Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413760.1
Sequence Length
4315 nt
GC Content
0.4301
GCGGGCCUGGGCGGCCAGCCCCGGCGCACAGCCGCGGCCGGGGCGCGCGGCGCGGGGCGGAAAAGCCUGUUUACACAGACUGCACACCGCCUGGGGAAUAAUGCAGUAAAGGAAGUGAGCCGGCUCGGCCUGACUGCUCCAACUUCCUGCUCUCACACACACCAGAGGGGAAAAAAAAAGAGGAGCGAGAGAAAGAAAAAAAGGGGGAAAAAUCAGGAUCUCAUUACAAGAGCCACAGACCGUCUGCAGACGCCUGUCAGCAUGGAAAGUCGGGGGCUUUCGCCCGGGUCCUCCUAGAAAUUCCCCCCGAAGAAGACUCCCCCACAUCUGGAGAUUAAAUGAAGAUGUGUGUGUGUUGAAGACUGCAUAGUGCACACUCUGUGUGGCUACCGGUGAGCCACGUGGCGGGAUACAGGACUCAAAGAAGAUCACACUGGAGAAGGGAGUAUGGAGAGUGCAAUCACGCUGUGGCAGUUCCUGUUGCAGUUGCUGCUGGAUCAGAAACAUGAGCAUUUGAUCUGCUGGACCUCGAACGAUGGUGAAUUCAAGCUCCUCAAAGCAGAAGAAGUGGCCAAGCUGUGGGGACUCCGAAAAAACAAAACAAAUAUGAACUAUGAUAAGCUGAGCAGAGCCCUGCGAUACUAUUAUGACAAGAACAUCAUCAAGAAGGUGAUCGGGCAGAAGUUUGUGUACAAGUUUGUCUCUUUCCCGGAGAUCCUGAAGAUGGAUCCUCACGCGGUGGAGAUCAGCCGGGAGAGCCUUCUGCUGCAGGACAGCGACUGCAAGGCGUCUCCGGAGGGCCGCGAGGCCCACAAACACGGCCUGGCCGCCCUCAGAAGCACGAGCCGCAACGAAUACAUCCACUCAGGCCUGUACUCGUCCUUCACCAUUAAUUCCCUGCAGAACCCACCAGACGCCUUCAAGGCCAUCAAGACGGAGAAGCUGGAGGAGCCGCCCGAAGACAGCCCCCCCGUGGAAGAAGUCAGGACUGUGAUCAGGUUUGUGACCAAUAAAACCGACAAGCACGUCACCAGGCCGGUGGUGUCCCUGCCUUCCACGUCAGAGGCUGCGGCGGCGUCCGCCUUCCUGGCCUCGUCCGUCUCGGCCAAGAUCUCCUCUUUAAUGUUGCCAAACGCUGCCAGUAUUUCAUCCGCCUCACCCUUCUCAUCUCGGUCCCCGUCCCUGUCCCCCAACUCACCCCUCCCUUCUGAACACAGAAGCCUCUUCCUGGAGGCCGCCUGCCAUGACUCCGAUUCCCUGGAGCCCUUGAACCUGUCAUCGGGCUCCAAGACCAAGUCUCCAUCUCUUCCCCCAAAGGCCAAAAAACCCAAAGGCUUGGAAAUCUCAGCGCCCCCGCUGGUGCUCUCCGGCACCGACAUCGGCUCCAUCGCCCUCAACAGCCCAGCCCUCCCCUCGGGAUCCCUCACCCCAGCCUUCUUCACCGCACAGACACCAAAUGGAUUGCUUCUGACUCCGAGUCCACUGCUCUCCAGCAUACAUUUCUGGAGCAGCCUUAGUCCAGUUGCUCCGCUGAGUCCUGCCAGGCUGCAAGGGCCAAGCACGCUGUUCCAGUUCCCCACACUGCUUAAUGGCCACAUGCCAGUGCCAAUCCCCAGUCUGGACAGAGCUGCUUCUCCAGUACUGCUUUCUUCAAACUCUCAGAAAUCCUGAUGACGUCUGGCCACAAUUAAGGACUCAUUAACUGAUGAAACAAAUUUGUCCCCACGGGCUAGUUUACCUGUGUCGUGAGAAGGACAUUGUGAAACUCUUGUUAAUUUGGUUUGCACUUUUCAUAACAUGGAUAGUCUAGAUUUAUGUUAGCAUUUUAAAAACUGUUUUUGAUAUAUUCAAGUAUAUAUGAAAAUCUGUUUGGCAUUAAGUGAAUUUUAAUGUUUUUGUUUUUAUAUCCUUUUAGCUCUUAAGUGUUGAACACUGUUGACAGUGAAGAACUUUUCUUAAUGGUUUUCAGUAUAACUAAUAAGGAUGUGAAGCUUUUUUCUCUUUAGUUCUGAGUAUGCUAAACUGUGUGCUUAUAUAGACUAUAACCAGUUGUGCCUUCCUUCGCAUUUAAUGUAAAUGAAUGAUUUAUAUAUUUUUUAGUAUUAAGAGGAAAUGUUUGAAAGAUGAAAAUUAGUAUCAAACAGCUCUCUAGUAGAAUUUCAUUAUUUUUCACCAGUGGGCAAUAUGAAAGCAUAUAUCACGUUUUGUUUUACUUUCAAUUGUAUAAGAAUUGCCUUAGAACCUCUUUUGAACUGAAAUUCAGUAAAUGUCCAAGUAAUGUUUUUAUAAUAAACUAAGCCAUAUUUAGACAAUAAACAUUGAUAAAAGAAAAUGUUCUAAAGUACAUUUUCAAAAGAAUGGACCUUGAAAGGCUAGCCUCCUUAGCUGUUUACAGUAUCUUAUCUUUUAGAUGCCUCCCAGACAAAAAUCUGAGAUGGAAAAGCUACAUCAAGUUCAUGCUAUUCCAGGCCCAAGAAUAUCUCCUAGGUUAGCAUAUUCUUAUUUCAAAAAAUUAGCCCUGGUUUUCUCAGUUUUCCAUAGGGAAUCCCGACCAUCUGAUAUAUUUACUGUGUCAGUAUAAGUAAGUUGGGGUUCCCCUGGAACUAUAAUUAACAUUUAAAAAAUCUAAUGCUUUAGAAGAAGCUCACAGAGUGGUGAUGAACCCAAACAACAAAGAAACCAUUUUUAACACUAGGUAUCUUCAUCAGUAUAGGUAGGUGUUCACAAUUUUUGAUGGAUCAAAAACUUGCUGUAAUACAAAUAGAGAGUGGAGGUACUAAAGGCCUUGCUUGUGGAAACUGAGAGAGGAUACACUGCUUUAUGUAUUACUAAAGUUAGGGGAGAAUGAAGGAAAUCUGACAGAUGAAAAAUUCUACAGGAACCUCAUCAUCGUGGAACUGAACUGAUGAUAACUUGGAACACUCCAGUAAAUUCUGUUGUGUAAUGUAAUUUGGAGCAGUGAUAAUACAGACAUAUUUUCUGUUCCAUCAGAAAAUCAGCAGGCACCAGUCCAAAGGUACCACACCUGUACAUGAAGAAGGAAAGUUCUAAUACAAGAAAACUGAAAAGCACCAAGCUUUAAAUUCAAGAUUAAUUACAAUCCUUAACUAUAAGUGAUGAUAAAAACUAACUUGAAAUGUGACUAAAUAACUGAUCCAAACUGGGCAUUAAGUGGCAGGAUUAUGAGAAAGGAUAAAAAAAGAGAUUUGAGAAAACACAUUUCUUGAAUUUUCAGAAAAAAAUCUAGACUAUUGCUUUGACACUUAGAAAUUCUGAGGUUUUUCAAUUGGAAUUGAGCAUCUCUGUAUGUGGGGAUGUGGGCCCUUAUCAAGGGAUAAAAAUCCAAACACUCUAACAUGCCUCCUUGACUGUAAAGUAAUGACACUGGUUCCAAAAUUCACAAAUAAUAGACACUACUGUCCCCCCACCCCCACCCCAUAGGCUAAGAAUAAUUCUGUACCAGAAUAAAAGGAGCUGGUCCAGGGAACUGAUAUUUACUGAACAUACAAAGUUAGUGCUAGAAGGGGCCUUUGAGAAUGCUUCCCGCCACCUGUUUCCAGCUCAAGACAGGUGCACAGCAGAAGCUGGGAGUUGCCUAUGGCUGCACAGCUCACUGAAGGUAGAACAAUGAUUGGUGCUCAGUCCAAUUCUGUCUCCCCCAUGCCUAGCUGUUAAGUAAUUACUGGUUCAAAACUACGUGUUAUUAGUAAAACAAACAAAACAGAUAAAGACAGCAUUUAAAACUGUGUUGUCAGAUAAGAGAACACAUCCAAAAUGCAUGAUUCUUACAAACUAAAGGAAGUUAAUGUGCAAAAAUCUCAACCAAAACUACUAUUUUUAGUAUACUUGUUUACGUAAAUGCUGAUUGGAAAUAUUUAAAUGACUAUAGAUCUGAUUCUUUCUUUUCCUUUGGAAACUGGGAUUAAUGUAUGCUCUAGAUCCAUUUAUUAGAAAUGCAAAAAUACUACAAUUUUUUGAUGGAUGAAAAUACUCCUGUAACACAAACAGAGAACUGGAGGAACUGAAGAAUAACUCACUCAUAUAGCUCUGCCUCAUUCUGUGUGUGUGUGCAUGUGUGUGUUAGCAGAGGUAUUUUACUCAGAAAAUAGGUUUCAAAGAACAUUAAUGACUUUCUUUUCCCUUUUAUGUCUGCUUAAUCAGUGUUAAACUGCUAUGGGAAAAGUUUUAUAGAACUAUAUAACCUGAAUGUUGGUCUCUUUGUACACAUCUUUUCUAUGACUGCAAAUCUUCACUUUAUGUAUCAUUUUUACUGUCAUAUUAUUUUUGUUCAAUAAAAACUUUGUGAUAAAAGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1197.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1277.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 1044.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((.(.(((.((.(((.((((.....)))).)))..)).))).)))).))((((((...((.((((....)))).)).....))))))(((((....((((((..(((((((((((.(((...))).....))))..)))))))(((..((((((((((.(((((((........((((.(((((((...........(((((((.((((.(((..((((..((..(((((((..((((((((((....))).))).))))....(((((((.((((....(((....))).))))...)))))))......((((.........)))).........(((.((((((((((........))))...))))))))).)))))))...((((((.....(((.((((((..((((.....(..((((......((((((((....((((((((.(..(((((((.((((.(((.(((.(.((((....)))).).))).))).....(((((..(((((((((.((.(((..........))).)).)))....))))))..)))))))))))).))))).))))..........................(((...((((.((((......((((((.....((((........))))...(((((((.((((((((..