Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_182644.3
Sequence Length
2587 nt
GC Content
0.4298
AGUGUCAAACUUGACAUCAGCCUGCGAGCGGAGCAUGGUAACUUCUCCAGCAAUCAGAGCGCUCCCCCUCACAUCAGUGGCAUGCUUCAUGGAGAUAUGCUCCUCUCACUGCCCUCUGCACCAGCAACAUGGAUUGUCAGCUCUCCAUCCUCCUCCUUCUCAGCUGCUCUGUUCUCGACAGCUUCGGGGAACUGAUUCCGCAGCCUUCCAAUGAAGUCAAUCUACUGGAUUCAAAAACAAUUCAAGGGGAGCUGGGCUGGAUCUCUUAUCCAUCACAUGGGUGGGAAGAGAUCAGUGGUGUGGAUGAACAUUACACACCCAUCAGGACUUACCAGGUGUGCAAUGUCAUGGACCACAGUCAAAACAAUUGGCUGAGAACAAACUGGGUCCCCAGGAACUCAGCUCAGAAGAUUUAUGUGGAGCUCAAGUUCACUCUACGAGACUGCAAUAGCAUUCCAUUGGUUUUAGGAACUUGCAAGGAGACAUUCAACCUGUACUACAUGGAGUCUGAUGAUGAUCAUGGGGUGAAAUUUCGAGAGCAUCAGUUUACAAAGAUUGACACCAUUGCAGCUGAUGAAAGUUUCACUCAAAUGGAUCUUGGGGACCGUAUUCUGAAGCUCAACACUGAGAUUAGAGAAGUAGGUCCUGUCAACAAGAAGGGAUUUUAUUUGGCAUUUCAAGAUGUUGGUGCUUGUGUUGCCUUGGUGUCUGUGAGAGUAUACUUCAAAAAGUGCCCAUUUACAGUGAAGAAUCUGGCUAUGUUUCCAGACACGGUACCCAUGGACUCCCAGUCCCUGGUGGAGGUUAGAGGGUCUUGUGUCAACAAUUCUAAGGAGGAAGAUCCUCCAAGGAUGUACUGCAGUACAGAAGGCGAAUGGCUUGUACCCAUUGGCAAGUGUUCCUGCAAUGCUGGCUAUGAAGAAAGAGGUUUUAUGUGCCAAGCUUGUCGACCAGGUUUCUACAAGGCAUUGGAUGGUAAUAUGAAGUGUGCUAAGUGCCCGCCUCACAGUUCUACUCAGGAAGAUGGUUCAAUGAACUGCAGGUGUGAGAAUAAUUACUUCCGGGCAGACAAAGACCCUCCAUCCAUGGCUUGUACCCGACCUCCAUCUUCACCAAGAAAUGUUAUCUCUAAUAUAAACGAGACCUCAGUUAUCCUGGACUGGAGUUGGCCCCUGGACACAGGAGGCCGGAAAGAUGUUACCUUCAACAUCAUAUGUAAAAAAUGUGGGUGGAAUAUAAAACAGUGUGAGCCAUGCAGCCCAAAUGUCCGCUUCCUCCCUCGACAGUUUGGACUCACCAACACCACGGUGACAGUGACAGACCUUCUGGCACAUACUAACUACACCUUUGAGAUUGAUGCCGUUAAUGGGGUGUCAGAGCUGAGCUCCCCACCAAGACAGUUUGCUGCGGUCAGCAUCACAACUAAUCAGGCUGCUCCAUCACCUGUCCUGACGAUUAAGAAAGAUCGGACCUCCAGAAAUAGCAUCUCUUUGUCCUGGCAAGAACCUGAACAUCCUAAUGGGAUCAUAUUGGACUACGAGGUCAAAUACUAUGAAAAGCAGGAACAAGAAACAAGUUAUACCAUUCUGAGGGCAAGAGGCACAAAUGUUACCAUCAGUAGCCUCAAGCCUGACACUAUAUACGUAUUCCAAAUCCGAGCCCGAACAGCCGCUGGAUAUGGGACGAACAGCCGCAAGUUUGAGUUUGAAACUAGUCCAGACUGUAUGUAUUAUUUCAAUGCAGUCUAGAGGAGGGGGCAGGGAUCUUGCAAAAGAUGUCUGAUCGUUUAUUCUCACUGUUUCUAAGUUUUAAACAAAUGUGAUACAUUUAAGGUAUAUUGCUUGGGACAUUGCAAUUUGCAGAGCCCUGUGUCUGUAUACAGUAUUUGUGUUUGUGUGGGUGUACAUUUUGUGUUUCUUUUUUUCUUGUAUGCAAAUCAAACAUAUUCUAAUGCCUGAAAUGCUUCUGUUUUUUUUUUUUAGCCAUAAAUUGCUUUUGAGGAACAUUAUUUAAUAUAGUAACACACUUCCAGUGUCUGUCAUUUCAGAUAUUCCAGGUUCAUUGCGUGAUUCAAUGAACCACAAAAAAGAAACUUGCUGAUCCAUGAGAAUCUUAAUUUUGUUUUAAUCCUUAACACAUUCAAUAGCAUAUCACAGAGAGAAUAAGGAUUUUCUAAAAUGUGUUUUAUCACUUCAUUCACAUUCAGAAGUAAUUUGAAUAGCCUGUUCCUUUAACCCCAAAUUUGGCUAAAAUUGGCCUAAAACUGGCAAACAUUUUUCCAGUAACUUUUCUUUUUUUCAAAUGAAUUUUCUUCAUACUUAAAAAAGCCCUUUGCUAAAAUAUAAUUUUCAAAAAGGUAAAAUUAUGUCUAUGGCACUAAUAUAAAAUGAGUAGAAGUUAAUGAUUUUACUUAACUCAUUUUUUUCUUUCUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGCAGAGCGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCCUGCAAGCUCCGCCUCCUGGCUUCACGCCAUUCUCCCCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-750.