Basic Information

Symbol
ELK3
RNA class
mRNA
Alias
ETS Transcription Factor ELK3 SAP2 NET SRF Accessory Protein 2 ERP ELK3, ETS-Domain Protein (SRF Accessory Protein 2) Serum Response Factor Accessory Protein 2 ETS Domain-Containing Protein Elk-3 ETS-Related Protein ERP ETS-Related Protein NET SAP-2 ELK3, ETS Transcription Factor
Location (GRCh38)
12:96193978-96269835
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005230.4
Sequence length
4201.0 nt
GC content
0.4285

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1157.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1234.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 988.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((.(.(((.((.(((.((((.....)))).)))..)).))).)))).))((((((...((.((((....)))).)).....))))))(((((....((((((..(((((((((((.(((...))).....))))..)))))))(((..((((((((((.(((((((........((((.(((((((...........((((((.....((((..............(((((((.((((((((((....))).))).))))....(((((((.((((....(((....))).))))...)))))))......((((((((....))))...)))).(((....))).))))))).(((.(((.(.((((....)))).).))).))).((..(((((..(((((((((.((.(((..........))).)).)))....))))))..)))))..))......(((((..((((.....................(((((((......((((....)))).....)))))))...............(((((((((.((((..((((((((.(((...(((((.......(((((((((((.......)))).))).)).)).(((((((.(((((((((((((.....(((((........))))))))).))))).((((((.((.(((((.........))))).)).)))))).((((.(((((..........((((.((.....))..))))))))).))))............(((..(....)..)))..((((...)))).....(((((((((.(((((((((((((((....(.((((((...((((((((..((..((((..(.(((.((((((((((...................)))).))))))))).).))))..))))))))))...).)))))))))))).)))....))).))).)).)))))))))))...))))))).............)))))..)))))).))))).))))..))).))))))....)))))))))...))))))))))..............(((((....)))))((((((....))))))..............(((((((..((((((((.(((.....)))..))))))))((((...)))).......((((.....(((((............))))))))).....((((....))))((((((....)))))))).))))))))..))))))))....((...))..))))))).)).....((((.....((((((.(((.((((((........((((..((....((((...))))....))..))))...........(((((((((.........))))))))).(((((((((((((((((.((((...(((((.((((...((((((.(((.((((.....((((.((......)))))).....)))).)))...))))))......))))..)))))))))))...((((((.....)))).)).)))))))........))))))))..............(((((.((((....)))).)))))..)))))).))))))))).....))))......(((((((..((((((.(((.(((((...))))).))).))))))...)))))))......((((.(.((((.((((((......)))))).)))).).))))(((((((((.....))))))))).....(((((((((((((((((........))))).(((((....)))))(((((...)))))..(((((........)))))..))))))))))))........(((((((((((((((((((......)))))))))....((((......))))((((........))))...((((((((.....))))))))..............(((((...(((((((..(((....)))....)))))))..)))))..((((.((((.(((((((((.((.((((...(((((....))))).))))....((((((.((((((.((.((((((....(((((((.((((((.....(((((...)))))...((((.(((((..((((............))))..))))).))))................((((((((........)))))))).......(((.(((((((.((((((.....)))))).))))..((((((........)))))).((.((((......)))).)).((((.(((..............))).))))))).))).(((((((((((.((((((....................))))))((((.....))))..(((((..((((((((((((...((((((((.....)))))))).........)))))))))))).))))).....................(((...(((((....)))))....)))(((.((((((.............(((.(((.............))).))))))))).)))))).)))))))).....((((((....))))))((((.((((.......)))).)))))))))).)).)))))....)))))).))..))))))))))))....((((((........))))))..))))))))))).)))).))))..(((........))).((((....(((((((((......)))..))))))...)))).....(((((((...(((((((((((......((((((((((................