((((((((....(((.((((((..(((((((((((.......)))).))).)).)).)))))).)))..(((((((((.....(((((........))))))))).))))).((((((.((.(((((.........))))).)).))))))....))))))))....((((.((((.((.....))..)))).)))).................))))........)).)))))))))..((((....(((((((((.(((((((((((((((....(.((((((...((((((((..((..((((..(.(((.((((((((((...................)))).))))))))).).))))..))))))))))...).)))))))))))).)))....))).))).)).))))))).))))((((.....))))...))))))......))))))))...))))))).....)))))))).....))))..))))).))))))))).))))))......(((((....)))))((((((....))))))....))..)))).)))))))...((((((((.(((.....)))..))))))))((((...)))).......)))))))..(((((............))))).......((((((....))))))((((....))))(((....))))))..))))))))....((...))..))))))).)).....((((.....((((((.(((.((((((........((((..((....((((...))))....))..))))...........(((((((((.........))))))))).(((((((((((((((((.((((...(((((.((((...((((((.(((.((((.....((((.((......)))))).....)))).)))...))))))......))))..)))))))))))...((((((.....)))).)).)))))))........))))))))..............(((((.((((....)))).)))))..)))))).))))))))).....))))......(((((((..((((((.(((.(((((...))))).))).))))))...)))))))......((((.(.((((.((((((......)))))).)))).).))))(((((((((.....))))))))).....(((((((((((((((((........))))).(((((....)))))(((((...)))))..(((((........)))))..))))))))))))........(((((((((((((((((((......)))))))))....((((......))))((((........))))...((((((((.....))))))))..............(((((...(((((((..(((....)))....)))))))..)))))..((((.((((.(((((((((.((.((((...(((((....))))).))))....((((((.((((((.((.((((((....(((((((.((((((.....(((((...)))))...((((.(((((..((((............))))..))))).))))................((((((((........)))))))).......(((.(((((((.((((((.....)))))).))))..((((((........)))))).((.((((......)))).)).((((.(((..............))).))))))).))).(((((((((((.((((((....................))))))((((.....))))..(((((..((((((((((((...((((((((.....)))))))).........)))))))))))).))))).....................(((...(((((....)))))....)))(((.((((((.............(((.(((.............))).))))))))).)))))).)))))))).....((((((....))))))((((.((((.......)))).)))))))))).)).)))))....)))))).))..))))))))))))....((((((........))))))..))))))))))).)))).))))..(((........))).((((....(((((((((......)))..))))))...)))).....(((((((...(((((((((((......((((((((((................((((((((......))))))))..(((....(((((((((((((((.......))))..((((((((((((.((((...............(((((.....)))))...((((((.(((.(((..(((((((....)))).)))..)))....))))))))).......((((((.....(((((.((((((((...(.((((((((....................(((((((((((((.....))))))))))))).(((......))).....((((....(((.((((((...)))))))))...))))((((.(((((((((.......((((((..((((((((((...))))).................................