Basic Information

Symbol
EGF
RNA class
mRNA
Alias
Epidermal Growth Factor Pro-Epidermal Growth Factor Epidermal Growth Factor (Beta-Urogastrone) Beta-Urogastrone HOMG4 URG
Location (GRCh38)
4:109912883-110013766
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001963.6
Sequence length
6388.0 nt
GC content
0.4260

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1878.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2003.76 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1878.79
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001178130.3 NCBI
CAAAAAGAGAAACUGUUGGGAGAGGAAUCGUAUCUCCAUAUUUCUUCUU… 6265 nt 0.4238
NM_001178131.3 NCBI
CAAAAAGAGAAACUGUUGGGAGAGGAAUCGUAUCUCCAUAUUUCUUCUU… 6262 nt 0.4243
NM_001357021.2 NCBI
CAAAAAGAGAAACUGUUGGGAGAGGAAUCGUAUCUCCAUAUUUCUUCUU… 5940 nt 0.4200
NM_001963.6 NCBI
CAAAAAGAGAAACUGUUGGGAGAGGAAUCGUAUCUCCAUAUUUCUUCUU… 6388 nt 0.4260
Summary

This gene encodes a member of the epidermal growth factor superfamily. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate the 53-amino acid epidermal growth factor peptide. This protein acts a potent mitogenic factor that plays an important role in the growth, proliferation and differentiation of numerous cell types. This protein acts by binding with high affinity to the cell surface receptor, epidermal growth factor receptor. Defects in this gene are the cause of hypomagnesemia type 4. Dysregulation of this gene has been associated with the growth and progression of certain cancers. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed. [provided by RefSeq, Jan 2016] CIViC Summary for EGF Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that EGF gene expression was downregulated in the kidneys as part of the haemostasis pathway in sepsis patients compared to uninfected controls [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938]. The literature review synthesizes that the EGF/EGFR pathway is activated after damage in the amphibian blastema and is necessary for tissue regeneration [Kosykh et al. DOI:10.3390/ijms24097895].