Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018189.4
Sequence Length
2788 nt
GC Content
0.4110
AAUCUUGGGGCAGGGGCCAUUUUGGAAGCAUGUUGCGAGGCUCCGCUUCUUCUACAAGUAUGGAGAAGGCAAAAGGCAAGGAGUGGACCUCCACAGAGAAGUCGAGGGAAGAGGAUCAGCAGGCUUCUAAUCAACCAAAUUCAAUUGCUUUGCCAGGAACAUCAGCAAAGAGAACCAAAGAAAAAAUGUCUAUCAAAGGCAGUAAAGUGCUCUGCCCUAAGAAAAAGGCAGAGCACACUGACAACCCCAGACCUCAGAAGAAGAUACCAAUCCCUCCAUUACCUUCUAAACUGCCACCUGUUAAUCUGAUUCACCGGGACAUUCUGCGGGCCUGGUGCCAACAAUUGAAGCUGAGCUCCAAAGGCCAGAAAUUGGAUGCAUAUAAGCGCCUGUGUGCCUUUGCCUACCCAAAUCAAAAGGAUUUUCCUAGCACAGCAAAAGAGGCCAAAAUCCGGAAAUCAUUGCAAAAAAAAUUAAAGGUGGAAAAGGGGGAAACGUCCCUGCAAAGUUCUGAGACACAUCCUCCUGAAGUGGCUCUUCCUCCUGUGGGGGAGCCGCCUGCCCUGGAAAAUUCCACUGCUCUCCUUGAGGGAGUUAAUACAGUUGUGGUGACAACUUCUGCCCCAGAGGCUUUGCUGGCCUCCUGGGCGAGAAUUUCAGCCAGGGCGAGGACACCAGAGGCAGUGGAAUCUCCACAAGAGGCCUCUGGUGUCAGGUGGUGUGUGGUCCAUGGGAAAAGUCUCCCUGCAGACACAGAUGGUUGGGUUCACCUGCAGUUUCAUGCUGGUCAAGCCUGGGUUCCAGAAAAGCAAGAAGGGAGAGUGAGUGCACUCUUCUUGCUUCCUGCCUCCAAUUUUCCACCCCCGCACCUUGAAGACAAUAUGUUGUGCCCCAAAUGUGUUCACAGGAACAAGGUCUUAAUAAAAAGCCUCCAAUGGGAAUAGAAUAUCAGGAAAAAGGCCACAUCUAUGGUAAUUAAUGGCAGAAAAGCUGGAGAGUUGGAUUCUGCGGUGCUGCUGACAGGUGAACUCUGGUCCUCUGCACCUGUUUAUGGGCCAUGCAGACUGGUGGGGUGGCAGAUGUUAGCCUAAGACCCCUAGCAGUGCCUGUUGCUUUGUGAGUGGAGAUAGAGACUCUUACAUUUAAAAAUGGAAAAACAUUUCACAAAUUACCAUAAAUUGUAGUUAAUAUGUAGAAAAACUCAUUCAUACUACUUUUCUAAAAUAGACAUGACUUCAGCAGCAGCUUUUUUUUGUUGUAUUUUGAGACAGUGUCUCACUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCAAUCUCAGUUCAGUGCAAUCUCCGCCUCCUGGGUUCAAAUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUAGGUACAGGCACCUGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGUUGGUCUCAAACUCCUGGACUCAAGUGAUCACCCUCCUCAGCCUCCCAAAAUGCUGGGACUAUGGGCAUGAGCCCCUGCGCCUGACCUUCAACAGCUCUUUUAAGUGAGUUCUUCAGCUAAGCAUUGUGAUGGACUUGAGUAAAAUGGUAGUUGGCUCUUGUGCUCAAUUUUCUCUUCCUCUGAACACUGACUACUUUAGGAGCUGCUUCAUUCCAAUUGCAAUUUCAUAAAACGUAAAGUAUUUUAAGGCAAAGAAAGGCUGUUAAUUCCCUCCCUCCCCCAAACACAUGAUUUUUAAUAUUCUAAACAAUAUUUUUCAAAGUUCUCUUAAUAACCUGAGAUUUCUAUGGUUUGACUCCAGGAUCAAAACACAAGGGACUUUGUAUUAUUUCACUUAUAAUUGUUUUGUAUAUUUCUGGAGUUUAAAAUGUUUAAGGUUGCUUCCCGCUCAUAAAUACAUAAUAUAUUGAAUUUAAAAUGUGUUUAUUAACCGAUUCUCCAUAAAUAAAAAUAAGAUGUGUAUGUAAAAUAAUUCAUCUGUUGUAUUUAGAGAACCAUAUUCAUUGCAUGCAAAUUUUAUUGUUAGUGUUCUUAACUCAAGUAGGAGUAAACCAAAAAGUGUGAUUUUUCUUUUGUAUGACUCGUUUGUUCUUUAUUAGUUGGUGGUAUGGGUUGGAUCAUUUGUUUUUAAAACUACUUAGGUAUGAUUCACAUACAAAAAGCUGCACAUAUUUAAUGUAUCCUAUUGUGUAAUUAAUUUUUAAUUUUUUUGUGUACUUCCUAAACUUAUAGUCCUGCGAGUCUGGGAACAGAUCUGUUUUUCACUUAUCCUGAUUUAAUGACAGUUUCCAACAUUGUUUUGUUAUUACAAGUAGGGGAUCUUUUUUUUUGCCCGUUUAAUGAAGAUACUAAAAAUAAUGCACUGGAAGGAGUGGAAGAGUUGGAAAAUUUGUAACCAUCAUAAUACAGGUGUAAUAGGUUUGGGAAAGAAUCCUCAAAAAUGUUAAAGCAAGGGAGGAAAGUUUGUUGAGAAGCAAGAUGUUCUUCUCUCCUGCCCGCCCCCGCCGUUGGUUGUUGGUGGUCAGAAUUAUUGUGUAAUAAAUAAUAGACAUUUUUUCUUAUACUAUGUGUAUUGUUCCUUUUGUUUCCUUUUUAAACUUCUCCCCUGCUUUAUUUGGAUGGGUCAAGUUUCUGUUCUGUUUCCUUCCUUUCUAUUAAUUUGGAAAUGUCCUUGGCUUUACGAUUCUGCUUGUAGAUACUUCCCCUGCUUCUAACACAUUUCAAUAAACUUAAAUUUCUCUAUAUACAAAAUAAAUUAAUAAUUGGAGUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-786.