Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_004098.4

Sequence Length

2595 nt

GC Content

0.5071

GCACAACUUGUGAAGAAGCGAACACUUCCAUGGAUUGUCCUUGGACUUAGGGCGCCCUGCCCGCCUUUUGCAGAGGAGAAAAAACUUUUUUUUUUUUUUGCCUCCCCCGAGAACUUUCCCCCCUUCUCCUCCCUGCCUCUAACUCCGAUCCCCCCACGCCAUCUCGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAUUACCCCAAUCCACGCCUGCAAAUUCUUCUGGAAGGAUUUUCCCCCCUCUCUUCAGGUUGGGCGCGUUUGGUGCAAGAUUCUCGGGAUCCUCGGCUUUGCCUCUCCCUCUCCCUCCCCCCUCCUUUCCUUUUUCCUUUCCUUUCCUUUCUUUCUUCCUUUCCUUCCCCCCACCCCCACCCCCACCCCAAACAAACGAGUCCCCAAUUCUCGUCCGUCCUCGCCGCGGGCAGCGGGCGGCGGAGGCAGCGUGCGGCGGUCGCCAGGAGCUGGGAGCCCAGGGCGCCCGCUCCUCGGCGCAGCAUGUUCCAGCCGGCGCCCAAGCGCUGCUUCACCAUCGAGUCGCUGGUGGCCAAGGACAGUCCCCUGCCCGCCUCGCGCUCCGAGGACCCCAUCCGUCCCGCGGCACUCAGCUACGCUAACUCCAGCCCCAUAAAUCCGUUCCUCAACGGCUUCCACUCGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGUAGGGGCGUCUACUCCAACCCGGACUUGGUGUUCGCCGAGGCGGUCUCGCACCCGCCCAACCCCGCCGUGCCAGUGCACCCGGUGCCGCCGCCGCACGCCCUGGCCGCCCACCCCCUACCCUCCUCGCACUCGCCACACCCCCUAUUCGCCUCGCAGCAGCGGGAUCCGUCCACCUUCUACCCCUGGCUCAUCCACCGCUACCGAUAUCUGGGUCAUCGCUUCCAAGGGAACGACACUAGCCCCGAGAGUUUCCUUUUGCACAACGCGCUGGCCCGAAAGCCCAAGCGGAUCCGAACCGCCUUCUCCCCGUCCCAGCUUCUAAGGCUGGAACACGCCUUUGAGAAGAAUCACUACGUGGUGGGCGCCGAAAGGAAGCAGCUGGCACACAGCCUCAGCCUCACGGAAACUCAGGUAAAAGUAUGGUUUCAGAACCGAAGAACAAAGUUCAAAAGGCAGAAGCUGGAGGAAGAAGGCUCAGAUUCGCAACAAAAGAAAAAAGGGACGCACCAUAUUAACCGGUGGAGAAUCGCCACCAAGCAGGCGAGUCCGGAGGAAAUAGACGUGACCUCAGAUGAUUAAAAACAUAAACCUAACCCCACAGAAACGGACAACAUGGAGCAAAAGAGACAGGGAGAGGUGGAGAAGGAAAAAACCCUACAAAACAAAAACAAACCGCAUACACGUUCACCGAGAAAGGGAGAGGGAAUCGGAGGGAGCAGCGGAAUGCGGCGAAGACUCUGGACAGCGAGGGCACAGGGUCCCAAACCGAGGCCGCGCCAAGAUGGCAGAGGAUGGAGGCUCCUUCAUCAACAAGCGACCCUCGUCUAAAGAGGCAGCUGAGUGAGAGACACAGAGAGAAGGAGAAAGAGGGAGGGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGCUGAACGUGCACUCUGACAAGGGGAGCUGUCAAUCAAACACCAAACCGGGGAGACAAGAUGAUUGGCAGGUAUUCCGUUUAUCACAGUCCACUUAAAAAAUGAUGAUGAUGAUAAAAACCACGACCCAACCAGGCACAGGACUUUUUUGUUUUUUGCACUUCGCUGUGUUUCCCCCCCAUCUUUAAAAAUAAUUAGUAAUAAAAAACAAAAAUUCCAUAUCUAGCCCCAUCCCACACCUGUUUCAAAUCCUUGAAAUGCAUGUAGCAGUUGUUGGGCGAAUGGUGUUUAAAGACCGAAAAUGAAUUGUAAUUUUCUUUUCCUUUUAAAGACAGGUUCUGUGUGCUUUUUAUUUUGAUUUUUUUUCCCAAGAAAUGUGCAGUCUGUAAACACUUUUUGAUACCUUCUGAUGUCAAAGUGAUUGUGCAAGCUAAAUGAAGUAGGCUCAGCGAUAGUGGUCCUCUUACAGAGAAACGGGGAGCAGGACGACGGGGGGGCUGGGGGUGGCGGGGGAGGGUGCCCACAAAAAGAAUCAGGACUUGUACUGGGAAAAAAACCCCUAAAUUAAUUAUAUUUCUUGGACAUUCCCUUUCCUAACAUCCUGAGGCUUAAAACCCUGAUGCAAACUUCUCCUUUCAGUGGUUGGAGAAAUUGGCCGAGUUCAACCAUUCACUGCAAUGCCUAUUCCAAACUUUAAAUCUAUCUAUUGCAAAACCUGAAGGACUGUAGUUAGCGGGGAUGAUGUUAAGUGUGGCCAAGCGCACGGCGGCAAGUUUUCAAGCACUGAGUUUCUAUUCCAAGAUCAUAGACUUACUAAAGAGAGUGACAAAUGCUUCCUUAAUGUCUUCUAUACCAGAAUGUAAAUAUUUUUGUGUUUUGUGUUAAUUUGUUAGAAUUCUAACACACUAUAUACUUCCAAGAAGUAUGUCAAUGUCAAUAUUUUGUCAAUAAAGAUUUAUCAAUAUGCCCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-804.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -851.59

