Basic Information

Symbol
EBF1
RNA class
mRNA
Alias
EBF Transcription Factor 1 COE1 OLF1 EBF Transcription Factor COE1 Early B Cell Factor 1 Early B-Cell Factor O/E-1 Collier, Olf And EBF Transcription Factor 1 Olfactory Neuronal Transcription Factor 1 OE-1
Location (GRCh38)
5:158695920-159099951
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024007.5
Sequence length
5405.0 nt
GC content
0.4111

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1421.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1531.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1480.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001364157.2 NCBI
GUGUUCUUCUAUGUGUGUGUGUGUGCCUGUGCGCGCUUGUGUUGGGCAG… 5637 nt 0.4339
NM_001364158.2 NCBI
GUGUUCUUCUAUGUGUGUGUGUGUGCCUGUGCGCGCUUGUGUUGGGCAG… 5336 nt 0.4278
NM_001364159.2 NCBI
GUGUUCUUCUAUGUGUGUGUGUGUGCCUGUGCGCGCUUGUGUUGGGCAG… 5360 nt 0.4282
NM_024007.5 NCBI
CCUGCUUCUUCAAGUGAAGGGUACCUCUACAAAAGGAAACUCCAGCCCC… 5405 nt 0.4111
NM_182708.3 NCBI
CCUGCUUCUUCAAGUGAAGGGUACCUCUACAAAAGGAAACUCCAGCCCC… 5312 nt 0.4098
Showing 11 to 15 of 15 entries
Summary

Predicted to enable DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within positive regulation of DNA-templated transcription. Predicted to be located in chromatin. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025] CIViC Summary for EBF1 Gene

Forensic Context

A study in human datasets identified the EBF1 as a marker for endothelial cells used in the manual annotation of endothelial cell clusters within an Alzheimer's disease single-nucleus RNA sequencing dataset [Xue et al. DOI:10.3233/JAD-230559].