Basic Information

Symbol
EPHA4
RNA class
mRNA
Alias
EPH Receptor A4 TYRO1 Hek8 Tyrosine-Protein Kinase Receptor SEK Tyrosine-Protein Kinase TYRO1 Ephrin Type-A Receptor 4 EPH-Like Kinase 8 EC 2.7.10.1 HEK8 EK8 SEK Receptor Protein-Tyrosine Kinase HEK8 TYRO1 Protein Tyrosine Kinase EC 2.7.10 EphA4
Location (GRCh38)
2:221418027-221574202
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Sudden death from CNS diseases
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004438.5
Sequence length
6362.0 nt
GC content
0.4478

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1894.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2015.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1755.25
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.((((((((...)))))))).)).(((((.(((((((((...((((.((..(((((.((((..............))))...)))))..)).))))......)))))))))((((((((((((((((..(((((((..(((((((((((((((((..((((.....((((((((.((.((((((((((.((((.(((((((....)))))))...((((((((((......((((...............))))......((((((...((((((((((((.....((((((.....))))))..(((((((((((.((.(((.....)))((((((((((((((...((((.......(((...(((((((((......((((((((((.(((...((.((((((..((.........(((((((.........................((((.(((((((((..((...((((.(((((....)))))..)))))).)))))))))))))......((((((((((......(((((((((..(((((..(((.((....((((((((((.((.....((((((((((((...))))..))))).....)))..)).)))))))).))))))).))))).)))).)))))......))))))))))((((((..(((...((((.((.((((((((......((((((((((.......(((((.....))))).....))))))))))........))))....))))..)).))))....)))))))))((((((((((((...(((.(((...(((.(((....))).)))....((.((((((((((((((..(.(((((..(((.........................)))..))))).(((....(((..(((((.((.((((..(((((((.....))))..)))..)).))...)).).))))..))).))).((((((...)))))).....)..)))).)))).)))))).))))).)))))))))))))))..((((((((.((((((((((((.....)))))........))))))).)))).....))))..)))))))((.((((((.(((((((.((((......))))...)))))))....)))))).)))).)))))).))))))))).....(((((((.......)))))))(((......))).))))))......)))).)).))).)))........)))).......)))))))......)))))))((((..((((...))))..))))...........)))))))))))))((((....((........))...))))..))))))..)))))))))))).((((((...((.(((...........((((...(((((..(((((...((((....((((....))))....))))(((((........))))).(((......)))((((..((((.....))))...))))...))))))))))...))))))).))...))))))......)))))))))).)))).))))).....((((((........)))))).......(((((((((.((...(((((.(((..........))).))))).)).))))))))).(((((((..((((.(((.....)))((((((((((.(((((((..((((((((((((..((((((.((..(((((.(((((...(((....)))........................((..((((((........))))))..))...((((....))))...((((((((((..(((((((...((((......((((((((..(((((.......)))))..))))..))))...............(((((.((.((((((..(((((((((..(((((((((((.((((((..((((.((((..........(((((((((((((((......)))....))))))))))))(..((..(((((....)))))..))..)))))))))..)))))).(((((......)))))....))))))......))))).)))))))))....))))...))..))))))).....((((((.((((((((((..(((.....)))...(((...(((((((((......((((......))))((((((.(((((((((((...((((((.(((((((...))))))).).((((((.....)).))))))))).))))).((((.((((((.(.....((((.(((((.(((((((((.....))))).))).)..)))))))))).)))))).)))))))))))))))).(((((..((((((........)))))))))))..(((.......)))..)))).)))))...)))((((((.....))))))..))))))))....)).)))))))))).......)))))))..))).))(((....)))....)))))........))))).))))))).))))))..)))))))).)))).((......)))))))))..(((((((((..(..((..((((((....))))))..))..).)))))).)))(((((....)))))......((((..((((((..................))))))..))))...)))))))))))))))))))))...((((((......))))))..))))).))))))))))(((((((((......))))))).)).(((((...)))))......)))))))..)))))).))))))))(((((.(((((........))))).)))))((((((..((((.(((((....))))).......((((......)))))))))))))).........(((.