Frequency: 0.0000

Diversity: 678.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...((((.((((((((.......((((.(((...))).))))....(((((((((.((((((....((((((((((((((....))))))))))))))...((((.((.....(((((((.((.....(((((............(((((....(((((.((((.........................(((((((((.((((.((((((...................((((((((.....((((.((((((((......(((((....(((((....((((((..((..(..((...))..)..))((((((((..(((((.(((((.(((.(..((((((((((((((((((((((((((..(((((((.(((((.(((.............................(((((.........)))))..((((((((((((((..(((((.((.((((((((((((((.((((((((((((((.(((.(((...))).))))))))).))))............)))).)))....)))))))))).((.(((((.(((.(((((.((.((......)).)).)))))..))))).))))).).)).)))))))))))))((((((((..(((......))).........(((((....)))))......((((((...(((((...(((..(((.((((......)))).))))))...)))))...))))))(((((((((.....((((..((((((.((.((((.((((...))))...(((((((..(((((....(((.((.....((((((((...((((.................(((((....))))).(((.(((((((.((..(((((.(((.(((((((....(((.(((((((((.((.((((((.(((............)))....(((((((((((......(((((.(((((.........((((.......))))((((((..(((.(((((((...)))))))...))).....))))))........)).))).)))))))))))))))).((((.....)))).((.((((....(((((.((..........))))))).........((((...))))...)))).))...))))))..)).))))))))))))...............((......))........)))))))...(((((........)))))(((((((((..((....))..))))..(((........)))...................)))))..............))).))))))))))))))...))).........................................))))...))).)))))....)).)))..))).))..)))))))......)))))).))).)))....)))).......)))))))))((((...)))).(..(((((((....)))))))..).......((((.......)))).))))))))))).)))...))).))))))))))))))))))))))).))))))).)))))...))).).))).))))).)))))..))))))))))))))..)))))..)))))....(((....((((((((....(((((((((((.(((((((..(((......(((((((..(((..(.........)..)))..))))))).......)))...))))(((.(((((......))))).)))...))))).)))))))))................................................((((((..(.(((..((((((((....))))))))..))).)....))..))))...))))))))...))).((((((........))))))...)))))))))))))))))...)))..)))))).))))..)))))))))........(((((((((.......((((..(((((.(....).))))))))))))))))))((((..........))))..))))..))))).((((...))))....))))))))))..)).))))))))).)))).))))))..))))))))).....(((..((((((..(((..(((((((......((...................))........))))))))))))))))..)))........((........)).....((((((.(((((((.....(((((((......))))...((..(((((...(((.((((...(((.((((((((((...((....))..))))))......)))))))...)))).)))...)).)))..)))))...))))))).))))))))))))..))))))...(((((.......(((.((((.......)))).))).......)))))(((((((((((((....))))))))))).)).....((((((....))))))....(((((((((...)))))))))...((.(((....))).)).................))