Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000043.6
Sequence Length
3696 nt
GC Content
0.3804
CUCUUCUCCCGCGGGUUGGUGGACCCGCUCAGUACGGAGUUGGGGAAGCUCUUUCACUUCGGAGGAUUGCUCAACAACCAUGCUGGGCAUCUGGACCCUCCUACCUCUGGUUCUUACGUCUGUUGCUAGAUUAUCGUCCAAAAGUGUUAAUGCCCAAGUGACUGACAUCAACUCCAAGGGAUUGGAAUUGAGGAAGACUGUUACUACAGUUGAGACUCAGAACUUGGAAGGCCUGCAUCAUGAUGGCCAAUUCUGCCAUAAGCCCUGUCCUCCAGGUGAAAGGAAAGCUAGGGACUGCACAGUCAAUGGGGAUGAACCAGACUGCGUGCCCUGCCAAGAAGGGAAGGAGUACACAGACAAAGCCCAUUUUUCUUCCAAAUGCAGAAGAUGUAGAUUGUGUGAUGAAGGACAUGGCUUAGAAGUGGAAAUAAACUGCACCCGGACCCAGAAUACCAAGUGCAGAUGUAAACCAAACUUUUUUUGUAACUCUACUGUAUGUGAACACUGUGACCCUUGCACCAAAUGUGAACAUGGAAUCAUCAAGGAAUGCACACUCACCAGCAACACCAAGUGCAAAGAGGAAGGAUCCAGAUCUAACUUGGGGUGGCUUUGUCUUCUUCUUUUGCCAAUUCCACUAAUUGUUUGGGUGAAGAGAAAGGAAGUACAGAAAACAUGCAGAAAGCACAGAAAGGAAAACCAAGGUUCUCAUGAAUCUCCAACUUUAAAUCCUGAAACAGUGGCAAUAAAUUUAUCUGAUGUUGACUUGAGUAAAUAUAUCACCACUAUUGCUGGAGUCAUGACACUAAGUCAAGUUAAAGGCUUUGUUCGAAAGAAUGGUGUCAAUGAAGCCAAAAUAGAUGAGAUCAAGAAUGACAAUGUCCAAGACACAGCAGAACAGAAAGUUCAACUGCUUCGUAAUUGGCAUCAACUUCAUGGAAAGAAAGAAGCGUAUGACACAUUGAUUAAAGAUCUCAAAAAAGCCAAUCUUUGUACUCUUGCAGAGAAAAUUCAGACUAUCAUCCUCAAGGACAUUACUAGUGACUCAGAAAAUUCAAACUUCAGAAAUGAAAUCCAAAGCUUGGUCUAGAGUGAAAAACAACAAAUUCAGUUCUGAGUAUAUGCAAUUAGUGUUUGAAAAGAUUCUUAAUAGCUGGCUGUAAAUACUGCUUGGUUUUUUACUGGGUACAUUUUAUCAUUUAUUAGCGCUGAAGAGCCAACAUAUUUGUAGAUUUUUAAUAUCUCAUGAUUCUGCCUCCAAGGAUGUUUAAAAUCUAGUUGGGAAAACAAACUUCAUCAAGAGUAAAUGCAGUGGCAUGCUAAGUACCCAAAUAGGAGUGUAUGCAGAGGAUGAAAGAUUAAGAUUAUGCUCUGGCAUCUAACAUAUGAUUCUGUAGUAUGAAUGUAAUCAGUGUAUGUUAGUACAAAUGUCUAUCCACAGGCUAACCCCACUCUAUGAAUCAAUAGAAGAAGCUAUGACCUUUUGCUGAAAUAUCAGUUACUGAACAGGCAGGCCACUUUGCCUCUAAAUUACCUCUGAUAAUUCUAGAGAUUUUACCAUAUUUCUAAACUUUGUUUAUAACUCUGAGAAGAUCAUAUUUAUGUAAAGUAUAUGUAUUUGAGUGCAGAAUUUAAAUAAGGCUCUACCUCAAAGACCUUUGCACAGUUUAUUGGUGUCAUAUUAUACAAUAUUUCAAUUGUGAAUUCACAUAGAAAACAUUAAAUUAUAAUGUUUGACUAUUAUAUAUGUGUAUGCAUUUUACUGGCUCAAAACUACCUACUUCUUUCUCAGGCAUCAAAAGCAUUUUGAGCAGGAGAGUAUUACUAGAGCUUUGCCACCUCUCCAUUUUUGCCUUGGUGCUCAUCUUAAUGGCCUAAUGCACCCCCAAACAUGGAAAUAUCACCAAAAAAUACUUAAUAGUCCACCAAAAGGCAAGACUGCCCUUAGAAAUUCUAGCCUGGUUUGGAGAUACUAACUGCUCUCAGAGAAAGUAGCUUUGUGACAUGUCAUGAACCCAUGUUUGCAAUCAAAGAUGAUAAAAUAGAUUCUUAUUUUUCCCCCACCCCCGAAAAUGUUCAAUAAUGUCCCAUGUAAAACCUGCUACAAAUGGCAGCUUAUACAUAGCAAUGGUAAAAUCAUCAUCUGGAUUUAGGAAUUGCUCUUGUCAUACCCCCAAGUUUCUAAGAUUUAAGAUUCUCCUUACUACUAUCCUACGUUUAAAUAUCUUUGAAAGUUUGUAUUAAAUGUGAAUUUUAAGAAAUAAUAUUUAUAUUUCUGUAAAUGUAAACUGUGAAGAUAGUUAUAAACUGAAGCAGAUACCUGGAACCACCUAAAGAACUUCCAUUUAUGGAGGAUUUUUUUGCCCCUUGUGUUUGGAAUUAUAAAAUAUAGGUAAAAGUACGUAAUUAAAUAAUGUUUUUGGUAUUUCUGGUUUUCUCUUUUUUGGUAGGGGCUUGCUUUUUGGUUUUGUCUUCCUUUUCUCUAACUGAUGCUAAAUAUAACUUGUCUUUAAUGCUUCUUGGAUCCCUUAGAAGGUACUUCCUUUUUAACCUUAACCCUUUUAGUAGUUAAAUAAUUAUUUCCAUAGGUUGCUAUUGCCAAGAAGACCUCUUCCAAACAGCACAUGAUUAUUCGUCAAACAGUUUCGUAUUCCAGAUACUGGAAUGUGGAUAAGAAAGUAUACAUUUCAAGGGGUAGGUUUUAUUAUUAAGAAAGCCAAAUGAGGAUUUUGAAAUAUUCUUUCCUGCAUAUUAUCCAUUCUAGCUACAUGCUGGCCAGUGGGCCACCUUUCUUUUCUGCAAUUUAAUGCUAGUAAUAUAUUCUAUUUAACCCAUGAGUCCCAAAGUAUUAGCAUUUCAACAUGUAAGCAUGUCGGUAAGAUAGUUGUGCUUUGCUUAGGGUUCCCUCCUGUGUUAUGGUCUGGAAAGUGUCUUUAGGCAGAAAGUCUGAGUGAUCACAGGGUUCACUCAUUAAUUUCUCUUUUCUGAGCCAUCAUAGUCUGUGCUGUCUGCUCUCCAGUUUUCUAUUUCUAGACAGAAGUAGGGCAAGUUAGGUACUAGUUAUUCUUCAUGGCCAGAAGUGCAAGUUCUACUUUGCAAGACAAGAUUAAGUUAGAGAACACCCUAUUCCACUUUGGUGAACUCAGAGCAAGAACUUUGAGUUCCUUUGGGAGGAAGACAGUGGAGAAGUCUUUGUACUUGGUGAUGUGGUUUUUUUCCUCAUGGCUUCACCUAGUGGCCCCAAGCAUGACUUCUCCCAUGUCAAUGAGCACAGCCACAUUCCCGAGUUGAGGUGACCCCACGGUCCAGAAUCAUCCUCAUUCUGGUGAACCUGGUUCUCUUUGUGGUGGGCAUACUGGGUAGGAGAAUCACCCAAAGGUCACCCAUGAGCUGCAGAAAAAAAGGCUAUUUGCAGAAGGAGCUCACAGAUCACAUUGAAAGCAUUGCAUAUUCAAACAUCUUGGUCUUCUUUAUUGGCAUGCCCACAGGGUCUUCUGACCUCUGAUUAGAUCAGACACUUUUUAGAUAUUGAAUCAUCAGUUUCUGUACAACUAUCUGAAUAAGGUAUAUAAUCAAUGAAAUUUAGAAUUUUUUUCUAUGCUUACUCCUGAUUGGUAAUUUGUUUGGGUUUAGAAUUCUAUACAAGGCCAUUUGUAAUUUUCCUCAGCACUUUAAAAAUAUUAAACCAUGUUUUCUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-923.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -998.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 917.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((..(((((((((((((((((((((.((.((((((.((..((((((.....)))))))).))))))..)).))))))))(((((((...((((.(((((((((..(((((((((.(((..(((...((((....((((......((((((..((((..((((.(((((....))))).))))....((((((....)))))).....)))).))))))..((((...........))))..((((((..((((((.((((((((((.(........).)).))....((((((((((((((...........(((.(((((((.((......)).))).)))).)))......))))))..(((((........)))))....)))))))).....)))))).))))))...)))))).......))))..))))....)))....))))))))))))))))).......((((((.......(((..((((....((((..(((((........((((........)))))))))....)))).))))..)))........)))))))))).))))))))))).......))).((((................))))..))))))))))...)))).))))))...........((((((((((.((.(((((.(((((((((.....((((((....))))))...........(((...((.(((((..(((.(((((.((.(........).))))))).)))..))))).))...))).(((((((((((((((........))))).((((....)))))))))).)))).((((..(((((.((((((((((.((...(((.((((.((..((((((((.....))))...))))..))..)))))))....(((((((......((((((((((((((....((((...)))).............((((((((....))))))))(((((((((...((((((((....((((..(((..((((.((...........((((....))))........)).))))...((((((((((................(((((.((((.(((((..((((........))))..))))).)))).))))).....))))))))))((((((........(((((((...(.(((((..(((((.......((((((((.(((((((...((.......))...))))))).))))))))))))).........))))).)...)))))))(((......)))...))))))...)))..)))).....))))))))..(((((...(((((((.(((.(((........))).))).)))))))...)))))..(((((....)))))...((((......)))).........(((((......)))))...(((...........)))(((.((((((.........((((((......))))))...........)))))).)))..((((((((((((((((((((((((..(((......((((((....(((.((.((((((...)))))).)).)))(((((..........((((.(((.......))))))))))))......((((((..(((((....)))))......((((....))))....((((((((.....))))))))