Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354717.2
Sequence Length
2284 nt
GC Content
0.3849
AUUGUGCUUCCACCACUGCCAAUAACAAAAUAACUAGCAACCAUGAAGUGGGUGGAAUCAAUUUUUUUAAUUUUCCUACUAAAUUUUACUGAAUCCAGAACACUGCAUAGAAAUGAAUAUGGAAUAGCUUCCAUAUUGGAUUCUUACCAAUGUACUGCAGAGAUAAGUUUAGCUGACCUGGCUACCAUAUUUUUUGCCCAGUUUGUUCAAGAAGCCACUUACAAGGAAGUAAGCAAAAUGGUGAAAGAUGCAUUGACUGCAAUUGAGAAACCCACUGGAGAUGAACAGUCUUCAGGGUGUUUAGAAAACCAGCUACCUGCCUUUCUGGAAGAACUUUGCCAUGAGAAAGAAAUUUUGGAGAAGUACGGACAUUCAUGAACAAAUUCAUUUAUGAGAUAGCAAGAAGGCAUCCCUUCCUGUAUGCACCUACAAUUCUUCUUUGGGCUGCUCGCUAUGACAAAAUAAUUCCAUCUUGCUGCAAAGCUGAAAAUGCAGUUGAAUGCUUCCAAACAAAGGCAGCAACAGUUACAAAAGAAUUAAGAGAAAGCAGCUUGUUAAAUCAACAUGCAUGUGCAGUAAUGAAAAAUUUUGGGACCCGAACUUUCCAAGCCAUAACUGUUACUAAACUGAGUCAGAAGUUUACCAAAGUUAAUUUUACUGAAAUCCAGAAACUAGUCCUGGAUGUGGCCCAUGUACAUGAGCACUGUUGCAGAGGAGAUGUGCUGGAUUGUCUGCAGGAUGGGGAAAAAAUCAUGUCCUACAUAUGUUCUCAACAAGACACUCUGUCAAACAAAAUAACAGAAUGCUGCAAACUGACCACGCUGGAACGUGGUCAAUGUAUAAUUCAUGCAGAAAAUGAUGAAAAACCUGAAGGUCUAUCUCCAAAUCUAAACAGGUUUUUAGGAGAUAGAGAUUUUAACCAAUUUUCUUCAGGGGAAAAAAAUAUCUUCUUGGCAAGUUUUGUUCAUGAAUAUUCAAGAAGACAUCCUCAGCUUGCUGUCUCAGUAAUUCUAAGAGUUGCUAAAGGAUACCAGGAGUUAUUGGAGAAGUGUUUCCAGACUGAAAACCCUCUUGAAUGCCAAGAUAAAGGAGAAGAAGAAUUACAGAAAUACAUCCAGGAGAGCCAAGCAUUGGCAAAGCGAAGCUGCGGCCUCUUCCAGAAACUAGGAGAAUAUUACUUACAAAAUGCGUUUCUCGUUGCUUACACAAAGAAAGCCCCCCAGCUGACCUCGUCGGAGCUGAUGGCCAUCACCAGAAAAAUGGCAGCCACAGCAGCCACUUGUUGCCAACUCAGUGAGGACAAACUAUUGGCCUGUGGCGAGGGAGCGGCUGACAUUAUUAUCGGACACUUAUGUAUCAGACAUGAAAUGACUCCAGUAAACCCUGGUGUUGGCCAGUGCUGCACUUCUUCAUAUGCCAACAGGAGGCCAUGCUUCAGCAGCUUGGUGGUGGAUGAAACAUAUGUCCCUCCUGCAUUCUCUGAUGACAAGUUCAUUUUCCAUAAGGAUCUGUGCCAAGCUCAGGGUGUAGCGCUGCAAACAAUGAAGCAAGAGUUUCUCAUUAACCUUGUGAAGCAAAAGCCACAAAUAACAGAGGAACAACUUGAGGCUGUCAUUGCAGAUUUCUCAGGCCUGUUGGAGAAAUGCUGCCAAGGCCAGGAACAGGAAGUCUGCUUUGCUGAAGAGGGACAAAAACUGAUUUCAAAAACUCGUGCUGCUUUGGGAGUUUAAAUUACUUCAGGGGAAGAGAAGACAAAACGAGUCUUUCAUUCGGUGUGAACUUUUCUCUUUAAUUUUAACUGAUUUAACACUUUUUGUGAAUUAAUGAAAUGAUAAAGACUUUUAUGUGAGAUUUCCUUAUCACAGAAAUAAAAUAUCUCCAAAUGUUUCCUUUUCCAAGUUUGCUUAUUUAUGAAAAGUUAUCGAUAAUUUCUUUAGUUUUGUAUACCAUUGUCUGAAGCAGAUUCUGUUAAAAUAGCAUUAAGUGUUGGUUAUUAUAGGAGAUUAAAGCUAUCCAAGGAUGGAUUUACAGCACUAGAUCACUUGGUGAACUGAAAAAUGUUCCCAAGUUAAACACUAUUUGAUGCUACCAGGGCAUUUUGUUUAUUAAAUGACCAUCACUGAAGUAUUCUAACAGAUAAUCUGGAGAUGAGAAAAGAAAUUAUUAUUCUUCUAUGGGAUCUAAGAAAAUUUAACAUCUACUUUUUUUCUCAAUCUUGUUCAGUUCUCUAUUCACAGACAUUUUAAAACAUAAGAAUAUUACAGUUUUGAUUGAAUAUAAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-591.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -635.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 609.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((..........)))))).....................((((((((((.....((((((((((....(((((..........(((....))).(((.((...((((.(.(((((((((....))))))))).).))))...)).)))...(((((((......(((((.....)))))......))))))).((((((((.......(((((((((......))))).....)))).......)))..)))))........((((((.((((((((.....)))))))))).))))(((((..(((....)))..)))))(((((((((((..((((((.(((.((.((((((((((...(((((((.(((((....)))))....(((((((((((.(((..((((((((((((.(((((..((..((((((((((((((((..((.........((((((......((((...(((((......)))))...((((.((.......)).)))).)))).......))))))..))..)))))))........(((((((((((((((.............((((((........))))))(((((((((.....((((((........))))))....))))............((((((.........)))))))))))...)))))))..))).))))))))))))))..))..))..))).))))))).))))).......(((((......((((((..((((((((..(((((...........)))))....((((...((((((((......)))))))).))))...(((((.((.....)))))))...(((((((((((((((((((((((....))))))...)))))))))...............))))))))((((.........))))......))))))))...)))))).......))))))))...)))))))))))