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -844.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 685.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((((...)))..(((...)))(((((...))))).(((((((((....((((....((((.((((((((((....)))).(((((((.....((((((((..(((((((...........................)))(((((((...(((...((.....((((((((((((((((....((((((...((((((((((..........)))))))))).((((............)))).(((((...................)))))..)))))).........((((((.(((((.(((...(.(((((..((((((...(((((....(((.(((.....)))))).)))))...))).....(((((((((((((((((((((...(((((.....)))))...)))....)))...))))).....(((((((((...(((((((..(((((.((((((((.(((((......)))))((((((((((...........(((((..(((((((((((......)))))))))))..((..((((....))))..)).......((((((((((((...(((.((((......((((((((..((((((.....))))))..)))).)))).....)))).)))...((((((((((((.(((((...))))).....)))))))))))).(((..((((((((((((((((......)))).((((...((((.((..(((((((((((((((..((.(((.....)))((((...))))..((((((((....((((((....)))))))))))))).((((.(((((((((((......((((......((((...))))))))((((....(((((....)))))(((.(((......))))))....))))....................((((......)))).......(((......))))))))))))))....))))))..)))).)))))))))))....))))))...))))..)))))))))))).)))((((.((((((((.((((((..........))))))((((((((...(((((((((((((.......))).))).......((((......)))))))))))............(((((....(((.((.....)))))....)))))...((((...)))).......((((..(((((........)))))...))))(((((((...)))))))(((((((.(((((((((.(((.((.......))))).))))..)))))...)))))))............((((((((((....)))))..)).))).)))))))))))))))).))))..(((((............))))).(((..(((...((((....(((((((((..(........).))))).).)))))))...)))..)))(((((((((......)))))....((((....))))..((((..((...(((((.(((.(((((..(((((((.(((.(........)))).)))))))..))))).))).))))).))..)))).....(((((...(((..(((.(((......((((((((.(((............))).)))).))))......))).)))..)))...))))))))))))))))))))).......(((((.((((......((((((......)))))).........((((..........))))....)))))))))....)))))...........))))))))))....)))))))).))))).))))))).)))))))))...............((((((.........((((((((((.................))))))))))...((((((((((((.......((((((((.(((((((((((((.(((.((((.......)))))))...))))..))))))))).)))))))).............((((......))))................(((((((..(((((...........((((((((((.(((........((((((....(((((.(((((.....(((((.((((.....((((((((((.((((((.................)))))).............))))))))))..((((((.((((.((....)).)))).))))))..((........))..)))))))))))))).)))))..))))))......((((....))))((((((((.....))))))))))).))))))))))...........)))))..))))))))))).)))))))).......))))))......))))))))))((((..(((((((.....))).))))..))))...((((((((((((.(((((((....))).)))).)))))))))..))))))..))))).)...)))..)))))))))))..((((........))))))))))))))))))))...))...)))..)))))))..))))))))))))..))))))).............(((.(((...((........))...))).)))((((((......))))))..)))))).))))