(((((((((((((((((((.........((((.....))))..(((((.((((((......))))))....(((.(((((((((.....)))).....)))))..)))..(((...((((((((..(((...((....................))..)))..))))))))..)))................))))).))))))))))).))))....)))).))).)))))))..)))..((((((((...))))))))........))))))))..((((...((((((.(((...(((((((.........((((((.............)))))))))))))...))).))))))...))))(((.((((((.((((((((((.............(((((((..(((((((((((((.((((((((((...)))))....(((((((...((((((((.(((.(((((((.((((((.((((.(.(((.(((((((((...((((((..(((((.((((.((.....)).)))).)))))...((....)).))))))...)))))))....(((......)))....((((((((.(((.(((((((((.((.((.(.(((((.......((((((.(((((((........)))(((((((((.....((((((((((.....((((...(((.(((....((.....))....))).)))((((((((((((((.(((((((...........)))))))...((((((...........))))))(((((((...)))))))(((((((((((((((((....(((....))).....(((((.((....)).)))))..)))))).))(((((.(((((...))))).)))))...)))))))))....(((.....)))..))))...)))).)))))).........((((((((...((((.((.(((((((((.(((((((...((....))..)))))))))))......(((((..((((......((....)).......))))...)))))......(((((.....)))))........))))))).))))...(((.(((.....))).)))))))))))..(((..((((.(..(((...((((....))))...)))..)))))....))))))).....))))))))))))))).))))..)))).))))))((((((......((((((..(((..(((((...(((((.((......)).))).))...)))))..)))..)))))).......)).))))))))).))).))...)))...)))))).))).)))))))).....)).))).)..)))).)))))).......((((((............))))))((((((((((((......)))).)).......(((((((..((..(.(((((((((......((.(((((((((((((((.(((.(((((((.......))).)))).)))(((..(.((((((.((((...((....))...)))).)))))).)..)))...(((........)))(((((((.((..(((((...((((...((((.........)))).)))))))))..))))))))))))))))).))))))).)))))))))))...)..))..)))))))...................)))))).))))))))))...((((((.....))))))))))))))...)))))))..((((((((((....(.((((..((((((...)))))).)))).)...)))))))))).....)))))..))))))))))))).))).))))....))))))))))....)))))).))).........((((((.((((.(((((..((((...((.((.((((((.(((((.(((((.(((.......((((((((......((((((((((.(((((.((((((((((.((((..(((((((((((..(((.(((.....(((((((..((((((....((.(.(((.(((((...((((((((((((((((((.(((...))).))))))...)))).))))))))(((....)))..............(((((........))))))))))...(((((.(((((((((((((((((.((..((((.((((((((..((((((((.((((.....)))).))).............)))))....)))))))).))))(((((((.((((.((((((((.((((((((((((.......)))))))).......))))..............((((((.(((((......................((((((((.(((..............))).))))))))......((((((((...))))))))((((((........))))))((((.(......).)))).((((.....))))((((((((((((((((((.((.((((((....))))..)).)))))))))))))).........))))))((.(((....))))).))))).)))))))).)))))).).))).)))).)))....((((.(((.((..(((....))).))))).))))((((.(((......))).))))..)).))))).))))))((((((((.......))))))))........(((((((((...(((((....)))))....))))))))).....((((((.((.((.........)).)))))))).......(((((......))))))))))))))))((((((((...)))))).)).....))).)))..))))))...))))))).))).))).))))))))))).))))))))..............((((....))))))))))..))))).)))).((((((((............)))))).))))))))....))))))))....(((((...)))))..........)))))))).)))))))))))))))))))..))))).))))...)))))).)))))((((......))))(((((.((((.(((((.(((((((....))))))).((((((((......((..(((.((..(....)..)).)))..))..)))))))).((((((((.(((((........)))))))))))))....((((((...........(((((((...(((((..(((((...))))).))))))))))))......))))))(((((((...(((....))).)))))))(((((((((...)))))))))............))))))))).)))))...)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((.((((((((...)))))))).)).(((((.,..,...(((({(((((........)))))....,.((({{{(((((....((((((.......((((((((.(((...))).)))))))).(((....))))))))}..(((((.((({,.{(((((...)))))}.,.))))..))))))))))))))).},(((((((....)))))))((((((((..(((((((.,(((({,.............,|||(((..((((((((.