Basic Information

Symbol
ALKBH2
RNA class
mRNA
Alias
AlkB Homolog 2, Alpha-Ketoglutarate Dependent Dioxygenase ABH2 Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase AlkB Homolog 2 Alkylated DNA Repair Protein AlkB Homolog 2 DNA Oxidative Demethylase ALKBH2 MGC90512 Oxy DC1 AlkB, Alkylation Repair Homolog 2 (E. Coli) AlkB, Alkylation Repair Homolog 2 2OG-Fe(II) Oxy DC1 EC 1.14.11.33
Location (GRCh38)
12:109088188-109098462
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001145374.2
Sequence length
1180.0 nt
GC content
0.5305

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-416.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -437.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 244.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001655.3 NCBI
GUCUUUCCCACCACGAGGCCACCAGGGUGACUGCGGGAUUCCGAUCUGC… 1030 nt 0.5437
NM_001145374.2 NCBI
GUCUUUCCCACCACGAGGCCACCAGGGUGACUGCGGGAUUCCGAUCUGC… 1180 nt 0.5305
NM_001145375.2 NCBI
GUCUUUCCCACCACGAGGCCACCAGGGUGACUGCGGGAUUCCGAUCUGC… 927 nt 0.5491
NM_001205179.2 NCBI
GUCUUUCCCACCACGAGGCCACCAGGGUGACUGCGGGAUUCCGAUCUGC… 878 nt 0.5251
NM_001205180.2 NCBI
GUCUUUCCCACCACGAGGCCACCAGGGUGACUGCGGGAUUCCGAUCUGC… 831 nt 0.5367
Summary

The Escherichia coli AlkB protein protects against the cytotoxicity of methylating agents by repair of the specific DNA lesions generated in single-stranded DNA. ALKBH2 and ALKBH3 (MIM 610603) are E. coli AlkB homologs that catalyze the removal of 1-methyladenine and 3-methylcytosine (Duncan et al., 2002 [PubMed 12486230]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in humans analyzing leukocyte gene expression profiles from severe burn patients identified the ALKBH2 as a top SIG (sustained increasing gene) with sustained increased expression from the healthy state through the late recovery phase (>400 hours post-injury), classifying it as a biomarker for burn recovery [Xu et al. DOI:10.1159/000493451].