Basic Information

Symbol
EPHA3
RNA class
mRNA
Alias
EPH Receptor A3 HEK4 HEK TYRO4 ETK1 ETK Tyrosine-Protein Kinase Receptor ETK1 Eph-Like Tyrosine Kinase 1 Ephrin Type-A Receptor 3 EPH-Like Kinase 4 EC 2.7.10.1 EK4 Testicular Tissue Protein Li 64 TYRO4 Protein Tyrosine Kinase Tyrosine-Protein Kinase TYRO4 Human Embryo Kinase 1 Human Embryo Kinase EC 2.7.10 EphA3
Location (GRCh38)
3:89107522-89482437
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005233.6
Sequence length
5712.0 nt
GC content
0.4016

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1538.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1649.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1282.01
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001410778.1 NCBI
AGUGUCAAACUUGACAUCAGCCUGCGAGCGGAGCAUGGUAACUUCUCCA… 5615 nt 0.4004
NM_005233.6 NCBI
AGUGUCAAACUUGACAUCAGCCUGCGAGCGGAGCAUGGUAACUUCUCCA… 5712 nt 0.4016
NM_182644.3 NCBI
AGUGUCAAACUUGACAUCAGCCUGCGAGCGGAGCAUGGUAACUUCUCCA… 2587 nt 0.4298
Summary

This gene belongs to the ephrin receptor subfamily of the protein-tyrosine kinase family. EPH and EPH-related receptors have been implicated in mediating developmental events, particularly in the nervous system. Receptors in the EPH subfamily typically have a single kinase domain and an extracellular region containing a Cys-rich domain and 2 fibronectin type III repeats. The ephrin receptors are divided into 2 groups based on the similarity of their extracellular domain sequences and their affinities for binding ephrin-A and ephrin-B ligands. This gene encodes a protein that binds ephrin-A ligands. Two alternatively spliced transcript variants have been described for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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