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...{{((,{{{(((((.......((((.(((...))).))))....(((((((((.((((((....((((((((((((((....))))))))))))))..{((((.((.....{((((((,{{{{,({(((({.,,.......,.{{{({....(((((.((((.........................(((({((({.,(({.{(((((...................{,,(((((.....{{,{.{(({{({{...,}}..||{,,..,{|||{{||({(,(({{(({{{..(({{,.,,})}}).((((((((..(((((.(((((.(((.,..(((((((((((((((((((((((((({.{((((({{(((((,(((.............................(((((.........))))),,((((((((((((((..(((((.((.((((((((((((((.((((((((((((((.(((.(((...))).))))))))).))))............)))).)))....)))))))))).((.(((((.(((.(((((.((.((......)).)).)))))..)))))},)))).},)).))))))))))))){((({(({.{(((...,,.,||,........(((((....}))))......{{((((.{,{{{{{..,{{|.,|{{.||||,.....}}}}.}}}})),.,)))))...))))))(((((((((.....((((..((((((.((.((((.((((...)))),..(((((((..(((((.,..(((.{({....((((((((...((((...............,.(((((....))))).,,{.(((((({{((..(((((.(((.(((((((....,{{,{({(((((((.((((({(({(((({{................}}}}})}|,||......))}.|}||}}|.........(((((((.((...(((((((,{{{.{.(((((((({.{{{(||,....|)|||,,||,.....|||,,.|}|||}|}}},((|..|||..|,.((((.....)))).,}.,))}..}}|,,{||||.}}.......|||||}}..,}||...((((...))))....}},}))))))))})).})))))))).)))))))..............((......))........)))))))...(((((........)))))(((((((((..{{....))..))))..{{{........}}}...................)))))......,.......))).)))))))))))))),.{||,......}}}..................{.......),....))))...))).)))))....)).))).,))).))..)))))))..,...)))))).))).)))....)))).......)))))))))((({...}))).}}}||||||{..,.}|||}|}....|||,..((((.......)))).}))))}))))).)))...))).))))))))))))))))))))))).))))))).)))))...)}).).))).))))).)))))..)))))))).,||||.|||{|,..}||||,,|||{{||||{..|,||,,,},||||{|{{,{|.|||}|||}}|{|....,.(((((((..(((..,.,.......)..)))..))))))}.....,,,}},..}},,((({(((((,,{{{{|||||{|||,{.,,,,,,))}}},,,,.......,,,,.......,}},..,}}}}}))}}}}}..,{,,.,,..(({({{.,,,(((.,((((((({....}))))}},..}},.)},}.)),,)))),.}))|{}|||,,{|,..(((((,{{,.....,}}))),}})),)))))))})}})))}}})))},)))))).))))..)))))))))........{((((((({......,(({,,{(((((.(....).)))))))))))))))))){(((.......,,.)))}..))))..))))).{(({...))))...,))))))})))).)).)))))))))})))).)))))),.))))))))).....(((..((((((..(((..(((((((......,{.{{,,.......,,},...))....,...))))))))))))))))..)))........{,........,,.....((((((.(((((({..,,.{((({{{.....,}}}}.,{((..(({((...{{{.{{{{...{{{.{{{{,|{|{,...,{||..}}...,})))}.)))})))))}}...}}||,|}}...}}.)))..))))),,.))))))).)))))))}}}}|.,}}}}})...,,{||{,,....,{|,{{{||,....,})}}.}}}..,))}}}}}||{{(((((({((((....))))))))))),}|.....((((((....)))))),...(((((((((...)))))))))...{(.(({....))).)}.....,,..........})).....