((((((((......))))))))..(((....(((((((((((((((.......))))..((((((((((((.((((...............(((((.....)))))...((((((.(((.(((..(((((((....)))).)))..)))....))))))))).......((((((.....(((((.((((((((...(.((((((((....................(((((((((((((.....))))))))))))).(((......))).....((((....(((.((((((...)))))))))...))))((((.(((((((((.......((((((..((((((((((...))))).................................(((....)))...((((.((((((..................)).)))).))))..))))))))))).((((((((........((((((...))))))....(((((...((.((((..((......((((((.(.......)))))))......))..)))).))....)))))..((.((((((((........)))))))))).((((....))))......))))))))((((.(((....)))...))))..........))))))))))))))))))))).)....))))))))(((((..((..((((((((....(((.....))))))))))).....))..))))).......(((((((((((((((((((.((......)).)))))).......((((((...((..(........)..))....)))))).................(((((....))))).....))))...))))))))).)))))..))))))........)))).))..))))))))))..)))))))..))))......))).)))))))))).(((((((((((((.................)))))))))))))....(((....))))))).))))))).)))))))))))))))))....(.(((.(((((((............))))))).))).)..))))))))..))).(((........)))((((((...((..((((((..............((((((((.................((((.....))))....))))))))...((((......))))(((........))).))))))...))...))))))...))))))..)))))...........(((((((..(((((((...(((((((...)))))))...))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(({{((((.((.((,.((((((((((......))}}))))))),,}),)).))||(({{...{(,((((....}))).}}||...}}}}}|(((((....{(((((..{((((((((((,(({.,.}}}.},,,))))..))))))}(((..((((((({{(.(((((((........((((.(((({,(,..........((((((.....((((,,{{,......,},(((((((.((((((((((....))).))).))))....(((((((.((((....(({....)),.))))...)))))))......((((((((....))))...)))).(((....))).))))))).(({.(((.{.((((....)))).}.))).})).{(.,(((((..(((((((((.((.(((,....,,...})).)).)))....))))))..))))),,}}....,,((((({.,{({.................,...(((((({,{....((((....))))....})))))))....,.......,,.(((((((((.{{(({{({,(((((.(((,..({{{{.,,,,..(((((((((((.......)))),,)).)).)).(((((((.(((((((((((((,....(((((........))))))))).))))).((((((.((.(((((.........))))).)).)))))).((((.(((((..........((({.((.....))..)))}))))).))))............{{{..{....,..}))..((({...}))).....(((((((((.(((((((((((((((.,..{.(((((,...((((((((..(.{{((((.,{.{{{.((((((({{{................,..)}||||}}}}}))),),))))})))))))))))...).)))))))))))).))).,,.))).))).)).)))))))))))...)))))))........}.,},))))).})))),}.,,}}}.,))}..)))}}}))))....}})))))))}..))))))))))..............(((((....)))))((((((....)))))).....||,,,|...{,{{{,,..((((((((.(((.....)))..)))))))){{{(,,{||||.......,,,,,{,...||{,...........,)))))))......,((((....)))){(((((....)))))}}..,}}))}))..))))))))....((...))..)))))))|)}.....((((.....((((({{(((.((((((........((((..((....((((...})))....))..)))),..........{((((((((.........))))))))}.(((((((((((((((.{,{,{({..(((((.((((...(((({{.(({.((((.....((({{((......)))))).....)))).)))...))))))......))))..))))},,,,,....{{((((.....)))).)}.)))))))........))))))))..............(((({.((((....)))).}))))..)))))).))))))))).....))))......(((((((..((((((.(((.(((((...))))).))).)))))).,.)))))))......((((.{.((((.((((((......)))))).)))).}.)))){((((((((.....))))))))}...{{{((((((((((((((((......,.}}}}}|(((((....}}}}}(((({...}))))..{{||{........)))))..})))))))))))}.......(((((((((((((((((((......)))))))))....,{{{....,,||||((((........))}}...((((((((.....))))))))......,,.,....{((((...(((((((..,{(....,}}....)))))))..))))).{(((({((({.(({{{{{{{,(({{,(({{,((,(({{{{,|,||,.,,.....|||,,{.||||||,||||((((({{,,(((((((.{{{((({{{,.(((((...)))))...((((.