((.((((((.,,(((((.((((((.....)))))).....(((((((((((((((.....)))(((((((((((((.,,,({{{,......}},.(((((((((.((((..(((({{(((,....,.}))))))){.(((((((.(((((..({((((((..((((,,(((.{{.........((((.(((((((((..{{...((((.(((((....)))))..)))))).)))))))))))))......((((((((((..,...(((((((((..(((((..((({{(....((((((((((.((.....{(,,{{{{{{{|,..,|||,,}}}}},,,,.,}}..)).)))))))).))))))).))))).)))).)))))......)))))))))),{((((.,{{,...((((.((,{(((((({......((((((((((....,{.(((((.....)))))..,|.)))))))))).......,||}}..,,)},,..}|,|}}}....,)}}}||||(((((,,((((,.,,((.{(((,.{{,,.(((....))){|||{...{{,{{|||{|.(((({({{({,..,{{{((({{,.,,......}}|}.,,}}.,..|))||}}})).,||.|}}}}}},{||}}}.,}}}||..|||||||...,.}}})}}))),,))}))}.{{{{{.|{|...,)).,)))})||||,|,|}||||{.|...{{||||{||||.}|||||{||{|||||{|||||||,|||||......(((((((((((((((...,....(((((((...((((,..((((((((((({{,.......((((({({,{(({{((((({,{{{{..,,,,|}|},..}}}})))...(((((.....)))))..|||||,,,}||||}}..(((((((.......)))))))|||.,..,,})),,....))))).,{(((((((((((((...((((.((((.(((........(((((((.(((((...(((...((((((((((...,...........((((.(((((((((((((....(((.(((((......((((({............}))))))))))))).....))))((((((........))))))))))).))))))))..((((,,..((((....)))).,,.)))),(((({,,{,...|||||.(((......))),|||,.||{,.}}}.))))}}.))),))))),)).)))...)))))))).)))))))..{({......})}.......,||.....,.))).)))).))))...))).))}..,)))))))||((((((.{(,..(((((,{((..........)))))))),.)).))))))},..,)))))),,))))),,{.....}||,,(((((((((.(((.,,{(((,((,(((,({{{,...,))}}),))}...,.)))},))).))))))))).............,,,...))))..))))))).......))))))))))))))(({{....)))},{({(({...{|||,},},.}||}.|||||.,...((((((((..(((((.......)))))..))))..)))).....{{{{.....}}))...))}))}))}),.,,))))),)),.})}}.,}))}|((((,..{(((.,,||}...,,,.,.(((((((((((((((......)))....)))))))))))),..((..(((({....}))))..))}})))))))))}.}})}})}}}}|({{{{{{|,,,|,......,,,})},.)),)))}}}||....,)}..,}}.))..))))))))....)))))).)}.))))).))))))).}))))))))))))).....{(((((((({.,((((((..{((((({((((((((((((((.((((..,{((((.,({((((.{{{{,||}||.,.,,{||,,,.}})).)))),.)).)))).},((((.((((((.(.....(((,,(((((.{((((((((.....)))))}})).)..)))))))))).)))))).))))...((((.,....(((((.,((((((......,,))})))))))).))))))))))))))..))))))))}....,{{((((((.....))))))..}},(((.,((((((.{{{(.(((...((((((......({((,{,{.(((....)))...{(((((({....{{((({{....,(((((((((..((,{{...,.}}}}.))),}))))).{{{{{{,.{((((((((..,..((..((((((....))))))..))..}.)))))).))},,,,.....,))))}}...}}|||}}}}})))))}..}}}.,}},}....}||||,..,}}.(((((((((((.....(((((...((.((((((......)))))).))..))))))))))..))))))((((((((((((((((((.....))})|.((((((....}))).)),{,,..{{.....}}|(((((((.(((((........))))).)))))))|,,,.......(((((....))))).....})))))))))))))))))))...))).,,}},)))))),))).(((((((((((((((.........((((.....)))}..(((({.((((((......))))))...,|{{.{(({{({{{.....}}),....}))))}..,,,....((((((((....,}}),..)))}.{((((((..((({{.(((................))}})))).,))}}},......))))).))))))))))).)))).....))))))))))))|{(((({...(((((({{...))))))))...)))).))}||{{{...,,))))).{{{{{{....,})))),,}}))}...,|||{{{...,,,,.....,|||,,,.)))}.))))..))))))))),(((.((((.((((((.((((((((((.............(((((((..(((((((((((((.((((((((({...,)))}....(((((((...((((((((.(((.(((((((.{({(((,{({(.,,,{{{{{((({({{{,.{,{{{{.,{{,,{,(((({(({{{{{||{||||{}}|||...((...,}},,.,,..}}}))))))}||..{((....,,|}},...{(((((({.(({{(((((((((.(((.((({(((,.......,,|||}})),)}},|},......|{{(,,,((({,.....,,,,{{,{{,,,...,,|||,.{{{{{{..,,.,,....,||,,...{{((((((({{{{{{{((((.(((((((..|,....,,,|||||||...{|||||,,,........))))}}(((((((...)))))))(((((((((,,((((((....{{{....,)).....(((((.((....)).)))))..)))))).,|(((({.(((((...))))).)))))...)))))))))....{((,....}}}..))}},.,}}}}}}}})))},,......,|||||||...||||....{{{{||,,,.|||{{{,...||.,.,))}.})))))},}}.}}}}|,{||{{,,||||.,,,..