Basic Information

Symbol
AMFR
RNA class
mRNA
Alias
Autocrine Motility Factor Receptor RNF45 Gp78 E3 Ubiquitin-Protein Ligase AMFR RING Finger Protein 45 RING-Type E3 Ubiquitin Transferase AMFR AMF Receptor EC 2.3.2.36 SPG89
Location (GRCh38)
16:56361449-56425545
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001144.6
Sequence length
3607.0 nt
GC content
0.5229

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1327.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1392.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 758.01
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001144.6 NCBI
GCCCAGGCUCUUCCGCGCCGGCAGGGGCAGCAGCGGGAGCAGCGCGGGG… 3607 nt 0.5229
NM_001323511.2 NCBI
GCCCCUCCGCCAGGGACCCCCGAGGGCGAGCGCCUGGGGGGCGCGGCCU… 3213 nt 0.4902
NM_001323512.2 NCBI
GCCCAGGCUCUUCCGCGCCGGCAGGGGCAGCAGCGGGAGCAGCGCGGGG… 3703 nt 0.5239
Summary

This locus encodes a glycosylated transmembrane receptor. Its ligand, autocrine motility factor, is a tumor motility-stimulating protein secreted by tumor cells. The encoded receptor is also a member of the E3 ubiquitin ligase family of proteins. It catalyzes ubiquitination and endoplasmic reticulum-associated degradation of specific proteins. [provided by RefSeq, Feb 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the AMFR in microglia, where it is involved in the protein processing of endoplasmic reticulum pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].