(((((.,((((............}))}..))))).)))}......,,,.......((((((((........))))))))...,,,.{{{.{{{(((,.((((({.....}})))).}}},..((((((........)))))).{{.((((......)))).)},((((.(((..............))).)))))}}.},,,((,,,{||||||||,||}}}.}}}}}}},.........,,,}))||||}{{{{{|{{{,(((((,.((((((((((((..,((((((((.....)))))))).........)))))))))))).||||,.............,,......|{|,..(((({....)))))....||{{((((,,,,..............,,,.}}}}})}}........|||{||{|||||,.|{|,,|,|,||||||{{{{{((((((....))))))|,|}},||,,,}}}..))),.}}})))))))}))..||||...,))))))}))}})))))))}||||{|,,{{{{{{,|},,,.}}}}})},})}))))}}}}}.||},.||||..{||,,.....,))).}|||..,,||(((((((,........,)})))))}.,},,)}....(((((((...(((((((((((......{(((((((({,,,....,{{,,....(((((({(......))}}}}}}..{,{....(((((((((((({{{.......}}},..(((((((((({({(((,.....}},...,,..(((((.....)))))...((((((.{{,.{({..(((((((....)))).)))..)}}....,}})))))).,{{.,.,,,{{,..,..{{{{..((((((((...{.(((((({{{.,........|,.......(((((((((((((.....))))))))))))),{{{......))).,...,,,{....{((.((((((...))))))))),,,)}||((({{(((((((((....,..((((((..((((((((({...}))))........................,......,}{{{....)))...((((.(((({{.....,............}}.}))).))))..))))))))))).((((((((........((((((...))))))....(((((...((.((((..((......((((({{(.......)))))))......))..)))).))....))))),.(,{((((((((........)))))))))).((((....))))......))))))))((((.(((....)))...))))......},..))))))))))))))))))))).,....)))))))){((({..{{..((((((((.,,.,{{....,)}})))))))}.....}}..,}|||,,.....{(((((((({{..((((((.((......)).)))))),,,,,..,((((,.,,{{,,{,,,,,,,|||.|||,..,}}},,............,....{{||{..,,))))}...}})},....}}}))))}}.)))))...,}))),,}}.,,.},,)}))}.)))))))))).}))))))}.,))))......}}}.})))))))}}.(((((((((((((,,...............)))))))))))))....|{{....)))))))}}}))))).)))))))))))))))))....{.(((.(((((((...,,...,,..))))))).))).)..))))))))..))),(((........)))((((({.,,((..((((((........,.....((((((((......,,..,......{{{{.....))})....))))))))..,{{{{......}}}}{{{........))}.)))))).,.,}...))))))...))))))..}})))}......,,..{{{{{{{..(((((((...(((((((...)))))))...)))))))}))))))

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001413760.1 NCBI
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCG… 4315 nt 0.4301
NM_001413761.1 NCBI
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCG… 4318 nt 0.4277
NM_001413762.1 NCBI
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCG… 4078 nt 0.4245
NM_001413763.1 NCBI
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCG… 3982 nt 0.4191
NM_001413764.1 NCBI
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCG… 3836 nt 0.4189
NM_001413765.1 NCBI
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCG… 3745 nt 0.4077
NM_005230.4 NCBI
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCG… 4201 nt 0.4285
Summary

This gene encodes a member of the ETS-domain transcription factor family and the ternary complex factor (TCF) subfamily. Proteins in this subfamily regulate transcription when recruited by serum response factor to bind to serum response elements. This protein is activated by signal-induced phosphorylation; studies in rodents suggest that it is a transcriptional inhibitor in the absence of Ras, but activates transcription when Ras is present. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in humans identified the ELK3 as a single-gene blood biomarker, where a machine-learning classifier using 20 genes, including the ELK3, differentiated methamphetamine dependents without psychosis from those with methamphetamine-associated psychosis with 95% accuracy [Breen et al. DOI:10.1038/tp.2016.67].