Basic Information
Symbol
ECM1
RNA class
mRNA
Alias
Extracellular Matrix Protein 1
Secretory Component P85
Testicular Tissue Protein Li 61
URBWD
Location (GRCh38)
1:150507989-150513789
Forensic tag(s)
Wound age identification
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_004425.4
Sequence length
2046.0 nt
GC content
0.5787
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-748.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-782.93 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
408.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AACCGUAACAGCCACCAGACAAGCUUCAGUGGCCGGCCCUUCACAUCCA… | 2127 nt | 0.5806 | |
| AACCGUAACAGCCACCAGACAAGCUUCAGUGGCCGGCCCUUCACAUCCA… | 2046 nt | 0.5787 | |
| AACCGUAACAGCCACCAGACAAGCUUCAGUGGCCGGCCCUUCACAUCCA… | 1671 nt | 0.5703 |
Summary
This gene encodes a soluble protein that is involved in endochondral bone formation, angiogenesis, and tumor biology. It also interacts with a variety of extracellular and structural proteins, contributing to the maintenance of skin integrity and homeostasis. Mutations in this gene are associated with lipoid proteinosis disorder (also known as hyalinosis cutis et mucosae or Urbach-Wiethe disease) that is characterized by generalized thickening of skin, mucosae and certain viscera. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2011]
Forensic Context
The protein marker ECM1 (Extracellular matrix protein 1) serves as an indicator of cardiorespiratory fitness (CRF) in human plasma, as identified in donor profiling studies [Alex et al. DOI:10.1016/j.scijus.2025.101320]. A review of wound age estimation studies in human, mouse, and rat skin wounds indicates that the ECM1 is an extracellular matrix protein whose presence or absence provides temporal information for forensic wound dating [Cecchi DOI:10.1007/S00414-010-0505-X].