Basic Information

Symbol
FAS
RNA class
mRNA
Alias
Fas Cell Surface Death Receptor TNFRSF6 APO-1 CD95 APT1 FAS1 Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily, Member 6 Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 6 Fas (TNF Receptor Superfamily, Member 6) Apoptosis-Mediating Surface Antigen FAS TNF Receptor Superfamily Member 6 FASLG Receptor CD95 Antigen Mutant Tumor Necrosis Receptor Superfamily Member 6 Apoptosis Signaling Receptor FAS APO-1 Cell Surface Antigen Apoptosis Antigen 1 Apo-1 Antigen Fas AMA ALPS1A FASTM
Location (GRCh38)
10:88953813-89029605
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000043.6
Sequence length
3696.0 nt
GC content
0.3804

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-923.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -998.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 917.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((..(((((((((((((((((((((.((.((((((.((..((((((.....)))))))).))))))..)).))))))))(((((((...((((.(((((((((..(((((((((.(((..(((...((((....((((......((((((..((((..((((.(((((....))))).))))....((((((....)))))).....)))).))))))..((((...........))))..((((((..((((((.((((((((((.(........).)).))....((((((((((((((...........(((.(((((((.((......)).))).)))).)))......))))))..(((((........)))))....)))))))).....)))))).))))))...)))))).......))))..))))....)))....))))))))))))))))).......((((((.......(((..((((....((((..(((((........((((........)))))))))....)))).))))..)))........)))))))))).))))))))))).......))).((((................))))..))))))))))...)))).))))))...........((((((((((.((.(((((.(((((((((.....((((((....))))))...........(((...((.(((((..(((.(((((.((.(........).))))))).)))..))))).))...))).(((((((((((((((........))))).((((....)))))))))).)))).((((..(((((.((((((((((.((...(((.((((.((..((((((((.....))))...))))..))..)))))))....(((((((......((((((((((((((....((((...)))).............((((((((....))))))))(((((((((...((((((((....((((..(((..((((.((...........((((....))))........)).))))...((((((((((................(((((.((((.(((((..((((........))))..))))).)))).))))).....))))))))))((((((........(((((((...(.(((((..(((((.......((((((((.(((((((...((.......))...))))))).))))))))))))).........))))).)...)))))))(((......)))...))))))...)))..)))).....))))))))..(((((...(((((((.(((.(((........))).))).)))))))...)))))..(((((....)))))...((((......)))).........(((((......)))))...(((...........)))(((.((((((.........((((((......))))))...........)))))).)))..((((((((((((((((((((((((..(((......((((((....(((.((.((((((...)))))).)).)))(((((..........((((.(((.......))))))))))))......((((((..(((((....)))))......((((....))))....((((((((.....))))))))((((((((..(((..(((.......)))((((......(((.........(((((..((.((((((...))))))))..)))))......)))......))))....(((((.((((....(((((..................)))))..)))).)))))..............)))..))))))))))))))..((((....))))))))))......)))..))))))))))).....(((((.((...)).)))))....(.(((((....(((((.(((.((((....)))).)))..(((((((....)))))))..................)))))...))))).)(((((.((.((((((....)))))).)).)))))....))))))))))).)).))))))))).(((.....)))))))))))......)))))).........(((((((((..(((.(((((((((((((..((((((((..((((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))).....)))))))))).))))))))....)))))...((.(((((((.(((((...........((((((....))))))...((((((((...(((((((.........)))))))))))))))................))))).)))))))))