((((((((..(((..(((.......)))((((......(((.........(((((..((.((((((...))))))))..)))))......)))......))))....(((((.((((....(((((..................)))))..)))).)))))..............)))..))))))))))))))..((((....))))))))))......)))..))))))))))).....(((((.((...)).)))))....(.(((((....(((((.(((.((((....)))).)))..(((((((....)))))))..................)))))...))))).)(((((.((.((((((....)))))).)).)))))....))))))))))).)).))))))))).(((.....)))))))))))......)))))).........(((((((((..(((.(((((((((((((..((((((((..((((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))).....)))))))))).))))))))....)))))...((.(((((((.(((((...........((((((....))))))...((((((((...(((((((.........)))))))))))))))................))))).)))))))))((((.((((...(((((...((((((((((.((((...((((((((((((((((((((...........(((((((((((.....((((((((.......((((((.....))))))......(((((.....(((((((....)))))))......)))))......))))))))...........((((((((((((.....))))......((((((((((((...))))))))))))...((((.......)))).(((((((((...((((((((((((((....(((((((....(((...)))..)))).)))....(((((((((((.....)))))..))))))....)))))).....(((......)))))))))))...)))))..(((((.((((...((((((((.((((((((.(((((....))))).))...))).)))))))))))))))))))))))).(((((..((((((.((((((.(((....)))(((((...(((((((((....)).)))))))....))))))))))).)).)))))))))..))))))))(((.....)))...(((((((((....)))))))))(((((.((((.(((.((..((((........))))..)).))))))).))))))))))))).))))))))))))).........(((....((.((((((((((......)))))))))))).)))))))))))))(.(((((((((..(((....(((.((..(((......((....))....)))..)).)))....))).))))))))))...)))).))))).)))).)....)))))..)))).))))(((.((((((((((.......)))))))...))))))...........))))).))).)))..)))))))))(((....)))...)))))))(((((((...........))))))).....(((..((........))..)))..............)))))))))))).)))))))))(((((..(((((((....)))).)))......(((((.......((((.(((((....))))).))))........)))))....)))))....................))))))))).))))).))((.....))(((..((((.(((...(((((....((((((....)))))))))))))).))))..)))............))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((..(((((((((((((((((((((.((.((((((.((..((((((.....)))))))).))))))..)).))))))))(((((((...((((.((((((((,.,(((((((({,(((.,{{{...((((....((((......((((((..((((,.((((.(((((....))))).)))),...((((((....)))))).....)))).))))))..((((...........))))..((((((..((((((.(((((((({(,(........,,)).}),..,(((((((({(((((...........(((.(((((((.((......)).))).)))).))).,....)))))}..(((((........)))))....)))))))),....)))))).))))))...)))))).......))))..))))....)}}..,.))))))))))))))))}.......,(((({.,,....(((..((((....((((..(((((..,,...,({{,..,,,...,},,)))))...,)))}.))))..)))......,})))))))))).))))))))))).......}))}((((................))))..))))))))))...}))).))))))...........((((((((((..,.,{{{,.{(,,{((((,,,,.((((((....)))))).....,,,,..{{(,,...,(((({.,{((,({,,,.,({(,,,,,,{{|.|||||,,.,,,..,,,||,||,,|||},||{((((((({((((........))))}.((((....))))))))))},})).