((((((((...))))))))....(((((((((..(((((((((...((((((..(.((((......(((((.....)))))..((.((((((.........((.((((..((((((((.(((.(((.((.((...)).)))))..))))))))..........)))...)))).))...........)))))).))((((.(.....).))))....((((((.((((((((.(((((((((((.((((..((....(((((((...((......)).)))))))..)).)))))).....))))))).)).))))))))...))))))((((...............)))).)))).)..)))))).)))))))))..)))))))))..((((.((.((((...(((((..((((.((((..((.........))..)))).))))..))))).....((((((((..(((......(((((((..((((...(((....)))...((((...(((...)))...))))(((..........)))...(((((((.......(((((..((....)))))))......)))))))....))))..)))))))(((((((((((.(((((..(((((.....)).))))))))..))....)))))))))..)))....))))))))....................)))).)).)))).((((.((((((....((((((((((...(((...(((((.....))))).)))...)))))))))))))))).))))(((.......(((((((((..(((.(((((.......((......))...))))).))))))))))))......)))....))))))).)))))))))).)).))).)))))).)))))....((((((((((((..............((((((....((((((((((((.((((......((((.((((((((......((((...((((((((....)))))....)))....))))((((((.((((........))))))))))((((((......((((((.....)))))).))))))...)))))))).))))....)))).)))))))..))))).))))))..))))))))))))..)))))).)))))..))))))))))...)))))))))).....((((((((((...(((((.........................)))))...))))....))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{(,(((({(((((...........................,.}))}}}}|}}}.||,,.....,{,,,,,,,..,,{{{{{,..(({....{((.(({.((...((((.{.(((((((((....))))))))).}.))))...}}.})},|||{{{{{{.,,},,|||({,...,|||}}......}}}}})}.,|}|,|||,.}}}},,}},{{{{{..,,..))))).|{{{{|(((({{{{.(,({{{{.,||{{{{{{{((((((.((((((((.....)))))))))).}||((((((..(((....)))..))))))||..((((((..((((((.(((,{(.((((((((((...(((((((.(((({....,)))}...,(((((((((((.(((..(((({(((((((.(((((..((..((((((((((((((((..((.,.......{{{{{{....{{(((((...,,,,.....|||}},...|||{.,,.......})})))),.,,........}}}))}..))..)))))))........(((((((((((((((.............((((((........))))))(((((({((.....((((((........)))))}....}))},..,,..,,,,.((((((.........)))))))))))...)))))))..))).))))))))))))))..))..))..))).))))))).))))}.......{((({....,,{{{{{{..|{{{{({({.(((((...........})))}.|,,{(((...((((((((......)))))))).)))}...{((((.((.....))))))}...(((((((((((((((((((((((....))))))...)))))))))...............)))))))),,,........|||||||||,,.||||}}}}...)))),},},,}},))|},}}}...)))))))))))((((((((...))))))))....{({((((((.,(((((((((..(((((((..,.,{,......{(((({.....}}}})...|}|||.............|,|||,,.{{,.((((,(((.(((.((,{{...}),)})))..)))))))}|,.,......}||{,,,,,,.........,,,..}))))}.},((((.{.....).))))....((((((.((((((((.(((((((((((.((((..{,....(((((((...{(......}}.)))))))..}}.)))))).....)))))))},).))))))))...))))))...........}}|,,,|{{{||.,,,,}}}})),,},.))))))))).,)))))))}}.({{(((((((((({....,,...|,,..{((((((,{{{(.{{{(.{,{({,,..)}),..)))}.,.},||,,}}}))}}|,......{({{{.....}|},,.(((....))).(((.((...)).)))))))))))))))}...|{,,{.||||,{,(((((((.,.....(((((..((....))))))}......)))))}}..,})},})})}}}|,,(((((((((((.(((((..(((((.....)).))))))))..),...}))))))))).,}}}{{{{|,||,,,,....}},.})))}.,|||||.}}}}.}.}}}{|(({|..,,,,|}}}}{(({((((((,{{(((...(((((.....))))).,}),..))))))))))},||||,|..|{{{{,,.,,.,{{{{||||,,||,,|||||.,{,......,,,.|||{{.}}}}}.}}})))))}))}......,}),},.))))))).)))))))))),)}.))).)))))).)))))).,,{(((((((((({.,{{,{,........{{(({,...((((((((((((.((((.{.,,.((((.((((((((.,,,..{{{(,..((((((({....)))))....)))..,,}}))((((((.((((........)))))))))){(((({......((((((.....)))))).})))))...)))))))).)))).,.})))).)))))))..))))),|||||||||||||}}}}}}},{{{{,,,..}}}},.,,|||,.........,,,..,}},})))))))},})}}})))).}}}}.}}}}).,.}}}}}},,,,|.,||,,|,,||.||||,,,})})))}}},..,,..
Back