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -797.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 647.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((....))))))..((..(.(((.((((((((......((((((.....((...((((............))))...)).....)))))))))))))).))).).)).....(..(((((.((.(((.....(((((((((................(((((((.((((((..........)))))).))....)))))((((....)))).........((((((.......)))))).)))))))))(((((((((((((.((((((.....))))))))))))))((((((((((((((.((((.((((((.....((.....)).)))))).)))))))).(((....)))........((((((((((....((((....))))(((((.(((((...(......)...)))))..))))).(((...)))....(((((..((((((((((.((((((..(((((.((((.(................(((((.(((....)))..)))))(((((((((((......((((((((..(((.(........).))).)))))))).)))))))))))......((((((((((((...((((..((((((....)))).))..))))...)))))((((((..((((....))))..))))))..)))))))(((((((....(((((((.((((((..(((((....(((((....)))))..(((((...(((((((.(((((........)))))........(((.(((((...))))).)))((((((((...(((..((((....)))).(((..((((((...))))))..))).(((.(((((.(((....((.(((((.......))))).))...)))..))))).)))(((((((((((.......))))))).))))((((((.....))))))..((((((.(((.((((((.........((.(((((((((.....((((((.(((...(((.(((.....)))..)))...).)).))))))......)))))...)))).)).........))))))))).))))))))))))))))))))))))....)))))...((((..........))))..((((((......))))))..((((((((((....)))).))))))...((((((......))))))..............((.((((..((((......))))..)))).))..(((((((((.............)))).))))).)))))..)))))).)))))))(((.((((...)))).))).))))))).........((((..(((((.(((..(((((.(((.((((...)))).....((.(((((..((..((((((.................))))))..))....))))).)).(((((......)))))))))))))..))).)))))))))).)))).)))))..))))))....))))))))))..)))))((((....)))).........(((((((((((((((((((.(((..((((.....((.((((..(((((((..(((....)))..)).)))))..))))..)).......(((..((((.((((.(((..........))))))).))))))).(((.(((((.(((((((...(((((.(((..(((((((((...........))))))))).(((((((.((((((.(((((....))))).)))).)).))..))))))))))))).....)))))))......((((((..((..((((((.((..(((.(.(((((...))))).))))...))..))))))..))..))))))..))))).))).......))))..)))..))))))))..(((..(((..(((......)))..)))..)))))))))))))).))))))))))((((((((((((((((((..(((((......))))).....))))((((((((......))))))))...(((((((((.......)))))))))((((((((((..((((........))))..))))..))))))...((((((((...(.(((..............))).)..)))))))).......(((((...............)))))))))))))))))))...((((((...................(((((....)))))....(((((.(((....)))))))).......(((((((....(((((.....)))))....))))))).....(((((..(((((((((((......).))))))))))...))))).......(((((((((..((((.((....)).)))).))))))))).................................((((((((...))))))))...))))))(((((...(((((((.....(((....)))