGGCACAGGCACAGCGGCCGAGGCCAAGCUUCAGGAGCCCUGGAGCUGUUACAUGUGUCUCCCGCAGCGCUGUCAUGGCGUCCUGCGGCGCCGGAAGGACUGGAACGUGCGCCUGCAGGCCUUCUUCACCAGUGACACGGGGCUUGAAUAUGAAGCCCCCAAGCUGUACCCUGCCAUUCCCGCAGCCCGAAGGCGGCCCAUUCGAGUCCUGUCAUUGUUUGAUGGCAUCGCGACAGGCUACCUAGUCCUCAAAGAGUUGGGCAUAAAGGUAGGAAAGUACGUCGCUUCUGAAGUGUGUGAGGAGUCCAUUGCUGUUGGAACCGUGAAGCACGAGGGGAAUAUCAAAUACGUGAACGACGUGAGGAACAUCACAAAGAAAAAUAUUGAAGAAUGGGGCCCAUUUGACUUGGUGAUUGGCGGAAGCCCAUGCAACGAUCUCUCAAAUGUGAAUCCAGCCAGGAAAGGCCUGUAUGAGGGUACAGGCCGGCUCUUCUUCGAAUUUUACCACCUGCUGAAUUACUCACGCCCCAAGGAGGGUGAUGACCGGCCGUUCUUCUGGAUGUUUGAGAAUGUUGUAGCCAUGAAGGUUGGCGACAAGAGGGACAUCUCACGGUUCCUGGAGUGUAAUCCAGUGAUGAUUGAUGCCAUCAAAGUUUCUGCUGCUCACAGGGCCCGAUACUUCUGGGGCAACCUACCCGGGAUGAACAGGCCCGUGAUAGCAUCAAAGAAUGAUAAACUCGAGCUGCAGGACUGCUUGGAAUACAAUAGGAUAGCCAAGUUAAAGAAAGUACAGACAAUAACCACCAAGUCGAACUCGAUCAAACAGGGGAAAAACCAACUUUUCCCUGUUGUCAUGAAUGGCAAAGAAGAUGUUUUGUGGUGCACUGAGCUCGAAAGGAUCUUUGGCUUUCCUGUGCACUACACAGACGUGUCCAACAUGGGCCGUGGUGCCCGCCAGAAGCUGCUGGGAAGGUCCUGGAGCGUGCCUGUCAUCCGACACCUCUUCGCCCCUCUGAAGGACUACUUUGCAUGUGAAUAGUUCCAGCCAGGCCCCAAGCCCACUGGGGUGUGUGGCAGAGCCAGGACCCAGGAGGUGUGAUUCCUGAAGGCAUCCCCAGGCCCUGCUCUUCCUCAGCUGUGUGGGUCAUACCGUGUACCUCAGUUCCCUCUUGCUCAGUGGGGGCAGAGCCACCUGACUCUUGCAGGGGUAGCCUGAGGUGCCGCCUCCUUGUGCACAAAUCAGACCUGGCUGCUUGGAGCAGCCUAACACGGUGCUCAUUUUUUCUUCUCCUAAAACUUUAAAACUUGAAGUAGGUAGCAACGUGGCUUUUUUUUUUUCCCUUCCUGGGUCUACCACUCAGAGAAACAAUGGCUAAGAUACCAAAACCACAGUGCCGACAGCUCUCCAAUACUCAGGUUAAUGCUGAAAAAUCAUCCAAGACAGUUAUUGCAAGAGUUUAAUUUUUGAAAACUGGCUACUGCUCUGUGUUUACAGACGUGUGCAGUUGUAGGCAUGUAGCUACAGGACAUUUUUAAGGGCCCAGGAUCGUUUUUUCCCAGGGCAAGCAGAAGAGAAAAUGUUGUAUAUGUCUUUUACCCGGCACAUUCCCCUUGCCUAAAUACAAGGGCUGGAGUCUGCACGGGACCUAUUAGAGUAUUUUCCACAAUGAUGAUGAUUUCAGCAGGGAUGACGUCAUCAUCACAUUCAGGGCUAUUUUUUCCCCCACAAACCCAAGGGCAGGGGCCACUCUUAGCUAAAUCCCUCCCCGUGACUGCAAUAGAACCCUCUGGGGAGCUCAGGAAGGGGUGUGCUGAGUUCUAUAAUAUAAGCUGCCAUAUAUUUUGUAGACAAGUAUGGCUCCUCCAUAUCUCCCUCUUCCCUAGGAGAGGAGUGUGAAGCAAGGAGCUUAGAUAAGACACCCCCUCAAACCCAUUCCCUCUCCAGGAGACCUACCCUCCACAGGCACAGGUCCCCAGAUGAGAAGUCUGCUACCCUCAUUUCUCAUCUUUUUACUAAACUCAGAGGCAGUGACAGCAGUCAGGGACAGACAUACAUUUCUCAUACCUUCCCCACAUCUGAGAGAUGACAGGGAAAACUGCAAAGCUCGGUGCUCCCUUUGGAGAUUUUUUAAUCCUUUUUUAUUCCAUAAGAAGUCGUUUUUAGGGAGAACGGGAAUUCAGACAAGCUGCAUUUCAGAAAUGCUGUCAUAAUGGUUUUUAACACCUUUUACUCUUCUUACUGGUGCUAUUUUGUAGAAUAAGGAACAACGUUGACAAGUUUUGUGGGGCUUUUUAUACACUUUUUAAAAUCUCAAACUUCUAUUUUUAUGUUUAACGUUUUCAUUAAAAUUUUUUUUGUAACUGGAGCCACGACGUAACAAAUAUGGGGAAAAAACUGUGCCUUGUUUCAACAGUUUUUGCUAAUUUUUAGGCUGAAAGAUGACGGAUGCCUAGAGUUUACCUUAUGUUUAAUUAAAAUCAGUAUUUGUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1498.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1576.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 1019.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.(((((((((...((((((((....)))...(((((((((...))))..((((((..