(((....)))...((((.((((((..................)).)))).))))..))))))))))).((((((((........((((((...))))))....(((((...((.((((..((......((((((.(.......)))))))......))..)))).))....)))))..((.((((((((........)))))))))).((((....))))......))))))))((((.(((....)))...))))..........))))))))))))))))))))).)....))))))))(((((..((..((((((((....(((.....))))))))))).....))..))))).......(((((((((((((((((((.((......)).)))))).......((((((...((..(........)..))....)))))).................(((((....))))).....))))...))))))))).)))))..))))))........)))).))..))))))))))..)))))))..))))......))).)))))))))).(((((((((((((.................)))))))))))))....(((....))))))).))))))).)))))))))))))))))....(.(((.(((((((............))))))).))).)..))))))))..))).(((........)))((((((...((..((((((..............((((((((.................((((.....))))....))))))))...((((......))))(((........))).))))))...))...))))))...))))))..)))))...........(((((((..(((((((...(((((((...)))))))...))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(({{((((.((.((,.((((((((((......))}}))))))),.)).)).))}|(({{...{(,((((....}))).}}||...}|}}}|(((((....((((((..{((((((((((,(({.,.}}}.},,,))))..))))))|(((..((((((((((.(((((((........((((.((((,,(,..........(((((((.,{((.(((.,((((..,..{(((((((.,((((((((((....))).))).))))....(((((((.((((....(({....))..))))...)))))))......,||{..{,,,,,{}}|}.........|||||||{((((((........}}}},..))))))}}).)))))))...((((((....,(((,(((({,..((((,....{..({{{....,.((((((((,(..{(({((((((...{{.(({,(((((({..|||,||||||,|,,|}||,|.|||.,||.,{.,(((((..(((((((((.((.({{,,..,||,..})).}).}}}....))))))..))})},}}}.}|,|||||{||||{{,................,,...{((((({.(.,,.((((....))))..,,}))))))}....,..,,|||||..{,,|||||}||{{|{{,,{||||}||,,..{||,||{{{{..(((((((((((.......))))}})).)).)).||||||{,||{{(({{{{{{||,,,.|(({(....,,..)))))||||,|||}}.((((((.((.(((((.........))))).)).)))))).((((.(((((..........((((.((.....))..))))))))).))))............,,,..|.......,))},||||...,|||{....(((((((((.(((((((((((((((.,..{.(((((,...((((((((..(.{{((((.,{.{{{.((((((({{{................,..)}||||}}}}}))),),))))})))))))))))...).)))))))))))).))).,,.))).))).)).))))))),)))}..}}}}}}},},.....|||}}}}}}),)))))})}}}})}.))))..,}.))))))))...,,)))),.})))),))))))})}.)))))).....,{((((....))))}((((((....))))))..,})),,)))}.))))}}}...((((((((.(((.....)))..)))))))){(((...)))).......)))))))..{((((............)))))||.....,|{(((,,..}}}||{((({....))))|||....}))}))..))))))))....((...))..)))))))|)}.....((((.....((((({{(((.((((((........((((..((....((((...})))....))..)))),..........{((((((((.........))))))))}.(((((((((((((((.{,{,{({..(((((.((((...((({{{.(({.((((.....((({{((......)))))).....)))).)))...))))))......))))..))))},,,,,....