Basic Information

Symbol
DPPA4
RNA class
mRNA
Alias
Developmental Pluripotency Associated 4 Developmental Pluripotency-Associated Protein 4 FLJ10713 2410091M23Rik
Location (GRCh38)
3:109326144-109337591
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018189.4
Sequence length
2788.0 nt
GC content
0.4110

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-786.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -844.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 685.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001348928.3 NCBI
AAUCUUGGGGCAGGGGCCAUUUUGGAAGCAUGUUGCGAGGCUCCGCUUC… 2715 nt 0.4092
NM_001348929.2 NCBI
AAUCUUGGGGCAGGGGCCAUUUUGGAAGCAUGUUGCGAGGCUCCGCUUC… 2492 nt 0.3977
NM_018189.4 NCBI
AAUCUUGGGGCAGGGGCCAUUUUGGAAGCAUGUUGCGAGGCUCCGCUUC… 2788 nt 0.4110
Summary

This gene encodes a nuclear factor that is involved in the maintenance of pluripotency in stem cells and essential for embryogenesis. The encoded protein has a scaffold-attachment factor A/B, acinus and PIAS (SAP) domain that binds DNA and is thought to modify chromatin. Mice with a homozygous knockout of the orthologous gene die during late embryonic development or within hours after birth. Knockout embryos are normal in size at embryonic day 18.5 but exhibit skeletal and lung tissue abnormalities. This gene, when mutated, is highly expressed in embryonal carcinomas, pluripotent germ cell tumors, and other cancers and is thought to play an important role in tumor progression. Multiple pseudogenes of this gene have been identified. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2017]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that DPPA4 was part of an upregulated pathway associated with pluripotency in female versus male E7 embryos, as identified through whole transcriptomic analysis [Boschen et al. DOI:10.1002/Bdr2.2292].