((((((((((..(((.(((.(((((((.(((((.((((.....)))).(((((...(((.(((((((((.((((........))))))))))))).))).)))))......((.(((..(((.......))).))).)).))))))))).....)))...))))))..))))..)))))).)))))).(((((..((((..(((.((...)).)))((((((((...((.((......))..))...))))).)))..)).))..)))))...(((..........))).)))))))))).)))))))))))..(((((((...(((((..((((((((((((((.(((((((((((...((((((((.((((.(..((((((.((((((((((((((.(((...((...))...)))..)).))))).....)).)))))...(((((.((((((.......)).)))).)))))))))))..).))))...))))..((((..((((......)))).)))).......(((((....)).))).((((((((.((((...))))..)))).))))(((((....)).)))((((((.((((((((((((.(((..(((((................(((((.(((((..((((.((((.((((.((((....))))((((((((((.((((((.(((((((((.((...((((..(((((......)).))).))))..)))))))).((((.((((((.((((((((((((((((.......((((.(.((.(..(((((((..((((((((((....))))..............))))))(((((((..(((.((......)))))..))))))))))))))..).(((.(((((((((.((.((((((..((((((((.(((...(((..((((((((((((((((...........((.(((.((((((..(((..((((((.........(.((.(((((.....((((..(((((........(((.(((...))))))..))))).))))))))))).)))))))..)))...))))))..))))))))))))..)))))))))..)))...)))..((((((.((((((((.((((((((...))))).......))).))))))...))))))))....((..(..(((.......)))...)..))...(((((....))))).......))))))))..)).))))))((.(((((........(((((........))))).(((((.((((((....))).((((((........))))))....(.((((((.(((...((((((((........))))))))...))))))))).)....))))).)))......(((((.....)))))))))).))))))))))))))....)).).))))))))))))))).)))(..(((((.(....).)))))..)...)).)))))).)))))))))))..).).)))))))))).((((((........))))))..)))))))).))))..))..))))))))))))).))).)).)))((((((((.((((((((((((((((...)))))))))......)).)))))..))..))))))))))))))))))))))).))).))))))))......)).)))))))))........((((.....(((((((.......)))))))...))))....((((.......)))).)))..))))).....))))))).(((((((....)))))))....((((((((.((.(((...(((((((((((((((((((((((((...............((((((((((((((((((...((((((((.((.(((..((((((((((....(((......)))..(((((((......)))).....(((((.(((((((..(((((((((((((.(((.((..((((....).)))..)).)))....)))))))....(((.....)))..(((((((((....))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((((......(((((((((.(..((((..((...((((......((((((((((....((((.((((((.(.((((..(((((..(((((..((((.....(((.(((((......))))).)))....))))..((((...(((.(((((.((((.(((((......(((((((........)))))))......))))))))))))))..)))...)))).....((.(((.(((((((((((((....(....).....))))))....................(((((...((((....))))..(((((((((((.......)))))))))))((((....)))).......((((((((((((((((.((((.((((......))))))))....)))))))))).))))))(((((...))))).))))).((((.(((...))).))))..))))))).))).))..((((....))))))))))))))))).).).)).))))...))))..)))))..)))))...)))).)).)))).)))))))))).((.(((((.(((.((..((.(((((...........)))))))..)).)))))))).))))))).).)))))))....((.