{{((((.....)))).)}.)))))))........))))))))..............(((({.((((....)))).}))))..)))))).))))))))).....))))......(((((((..((((((.(((.(((((...))))).))).)))))).,.)))))))......((((.(.((((.((((((......)))))).)))).}.)))){((((((((.....))))))))}...{{(((((((((((((((((........))))},(((((....)))))(((({...}))))..{{||{........)))))..})))))))))))}.......(((((((((((((((((((......)))))))))....,{{{....,,||||((((........))}}...((((((((.....)))))))).......,.,....{((((...(((((((..,{(....,}}....)))))))..))))).{(((({((({.(({{{{{{{,(({{,(({{,((,(({{{{,|,||,.,,,....|||,,{.||||||,||||((((({{,,(((((((.{{{((({{{,.(((((...)))))...((((.(((((.,((((............}))}..))))).)))}......,,,.......((((((((........))))))))...,,,.{{{.{{{{(({.((((({.....}))))).}}}}..((((((........)))))).{{.((((......)))).)},((((.(((..............))).)))))}}.}},,((,,,{||||||||,||}}}.}}}}}}},.........,,,}))||||}{{{{{{{{{,((((({.((((((((((((..,((((((((.....)))))))).........)))))))))))).||||..............,,......|{|,..(((((....)))))....||{{((((,,.,..............,,,.}}}}}))}........|||{||{|||||,.|{|,,|,|,||||||{{{{{((((((....))))))},|}},||,,,}}}..))),.}}})))))))})).,||||...,))))))}))}})))))))}||||{{,,{{{{{{,|},,,.})}}})},})}))))}}}}}.|}},.||||..{||,,.....,))),}|||..,,||(((((((,........,)})))))}.,},,)}....(((((((...(((((((((((......{(((((((({,,,....,{{,,....(((((({(......))}}}}}}..{,{....(((((((((((({{{.......}}},..(((((((((({(,(((,.....}},...,,..(((((.....)))))...((((((.{{,.{({..(((((((....)))).)))..)}}....,}})))))).,{,.,.,,,{{,.....{{{{..((((((((...{.(((((({({.,........|,.......(((((((((((((.....))))))))))))),{({......})).,...,,,{....{((.((((((...))))))))),,,)}||((({{(((((((((....,..((((((..((((((((({...}))))........................,......,}{{{....)))...((((.(((({{.....,............}}.)))).))))..))))))))))).((((((((........((((((...))))))....(((((...((.((((..((......(((((({(.......)))))))......))..)))).))....))))),.(,{((((((((........)))))))))).((((....))))......))))))))((((.(((....)))...))))......},..))))))))))))))))))))).,....)))))))){((({..{{..((((((((.,,.,{{....,)}})))))))}.....}}..,}|||,,.....{(((((((({{..((((((.((......)).)))))),,,,,..,((((,.,,{{,,{,,,,,,,|||.|||,..,}}},,............,....{{|{{..,,))))}...}})},....}}}))))}}.)))))...,}))),,}}.,,.},,)})),.)))))))))).}))))))}.,))))......}}}.)))))))))}.(((((((((((((,,..............,)))))))))))))....|{{....)))))))}})))))).)))))))))))))))))....{.(((.(((((((...,,...,,..))))))).))).)..))))))))..))),(((........)))((((({...((..((((((........,.....((((((((......,...,......{{{{.....))}}....))))))))..,{{({......}}}}|{{........))).)))))).,.})...))))))...))))))..))))),......,,..{{{{{{{..(((((((...(((((((...)))))))...)))))))}))))))
Back