....))))))))))))).....))))))))))..........................(((((.....................)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((((((({...}))..(({...}))(((((...))))).((((((((({.{{({,,,...((((.((((((((((....)))).{{....|,((((((({,(((.(((,{(((,.....,,,..,,,........||...}},(((((,,...((({{{.({{{..((((((((((((((((....((((((...((((((((((.,........)))))))))).(((,......,,}...,}||.(((((.,..............,..)))))..)))))).........((((({,(((((,(((...{.(((((..{(({({{{,{{{,{{,.{({(.(({.{{{{|||||,,....((.(((,.....|}||}|.||,||||}||{{.,...{,{{{...{{|||..,,,}|||,.,||{{{{{|||,.,{,.(((((((((...(((((((..(((((.((((((((.,{(((,,....))))}((((((((((...........(((((..(((((((((((......)))))))))))..((,,((({..,,||}}..}|.,.,...{{||||||{{,...((((((....)))))}{{(((((,,((((((.....)))))).,)))),}))},,,,,{||}||||{{{((((((((((((.(((((...))))).....)))))))))))),(({,.((((((((((((((((......)))).((((...((((.((..(((((((((((((((..({,(((.....)))((((...))))..{((((((({{{({(((((....)))))))))))))).{{({.((((((((((({.....{{,(,,{,,.,((,...||}|||}}{{{,...,(((((....))))}(((.(((......)))))).,..}))).........,,.}}......{(({......)))).......||{......)}))))))))))))....))))})..)))).)))))))))))..,.))))))...))))..)))))))))))).,||((((.((((((((.((((((..........))))))((((((({,(((({((((({((((.......}})}}}}},....,{(((......)))))},,,||,,.......,..(((((....(((.((.....)})))....)))))..,|{{{...,||{{{,...,{{((,,(((({.......,)))))...})))|{{{|||}},}}}}}},(((((((.(((((((((.(((.((.......)}))).))))..)))))...))))))).,....},....,((({{((((....)))))}})}.)))))))))))))))))))).)))),,|(({{...,,.......}})}}.{{(..((({{.((((..,,,,({(((((..(,,.....,).))))).}.)),))))..}))),.))),|||(((((......)))))....((((....)))),|{|||}|||...,,{,({((({(({{{,,({(((({.((({{........}}}}.}}}}}}|,,|}}||.|}}.}}}})}))..})))}}}..,{{{{.,.{{{,,|||.|||.,,|,,{{{|||||,||{...........,))).}}}}.}}},..,,..})).})}..})),},))))})))))}}}}}}})))).......(((((.((((,.....((((((......)))))}......,{.{{((..........))))..,,}))))))))....)))))...........))))))))))....)))))))).))))).))))))).))))))))).,}|......,,,..((((({{{({.({{.((((((((((..,,.........,,..)))))))))).....,......,.....,,..((((((((.(((((((((((((.(((.((((.......)))))))...))))..))))))))).)))))))){||{{,,...,}}}}...}}}.}))}},}}}}.,,,,,.,,,...,}}}}}}}||.||,||,,,..}}}}},,.,,,}}})}}}}}}}})}}{(({{{{{.,,{,.......,.......|{|||}}}},))))),.,,,,.{{{{{{,......,,,,,....,)))))}.......((((((.((((((.{,.{(((((((((((((,..((((...,,.(((..(((({{,,,((((((((((.{{(,,.......,||,,((((((.((((((((({,({((.,,...,(((,{..........}.)))......}}..))))...)))))))))...)))))),}))))),))},,)))},})))))..)))........))))..}.}))))))))))}},}..,.,.)))))).)))))){{{(((((((({.{((((((....)))))}}}.}))))))))..}))})),,))))).)...))).}))))))))))).|{{{{........,,,,)))))))))))))))),{{|....,))},,))))})}}})}}))))....,{||||..|{{.,.|.......)||.))}..)))))}})).))).}))))))),((((((......))))))..)))))).)))).,..))))))))))))).....))))))))))......,,,,,,,,............,{,{,...................,}))))),...
Back