Basic Information

Symbol
EMX2
RNA class
mRNA
Alias
Empty Spiracles Homeobox 2 Empty Spiracles-Like Protein 2 Empty Spiracles Homolog 2 Homeobox Protein EMX2 Empty Spiracles Homolog 2 (Drosophila)
Location (GRCh38)
10:117542445-117549546
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004098.4
Sequence length
2595.0 nt
GC content
0.5071

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-804.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -851.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 678.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001165924.2 NCBI
GCACAACUUGUGAAGAAGCGAACACUUCCAUGGAUUGUCCUUGGACUUA… 2410 nt 0.5004
NM_004098.4 NCBI
GCACAACUUGUGAAGAAGCGAACACUUCCAUGGAUUGUCCUUGGACUUA… 2595 nt 0.5071
Summary

This gene encodes a homeobox-containing transcription factor that is the homolog to the 'empty spiracles' gene in Drosophila. Research on this gene in humans has focused on its expression in three tissues: dorsal telencephalon, olfactory neuroepithelium, and urogenetial system. It is expressed in the dorsal telencephalon during development in a low rostral-lateral to high caudal-medial gradient and is proposed to pattern the neocortex into defined functional areas. It is also expressed in embryonic and adult olfactory neuroepithelia where it complexes with eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF4E) and possibly regulates mRNA transport or translation. In the developing urogenital system, it is expressed in epithelial tissues and is negatively regulated by HOXA10. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct proteins.[provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.