{{....}}.......)})),..}}}}}......||||||},,}))))),..,.|,|,}}}},..|||,.,.{{{.||{,|||.}||.,}}}}))}}|},|{{{,.{{{,,({{{{{...{{{{,,|,)})}..,}}}..}))}}.,})))}))}}.....,}}}}}}},,|||||{,,,,...||{{{{|(((((((((((,{....||||))))|,))))|,....||,}}}))......)})))}|{{{,||,|||||||..}}||||....{{.{{.((((((...)))))).}}.))|,,{||||||{||,.||||||||{,....}})))))}},,))})))))}}},....{{{{{{..,,,..,,|..,}}}}}||{{||{,.{{{.,....))})}},,,.}}}}||||||{|||||.{.|{{{{{{{{|,|||.||.|{|{((({(((((({.|{|,{{(({{|.,.,,.,))).)))),))}|,,..,,(((({{.{(({,|.{{,,,,}}...|||}.}})})),}|||||,...||..,..,,.,,,(((((((.({..(((((...((((...{{((.........)})).)))))))))..)))))))))}))))))).))})}}}.,}})))))))}..,),})).,})))))}..,,,,...,}}....,,,))))}..))))))))))...((((((.....))))))))))))))...)))))))..((((((((((....,.((((..((((({...}))))).)))).}...)))))))))).....)))))..))))))))))))).))).))))....))))))))))....)))))).)))))))}{((,((((((.((((.(((((..((((...(,{(,{((((((.(((((.(((({.{((,......{(((((((,{....{{{{{{{(((.(((((.{(((((((((.((((..{((((((((((..{((,({{.....(((((((..,{((((,{,,((,{.,{,.{((((...((((((((((((((((((.(((...))).))))))...)))).)))))))){{{....})}..............(((((........)))))))))}...(((((.(((((((((((((((((.((..,((({({(({{{{..{{(((((,...,|},,}...,..,,.}}}}},,,|,...|}}}|.,{,||}}},,,.,||)||||||{{(((,.(((((({{.{{((,(((((,....,}},}||||,,,..{{{{{||||{{.,{{{{...{({(((,,,{(((((...........{{{{{{..,,.(((((((,.{{|}},,}}..,,,..,)),.},}}},,,.}))})},,,|||}}}.,,))))))||||,|}}}},...}}))))((((,{,...,,).)))).((((.....)))),{{(({(((((((((((,{((.((((((....))))..)).))))))))))))))...,,,...||||}|((.(((....))))}.})}})|}}},}}},))}),))})})))})))},,}},,,.((((.(((.((..(((....))).))))).))))((((.(((......))).))))..}}.))))).))))))((((((((.......))))))))........(((((((((...(((((....)))))....))))))))),{{..((((({{((.((.........)).))))))))..},,..{((((......)))))))))))))))){{,{{{{{,,,)))))),)}....,||},},,,.}))}))...))))))).))),),,.))))))))))).))))))))..............((((....))))}}))}}..))))).)))}.{{{{{{{{,,..,,,.....}})))).},)}}}}}.,..)))))))}....((((,...}))))......,,..}}}))))).))))))))))))))}))))..))))).))))...)))))).)))))))))}}})))).{{{(,,,..}}}}.,,,,.(((((((....)))))))............({{{...))))))))).)))))).)).)))}}).)))..))).}||{{{{(({(((((...,}}),,,)))))}}}))),}}..)))))))))))))))...{{{{{,..(((((,.,,{,,|,,}}}}},}}.,,.,}}})|,......,)))||((((((...{((....}}}.))))))||((((((({...})))))))},................)))))....,..,)))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001304536.2 NCBI
ACGCGUGCUCAUCUUGUGUAAAAGUAAAAGUUGCUCAUGUCAUUAGCUC… 6581 nt 0.4515
NM_001304537.2 NCBI
AAGCAUUUAUUCCACUGGGAUAGAAGCGGCAGGAGCAGCGUUGGCACCG… 6294 nt 0.4473
NM_001363748.2 NCBI
AAGCAUUUAUUCCACUGGGAUAGAAGCGGCAGGAGCAGCGUUGGCACCG… 6391 nt 0.4477
NM_004438.5 NCBI
AAGCAUUUAUUCCACUGGGAUAGAAGCGGCAGGAGCAGCGUUGGCACCG… 6362 nt 0.4478
Summary

This gene belongs to the ephrin receptor subfamily of the protein-tyrosine kinase family. EPH and EPH-related receptors have been implicated in mediating developmental events, particularly in the nervous system. Receptors in the EPH subfamily typically have a single kinase domain and an extracellular region containing a Cys-rich domain and 2 fibronectin type III repeats. The ephrin receptors are divided into 2 groups based on the similarity of their extracellular domain sequences and their affinities for binding ephrin-A and ephrin-B ligands. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A meta-analysis in humans identified EPHA4 as a gene involved in the pro-inflammatory response via Akt, mTOR, and NF-κB signaling, and it was noted as a key hub protein within a neurodegeneration-associated interaction network linked to post-mild traumatic brain injury signaling in peripheral biofluids [Matyasova et al. DOI:10.4149/gpb_2021038].