Basic Information

Symbol
AFP
RNA class
mRNA
Alias
Alpha Fetoprotein Alpha-Fetoprotein HPAFP FETA Alpha-1-Fetoprotein Alpha-Fetoglobulin AFPD
Location (GRCh38)
4:73431138-73456174
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001134.3
Sequence length
2426.0 nt
GC content
0.3895

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-635.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -680.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 527.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001134.3 NCBI
AUUGUGCUUCCACCACUGCCAAUAACAAAAUAACUAGCAACCAUGAAGU… 2426 nt 0.3895
NM_001354717.2 NCBI
AUUGUGCUUCCACCACUGCCAAUAACAAAAUAACUAGCAACCAUGAAGU… 2284 nt 0.3849
Summary

This gene encodes alpha-fetoprotein, a major plasma protein produced by the yolk sac and the liver during fetal life. Alpha-fetoprotein expression in adults is often associated with hepatocarcinoma and with teratoma, and has prognostic value for managing advanced gastric cancer. However, hereditary persistance of alpha-fetoprotein may also be found in individuals with no obvious pathology. The protein is thought to be the fetal counterpart of serum albumin, and the alpha-fetoprotein and albumin genes are present in tandem in the same transcriptional orientation on chromosome 4. Alpha-fetoprotein is found in monomeric as well as dimeric and trimeric forms, and binds copper, nickel, fatty acids and bilirubin. The level of alpha-fetoprotein in amniotic fluid is used to measure renal loss of protein to screen for spina bifida and anencephaly. [provided by RefSeq, Oct 2019]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the AFP is a protein marker for the identification of neonatal blood, as mentioned in the introductory discussion of the research [Sakurada et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2012.01.014].