...))).))))..)))))(((....))).))))))))))........)))))..))).)).)))))..).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((....))))))..((..(.(((.((((((((......((((((.......{{(((,,.,,.,,......}),))..)))))..)))))))))))))).))).}.}}....,((.{{{|||.,.((({..{.{{,|,.|||}}.........{(((((((((((,((({{{||,,{{{|{{||||||{|,....,))),,|||}..,)))),....,...{|||||.......,}}}},.}||||||||((,{{((((((((.((((((.....)))))))))))))){(((((((({(((,{((((.((((((.....{{.....}}.)))))).)))))))){{|||.((((({{.....}}}}}}|,{......{|{||||||||||{,||}|||{{||,{,,....|{{{|||},..,,|||.|||||}|||,.{.(((((,.((((((((((.{(((((..(((((.{(({,{,......,,||{,,,,{||||,{|{,,.,)}}..))})}((((({{((({{,.,,{({((((((,.{{{,|,,,,,...|.}}}.})))}}}),}}}}}))))))..,,}}|(((((((((((...((((..{,((((....)))).},..))))...)))))|{(({{..{||{,,,,)))}..)))))}.,}))})})|||||||}...{((((((.((((((..(((((....{((({....})))}.,((({({{.((({{{,.(((((........)))))}},.},,.{{|,||(((,,,|||||.|||{(((((((.,,(((,{((({,,,.||||,(((..((((((...)))))).,))),(({.(((((.(((....((.(((((.......))))).))...)))..))))).}||(((((((((((.......})))))).)))|{{{{|||.|},))))||..{(((((.((,{((((((.........((,((({,,{({{,{{{((,,(({(((...,{{.{,,...,,}}}...)))))).))})}|||,......)))}}..,)))).}}.....,...))))))))).))))))}}}))))))}}))}}}}}...,},|||...{(((..........)))}..{{{{{{.....,))))))})|(((((((((....)))).))))),...((((((......))))))...,........,}|(,({((..{{{,......}}}|..})}}.),..(((({((((.............)))),))))).)))))..)))))).))))))}(((.((((...)))).))).,},,,,,...,,}}},||||,,((({(.{{{..(((((.(((.((((...)))),.,..((.(((((..((..((((((.,...............))))))..))....))))).)).(((((......)))))))))))))..))).)))))}}},},)))).)))))..))))))...,)}))))))))..))))),|,,...(((((({.......(((((((((((((((((((.(((..((((.....{(.((((..(((((((..(((....)))..)).)))))..))))..}}.......{{,.{((((.((((.(((..........))))))).)))))}|.(((.(((({.{{{{{,((((((((({((,..(((((((((,........,.))))))))).((((({{,({((((.(((((....))))).)))).)).)}..))))),,,,,,,),.})})))))))......((((((..((..((((((.((..(((.(.(((({...})))).)))).,.)}..))))))..))..))))))..))))).))).......))))..)))..))))))))..(((..(((..(((......)))..)))..))))))))))))))..{((((((((....{({.....((((((((((((((((...,{,.,.,,|,,...{(((((((......)))))))}...(((((((((.......)))))))))((((((((((..((({.,,.....})))..))))..))))))...{(((((((...,.(({..............}}}.},.))))))))||||..||||||,,.....,{,{,...,,,},,.,))))}...)))))))}..)))))))).,....}}}.,.)))))))))}))))))...(((((.(({....))}))))).......(((((((....(((((.....)))))....))))))).....(((((..(((((((((((......).))))))))))...))))).......(((((((((..((((.{(....}}.)))).)))))))))...............................},((((((((...))))))))..,|||({,(((((...(((((((.....,,|},,.})),..))))})))..))))))}},,}})),.}))))))))}.....,)}))))}))))))))}))))))}......
Back