{|||.,||||,,((((((,,,{{(,.{{((({((((.{{..((((((((.....))))..}))))..}}..))))|||...,{((,{,,......,}}||,{{|||{,|}}}}|||}...))))}}}....,,,,..((((((((....))))))))...,,{{{{...,,,{((||..}}|||||.,||{||{{{{{({,...,,,...{(((,,..}}}}..{{{,...}))),,,.{{{({{,..........}))}.}))))|((((.((((.(((((..((((........))))..))))).)))).))))},,}}))}})))},))}|||,|,,,.....|||||||.,}||||,.,,,|{{((.......((((((((.(((((((...(,.......,,...))))))).))))))))}}|}}..{{{{{{{,||,{{{{.{{{{{{,.(({{{{(((((({{{,,||{{...,,}|,||||{{{{{|||}||||..{{,,,...||||{||}}||}||{...,,,..}}},}||,|||||||,,,|,,||{{(({,,{{{{{{,,...,({,,....,.,}))}}}}..,.,(((((......))))).,.,{{..,{{{{{{{.{{{((,.{{{(((.........(((((({....,))))))...........)))))}.}||,{((((((((((((((((((((((((..(((......((((((....(((.{{.{{((({...}))))).}},)}}((((((,.........(((.{{{.,,,...}})}})))))))......((((((..,{{{,...,|||,,..,.,,|{|{....}}}}..},((((((((.....))))))))((((((((..{(({{{,,.......,,,((((..,,,.((...,,.....(((((..((.((((({...})))))))..)))))......}})}}.},,))))....(((((.((((....(((((..........},......)))))..)))).)))))..............))}..))))))))}}}}}}..((({....})))))))))......)))..)))))))))))},.,,(({((,{{.,,)}.))))).,.,{.(((((....(((((.(((.((((....)))).)))..{((((({....}))))}|,,..........},,...)))))...))))).,(((((.((.((((((....)))))).)).))))).,..}))))))))))....}}}})}|||{((({{{.....,}},,,,,.....}))))))},,......(((((((((..(((.(((((((((((((..(((((((,..((((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))).....)))))))))).})))))))..,.)))))...((.(((((((.(((((.....,{{((,((((((....)))))).}}}||(((((...(((((((.........))))))))))))}},................))))}.)))))))}}((((.((((...(({((...{(((((((((.((({...(((((((((,((((((((((.,,........,,,((((((({....,({{({,((,...,,.{(((((.....}}}}}},,,...{{({{.....(((((((....))))))).....,))))},...,({{.,(((((({{.{((((.((((((((,(({...,,}},,......{(({{(((((((...))))))))}))}..,((((,......}}}}.(((((({(({{,{.,{,,,,,{|||}||..{{(((((....{{|...,}}..)))).)}}....,((((,(((((.....)))))..,)))))}}.,))),,,...,,(({......})),||||,,,...,,},,..{((((.((((...{(((((({,((((((((.(((((....))))).}}..,))).)))))))))))))))))))),,,,..}))))}.,,||.})))}}}.)))))).)))|((((...((((((({(....}).)))))))....))))}..|{((((.(((({.||{{.{{(((((..{(((({,....,..{((({{{{|,,,.)))})})))))||}...))))).}}|,}}.....}))))))))),,(((({,...,.))))))))))))),))})))))))))}...,.....{{,....||.((((((((((......))))))))))}}..})))))))))))|.(((((((((..(((.{{,(({.(({.(({......||.,}}|||..|}}}..))}))),,,,))).))))))))),...}))).))))).)))).)...,)})))..)))).)))){((.(({(((((((,,.....}})}})),,.}))))).,,,..,,,.,))))).))).)))..))))))))),,,.,,})))},.}},}|||(({({{{...........)))))}}..|,|||||,.{{,,.,,,||||..}},,,,),},}}}}...}))))))}))),)}},)))))}))}},}}.(((((....))))}{((({...}}}}}|...,.,,((((.(((({....})))}.})))......|||||}}...}))),......,.........{{{{{.....))))})))))}))).))}}{||{..|||||,|{({,,.,,,..}}}},|||||,}},})))),.,}))))}}})}..|||,,.....,,,,..))))))))))...
Back