(((((((((....(((((((..(((((((((...))).))).)))...)))))))....))))))))))).)))))))))).............(((((((...)))))))...((((.((((.((((...((((...................)))).)))))))).))))................(((((((((.....)))))).)))....(((........)))....))).)).))))))))....(((.(((...(((((((.(((((((((((....((((((...............((((((((((..(((((.(((((((..((((..((((((((((..((((((........))))))(((((((((....((((.(((........)))..))))..........)))))))))))))))))))....(((((((.((((((((((........)))))...))))).))).))))........(((....))).....((((((((((.(((.......))).))))))))))......(((..(....)..)))...))))...))))))).)))))....(((((...(((((.(((.(((((((........(((((((((((.....((.(((((((.(((((((((........((..(((((((...(((....))))))))))..)).((((.(((((((((....))))).))))))))......))))))))).....))))))).)).......)))))......((.(((((..(((....)))...))))).))(((((((((((..(.....)..)))))))))))............))))))........)))))))))).........(((((((((...............)))))))))..)))))...(((.((..((((...((((((..((((((((((((................))))))))).)))..))))))..))))..)))))...)))))..))))))))))))))))...)))))))))..((((................))))((((...)))).........)).))))))).))).)))..))))))))))))))))))..............)))))))))))))))))))................))))))..)))))))))..........((((((((((.(((((((((...........)))))))))..(((.((((((((...............)))))))).)))))))))))))................))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((.(((((((((...((((((((....)))((((((((((((..((((((,,(((((..(((((.(.(((({(((.((.((({...}))),}.((((.....)))).,,((|,..||||,((({((((..(((((.(((...((((..(((((((((((((((((,((..(({{,....,........|{((((((.....))))}}.}..}))))),))))))))..))).)))))).))))..))).))))),.},..)})}})})))))))))},)))))..))))).)....))},))).))))),.)))}}})).....((......))...|.((((....)))),,.))))).))))))))))).((((..{{,.,,.(((((((((((((((((((,(((((((((((...(((({(({.((((,(.,(((((({{(,{(((({{((((.{{{,,.,,...}}..,}||..}},|||||....,)),))}}|,..(((((.{{{({{.......)).)))).)))))}}))))..),)))}...))})}.{(((..((((......)))).))))..,,...(((((....)).))).,(((((((.{(((...))))..)))}},)))|||||....}}.}}}(((((,,((((((((((((.(((..(((((................{((((.((({(.,((((,(({{((({{.,(((....)))|((((((((((.{,((((.(((((((((.((...((,,..||,{{..{{{{||.,,,.))))}})))))))).((((.((((((.((,,,(((((((((((..{{{{{(,.({(.{(((.((((((({..{((({{((({.,,,|||,....,|,..|}}.,))))))(((((((..(((.{{.....,),)))..))))))),,,|{(((({.(((.((((((((((,({((((((..((((((((.(({,.{(((..((((((((((((((((.{((.....}}|{.(((.((((((..({(,.((((((.........{.(,{(((((.....((((..(((((........((,{(((...))))))..))))).))))))))))).)))))))..))},..))))))..)))}}))))))}..))))))))),,||||..}}}..((((((.((((((((.((((((((...))))).}}}...,}}.)))))}...})))))))....{{..,..(((.......)))...,..)}.,,||||,....,}})),,.,,}.)))))))).,)),))}},..,.(((,({{{{{,..(((((........))))}.,.{{|.{|||,{....|||.