((((.((((...(((((...((((((((((.((((...((((((((((((((((((((...........(((((((((((.....((((((((.......((((((.....))))))......(((((.....(((((((....)))))))......)))))......))))))))...........((((((((((((.....))))......((((((((((((...))))))))))))...((((.......)))).(((((((((...((((((((((((((....(((((((....(((...)))..)))).)))....(((((((((((.....)))))..))))))....)))))).....(((......)))))))))))...)))))..(((((.((((...((((((((.((((((((.(((((....))))).))...))).)))))))))))))))))))))))).(((((..((((((.((((((.(((....)))(((((...(((((((((....)).)))))))....))))))))))).)).)))))))))..))))))))(((.....)))...(((((((((....)))))))))(((((.((((.(((.((..((((........))))..)).))))))).))))))))))))).))))))))))))).........(((....((.((((((((((......)))))))))))).)))))))))))))(.(((((((((..(((....(((.((..(((......((....))....)))..)).)))....))).))))))))))...)))).))))).)))).)....)))))..)))).))))(((.((((((((((.......)))))))...))))))...........))))).))).)))..)))))))))(((....)))...)))))))(((((((...........))))))).....(((..((........))..)))..............)))))))))))).)))))))))(((((..(((((((....)))).)))......(((((.......((((.(((((....))))).))))........)))))....)))))....................))))))))).))))).))((.....))(((..((((.(((...(((((....((((((....)))))))))))))).))))..)))............))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((..(((((((((((((((((((((.((.((((((.((..((((((.....)))))))).))))))..)).))))))))(((((((...((((.((((((((,.,(((((((({,(((.,{{{...((((....((((......((((((..((((,.((((.(((((....))))).)))),...((((((....)))))).....)))).))))))..((((...........))))..((((((..((((((.(((((((({(,(........,,)).}),..,(((((((({(((((...........(((.(((((((.((......)).))).)))).))).,....)))))}..(((((........)))))....)))))))),....)))))).))))))...)))))).......))))..))))....)}}..,.))))))))))))))))}.......,(((({.,,....(((..((((....((((..(((((..,,...,({{,..,,,...,},,)))))...,)))}.))))..)))......,})))))))))).))))))))))).......}))}((((................))))..))))))))))...}))).))))))...........((((((((((..,.,{{{,.{(,,{((((,,,,.((((((....)))))).....,,,,..{{(,,...,(((({.,{((,({,,,.,({(,,,,,,{{|.|||||,,.,,,..,,,||,||,,|||},||{((((((({((((........))))}.((((....))))))))))},})).{|||.,||||,,((((((,,,{{(,.{{((({((((.{{..((((((((.....))))..}))))..}}..))))|||...,{((,{,,......,}}||,{{|||{,|}}}}|||}...))))}}}....,,,,..((((((((....))))))))...,,{{{{...,,,{((||..}}|||||.,||{||{{{{{({,...,,,...{(((,,..}}}}..{{{,...}))),,,.{{{({{,..........}))}.}))))|((((.((((.(((((..((((........))))..))))).)))).))))},,}}))}})))},))}|||,|,,,.....|||||||.,}||||,.,,,|{{((.......((((((((.(((((((...(,.......,,...))))))).))))))))}}|}}..{{{{{{{,||,{{{{.{{{{{{,.(({{{{(((((({{{,,||{{...,,}|,||||{{{{{|||}||||..{{,,,...||||{||}}||}||{...,,,..}}},}||,|||||||,,,|,,||{{(({,,{{{{{{,,...,({,,....,.,}))}}}}..,.,(((((......))))).,.,{{..,{{{{{{{.{{{((,.{{{(((.........(((((({....,))))))...........)))))}.}||,{((((((((((((((((((((((((..(((......((((((....(((.{{.{{((({...}))))).}},)}}((((((,.........(((.{{{.,,,...}})}})))))))......((((((..,{{{,...,|||,,..,.,,|{|{....}}}}..},((((((((.....))))))))((((((((..{(({{{,,.......,,,((((..,,,.((...,,.....(((((..((.((((({...})))))))..)))))......}})}}.},,))))....(((((.((((....(((((..........},......)))))..)))).)))))..............))}..))))))))}}}}}}..((({....})))))))))......)))..)))))))))))},.,,(({((,{{.,,)}.))))).,.,{.(((((....(((((.(((.((((....)))).)))..