Basic Information

Symbol
ETV1
RNA class
mRNA
Alias
ETS Variant Transcription Factor 1 ER81 ETS Translocation Variant 1 Ets-Related Protein 81 Ets Variant Gene 1 ETS Variant 1
Location (GRCh38)
7:13891229-13991425
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004956.5
Sequence length
6459.0 nt
GC content
0.3711

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1576.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1712.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1628.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001163147.2 NCBI
AGAGGCGCUUUCGGCUUCCAAGGGGGAAGUGCUGGGCUAUAAUUAAUGU… 6193 nt 0.3664
NM_001163148.2 NCBI
CGUUAUUGGCUGCGGGAAGAACCUCGCCGGGACCUAACCCGAAGCUCCG… 6352 nt 0.3741
NM_001163149.2 NCBI
ACCCCCUGCUUGGUUGCACCCUCAGAUAGUACCCAUGAGCUUCACUGUU… 6232 nt 0.3694
NM_001163150.2 NCBI
ACAAUCACAUCUGCUUUUGGCAAGAACUAAUGCACCAAGACUUCAAGUU… 6187 nt 0.3675
NM_001163151.2 NCBI
ACAAUCACAUCUGCUUUUGGCAAGAACUAAUGCACCAAGACUUCAAGUU… 6133 nt 0.3669
NM_001163152.2 NCBI
ACAAUCACAUCUGCUUUUGGCAAGAACUAAUGCACCAAGACUUCAAGUU… 5998 nt 0.3610
NM_001370555.1 NCBI
AUAGGAGGAUCAGGGCAAGUGGCUUCAGAGAUGCAGCCCUCACUGCUUA… 6312 nt 0.3702
NM_001370556.1 NCBI
AGAGGCGCUUUCGGCUUCCAAGGGGGAAGUGCUGGGCUAUAAUUAAUGU… 6214 nt 0.3679
NM_004956.5 NCBI
AGAGGCGCUUUCGGCUUCCAAGGGGGAAGUGCUGGGCUAUAAUUAAUGU… 6459 nt 0.3711
Summary

This gene encodes a member of the ETS (E twenty-six) family of transcription factors. The ETS proteins regulate many target genes that modulate biological processes like cell growth, angiogenesis, migration, proliferation and differentiation. All ETS proteins contain an ETS DNA-binding domain that binds to DNA sequences containing the consensus 5'-CGGA[AT]-3'. The protein encoded by this gene contains a conserved short acidic transactivation domain (TAD) in the N-terminal region, in addition to the ETS DNA-binding domain in the C-terminal region. This gene is involved in chromosomal translocations, which result in multiple fusion proteins including EWS-ETV1 in Ewing sarcoma and at least 10 ETV1 partners (see PMID: 19657377, Table 1) in prostate cancer. In addition to chromosomal rearrangement, this gene is overexpressed in prostate cancer, melanoma and gastrointestinal stromal tumor. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2016] CIViC Summary for ETV1 Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.