((((((........)))))),.},|,((({{..|||,..{{((((((........))))))))}}})))})))|{{{....|}},,.})},},||.(((((.....))))))))))..)))))))))))))..,.)))))))),}))))),)))}.)))...|||||,|..}})}),,,.}))}}.)).)))))).)))))))))))..,.,.)))))))))),((((((.,....,.)))))).,)))))))),)))),.)}..})))))))))))).))).}}.)))((((((((.((((((((((((((((...)))))))))......)).))))),,))..))))))))))))))))))))))).))),,)))))))....,.)),})))))))))....,(((((((({,.(((((((.......)))))))..(((({{...(((..(((((((...(((,,{{(((((....((((((..(((((((.(((((((((((((((((.,.((((((,(({(,{{,....,|)))},,..}))))}....,|.}},,{{{{{{.{|,|,,,||||}|||,{,,,{|||,,(((((((((,..,,...((((....{{,....,,}},....((((((.....{({{,..,.{((((.(((((((..(((((((((((((.,({{((..((((....))),)..)}.)})....)))))))....(((.....)))..(((((((((....))))))))))))))))))))))))))).,....}}.))}....)))))))}}}{((((.(((........))).))))}..{(((((((.....((((((((((.....))))}})))))....))))))))))))))))|((((......))))),}}}}...)))))))))),,.....(((((.((((.(((((.{....(((((((........)))))))....}.))))))))))))))..,,,.))))))).)))))))}})){,{{{{,{{(((((((.,{.((((({{{{{.{{{...,,..(((({{......{{(((...((((....))))..{((((((((((.......))))))))))|((({....}))),......((((((((((((((((.((((.((((......)))))))}....)))))))))).))))))(((({...})))).))))}((((((,,..{((((..((((((({(((((.(.((((((.(({....(((((((((.{{(,(((({..((((((.((,......))}))))))}.|{((.((((({.{....})))))).)},}|)})))...)).,,.)))))))))......})})))))).)))))).,,,}}.}))))}))))),.))))))...,,{(,((((((((({{.(({(((((..(((((((((...))).))).)))...))))))).}).}))))))))})....,})))))........}}}.,||||{{,..,||||}||...,,,)))}|}|,,,,,,,,,(((((,...(((((({...,)))))){{(,(((,.((,(({(((....((({{(((((((((((.....)))))).))}....{(({{{|||......,.,},,.{{{{,.,{{{{,..,,...{,{,,||,....|}|||....,,......,.|{{{{.,,.(((((({...}))))))..}}}||((,.((((((((,{{{,,,|||{{{{{{{|,|{|{{{,|,....,))))},,{{{{{{{{....((((.(((........)))..))))....,,,,,,)))))))}}))))))))))....(((((((.((((((((((........)))))}..})))).))).))))........|,|,,..,}}.....((((((((((.(((.......))).))))))))))......(((..{.......})},..,}}}.},})))))),})}},.}}})}))},..,{.,(.{((.(((((((........(((((((((((....{(({(((((((,(((((((((........,{..(((((((...(({....})))))))))..}}.((((.((((((((({....))))}))))))))......))))))))).....))))))).,,.......))))}.}}},.((.(((((..(((....)))...))))).))(((((((((((..{.....}..)))))))))))...........,))))))...,....)))))))}))...,.....(((((((((...............)))))))))..}))))}}}..}.})))}}}),)})),))),,))})},,,....})))}.}}.})))))}.,}},}))).}}}},.)))....))))))).)))}},})))((((({...})))))})}},,..,|||......,|||...........}}},,)))){{{{.,.}},}.,,,,,,,....)))))))..(((.(((.(((((((...((({..,,..{{,,,...{{{{....,,,,,.,,))}}.,.}}}}.....}}}}.......))))...)))))).).))).)))((((((((((.(((((((((...........)))))))))..{((.((((((((...............)))))))).))}))))))))))...........,.,,,.)))).
Back