{((((({....}))))}|,,..........},,...)))))...))))).,(((((.((.((((((....)))))).)).))))).,..}))))))))))....}}}})}|||{((({{{.....,}},,,,,.....}))))))},,......(((((((((..(((.(((((((((((((..(((((((,..((((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))).....)))))))))).})))))))..,.)))))...((.(((((((.(((((.....,{{((,((((((....)))))).}}}||(((((...(((((((.........))))))))))))}},................))))}.)))))))}}((((.((((...(({((...{(((((((((.((({...(((((((((,((((((((((.,,........,,,((((((({....,({{({,((,...,,.{(((((.....}}}}}},,,...{{({{.....(((((((....))))))).....,))))},...,({{.,(((((({{.{((((.((((((((,(({...,,}},,......{(({{(((((((...))))))))}))}..,((((,......}}}}.(((((({(({{,{.,{,,,,,{|||}||..{{(((((....{{|...,}}..)))).)}}....,((((,(((((.....)))))..,)))))}}.,))),,,...,,(({......})),||||,,,...,,},,..{((((.((((...{(((((({,((((((((.(((((....))))).}}..,))).)))))))))))))))))))),,,,..}))))}.,,||.})))}}}.)))))).)))|((((...((((((({(....}).)))))))....))))}..|{((((.(((({.||{{.{{(((((..{(((({,....,..{((({{{{|,,,.)))})})))))||}...))))).}}|,}}.....}))))))))),,(((({,...,.))))))))))))),))})))))))))}...,.....{{,....||.((((((((((......))))))))))}}..})))))))))))|.(((((((((..(((.{{,(({.(({.(({......||.,}}|||..|}}}..))}))),,,,))).))))))))),...}))).))))).)))).)...,)})))..)))).)))){((.(({(((((((,,.....}})}})),,.}))))).,,,..,,,.,))))).))).)))..))))))))),,,.,,})))},.}},}|||(({({{{...........)))))}}..|,|||||,.{{,,.,,,||||..}},,,,),},}}}}...}))))))}))),)}},)))))}))}},}}.(((((....))))}{((({...}}}}}|...,.,,((((.(((({....})))}.})))......|||||}}...}))),......,.........{{{{{.....))))})))))}))).))}}{||{..|||||,|{({,,.,,,..}}}},|||||,}},})))),.,}))))}}})}..|||,,.....,,,,..))))))))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000043.6 NCBI
CUCUUCUCCCGCGGGUUGGUGGACCCGCUCAGUACGGAGUUGGGGAAGC… 3696 nt 0.3804
NM_001320619.2 NCBI
CUCUUCUCCCGCGGGUUGGUGGACCCGCUCAGUACGGAGUUGGGGAAGC… 3613 nt 0.3806
NM_001410956.1 NCBI
CUCUCCUGCCCGGGUGGAGGCUUACCCCGUCUUAGUCCCGGGGAUAGGC… 3886 nt 0.3996
NM_152871.4 NCBI
CUCUUCUCCCGCGGGUUGGUGGACCCGCUCAGUACGGAGUUGGGGAAGC… 3633 nt 0.3796
NM_152872.4 NCBI
CUCUUCUCCCGCGGGUUGGUGGACCCGCUCAGUACGGAGUUGGGGAAGC… 3671 nt 0.3808
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the TNF-receptor superfamily. This receptor contains a death domain. It has been shown to play a central role in the physiological regulation of programmed cell death, and has been implicated in the pathogenesis of various malignancies and diseases of the immune system. The interaction of this receptor with its ligand allows the formation of a death-inducing signaling complex that includes Fas-associated death domain protein (FADD), caspase 8, and caspase 10. The autoproteolytic processing of the caspases in the complex triggers a downstream caspase cascade, and leads to apoptosis. This receptor has been also shown to activate NF-kappaB, MAPK3/ERK1, and MAPK8/JNK, and is found to be involved in transducing the proliferating signals in normal diploid fibroblast and T cells. Several alternatively spliced transcript variants have been described, some of which are candidates for nonsense-mediated mRNA decay (NMD). The isoforms lacking the transmembrane domain may negatively regulate the apoptosis mediated by the full length isoform. [provided by RefSeq, Mar 2011] CIViC Summary for FAS Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.