Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323511.2
Sequence Length
3213 nt
GC Content
0.4902
GCCCCUCCGCCAGGGACCCCCGAGGGCGAGCGCCUGGGGGGCGCGGCCUUGCUCGCGGGAGCGCUGCUGAGGGAGAGUGGUUCUAGUAAAUACCGCUUGCUGUGUUUUGAUGUUGGUGGCUAAGCUCAUCCAGUGUAUUGUGUUUGGCCCUCUUCGAGUGAGUGAGAGACAGCAUCUCAAAGACAAAUUUUGGAAUUUUAUUUUCUACAAGUUCAUUUUCAUCUUUGGUGUGCUGAAUGUCCAGACAGUGGAAGAGGUGGUCAUGUGGUGCCUCUGGUUUGCCGGACUUGUCUUUCUGCACCUGAUGGUUCAGCUCUGCAAGGAUCGAUUUGAAUAUCUUUCCUUCUCGCCCACCACGCCGAUGAGCAGCCACGGUCGAGUCCUGUCCCUGUUGGUUGCCAUGCUGCUUUCCUGCUGUGGACUGGCGGCCGUCUGCUCCAUCACCGGCUACACCCACGGAAUGCACACCUUGGCUUUCAUGGCUGCAGAGUCUCUUCUUGUGACAGUGAGGACUGCUCAUGUGAUUUUACGAUACGUAAUUCACCUCUGGGACCUCAACCACGAAGGGACGUGGGAAGGAAAGGGGACGUAUGUCUAUUACACAGACUUUGUCAUGGAGCUCACUCUCCUGUCCCUGGACCUCAUGCACCAUAUUCACAUGUUGUUAUUUGGCAACAUCUGGUUAUCCAUGGCCAGCCUGGUCAUCUUUAUGCAGCUGCGUUACCUGUUUCAUGAGGUGCAACGUCGAAUUCGUCGGCACAAGAACUAUCUACGUGUGGUUGGAAACAUGGAGGCCAGGUUUGCAGUUGCAACUCCAGAGGAGCUGGCUGUCAACAAUGACGACUGUGCCAUCUGUUGGGACUCCAUGCAGGCUGCGCGGAAACUGCCCUGUGGACAUCUUUUCCACAACUCCUGUCUUCGUUCCUGGCUAGAACAAGACACCUCCUGUCCAACAUGCAGAAUGUCUCUUAAUAUUGCCGACAAUAAUCGUGUCAGGGAAGAACAUCAAGGAGAGAACUUGGAUGAGAAUUUGGUUCCUGUAGCAGCAGCCGAAGGGAGACCUCGCUUAAACCAACACAAUCACUUCUUCCAUUUCGAUGGGUCUCGGAUUGCGAGCUGGCUGCCGAGUUUUUCGGUUGAAGUGAUGCACACCACCAACAUUCUUGGCAUUACGCAGGCCAGCAACUCCCAGCUCAAUGCAAUGGCUCAUCAGAUUCAAGAGAUGUUUCCCCAGGUUCCAUACCAUCUGGUACUGCAGGACCUCCAGCUGACACGCUCAGUUGAAAUAACAACAGACAAUAUUUUAGAAGGACGGAUUCAAGUACCUUUUCCUACACAGCGGUCAGAUAGCAUCAGACCUGCAUUGAACAGUCCUGUGGAAAGGCCAAGCAGUGACCAGGAAGAGGGAGAAACUUCUGCUCAGACCGAGCGUGUGCCACUGGACCUCAGUCCUCGCCUGGAGGAGACGCUGGACUUCGGCGAGGUGGAAGUGGAGCCCAGUGAGGUGGAAGACUUCGAGGCUCGUGGGAGCCGCUUCUCCAAGUCUGCUGAUGAGAGACAGCGCAUGCUGGUGCAGCGUAAGGACGAACUCCUCCAGCAAGCUCGCAAACGUUUCUUGAACAAAAGUUCUGAAGAUGAUGCGGCCUCAGAGAGCUUCCUCCCCUCGGAAGGUGCGUCCUCUGACCCCGUGACCCUGCGUCGAAGGAUGCUGGCUGCCGCCGCGGAACGGAGGCUUCAGAAGCAGCAGACCUCCUAGCGCUCCCUUGCCUUCCUCAGCUGCCUCCUGCGCCCUGUGCCCGACUGACUGGAGGAGGCCUGUCCCAAUUCUGCCCGCUCCAUGGAAAAGCGGGCUUGACUGCAUUGCCGCUGUAUAAAGCAUGUGGUCUUAUAGUGUUUGGACAGCUGAUAAAUUUAAUCCUUCUUUGUAAUACUUUCUAUGUGACAUUUCUCUUCCCCUUAGAAACACUGCAAAUUUUAACUGUAGGUAUGAUCUCUUCUGGUGUUGACUGGACUGCUUGGGGUGGGGGACGAUCAGGAGGAAGUGAGCAGUCGCCUGCCUGCAGCAGGCAGCUUCUACUCCUGCCUCAUGCGUACGUCCCACAAAUGCAGGUGUCCUGAGCACCACACCCAGUGGGAAGAGUGUGGGGGAGGCGCACAGUGUGAGCCCGCCCCCACGUCGUGGGGUAACAUCUGUUAUCAAACUGCUGUCGUUGUUGUGGAAGCAUGUAGACUGUGCCAGAGGCCAGACCCACGGGCUCAUGCACCCCUGAGCCAGCAGGGCAUCUUGGAAAAGGAACUCUUGGUUCGAUACCUGGAGCAGAGGAGGGGAAAGUCCAGGGCUAUAGGGUGUGAUGAAGUCACCCCUUUCUGUCCCACUACAUCUGGGACUGACUUUCCGAGCCUCCAGUCCAAAGCCGGCUUGAUUUCCGUGAACUCUGGUGCUCCUGCAUCUCAUGAGUGUGCCCCAUGGGUCCCCUCCCCUCUCAGCAUUUCCUUGUCCCGUCUGGACCUGGGGAGUGGUUAGGCAGCAAGCUUUGGUUUAUGGUUUUCAUUCAUUGGUGAAGUAAAUUAGGCAGUGCUAAAGCCUGUGGGUUUGGUCCUUGAACAAGAUGUGGGCCUUGCAAGAUGGGAGAGUAAACCUUGAAGGGCUUUAUUAAAGAAAUAAAAAAGAACUUUUGUAUCUUUUAUCCUGGGAGCACUGCGUUUUCCUAGCUGUGUUAUUCCUGGUUUAAUUCAGCAGAGAAGGUAAGGUGUGAACCUACCUGCCUUGGAGAGGGCCCAGGUCCCAAAUCUCUUCAAAUUCUUCACAUGUUUAACUUUAAGGAUUUGAACCAUGAAGUCAUAGGUUACAGACCUCAGUUUUAUGCCCCAUUGGAUUACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACUCUUUGAAAGCUUUGUUUUGUGGUAGUCCUUUUGGGAAGAAUCCAGUAUUAUCCACAAUUAUUGGCAAAGUUUAAAUGUAUUUUACAUAACGGAAAGUUUUUAGAAUGUUGAAAAGUAAUUGAAAAAGGUGAUAGGUAAAUUUUUAGGCAAAGAUAAUUUAUUUCAAUAAAUCUUUCAAAAGCCUUACCUUGAAAUGCUGUUAGUAAAUUUCUGUGAUUUUUUUUUUUAAUUUGUUUUGCUGAGAGCAUAGCUAUUUGUUUUUAUUGUAAAACAAUAAUAAUAAUAAAAAGCAAACUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1101.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1159.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 978.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((.(((((.(((.......))).))))).(((....))).((((((((.((.((((((((((((((((..........))))))...(((.(((.(((((((..((((((((.((..........)).))))))))((((((......).))))).)))))))..))).)))((((((((((.......))))).)))))((((((((((((......((((((.((((((..(((((((((((((((..((((((.(((((((.(((((((.(((((....(((.(((....))).)))....)))))..))).........((((((((((((((.......((((((((((((..(((((((...((.(((((.((.((..((......))...)).)).).)))).)))))))))))))).))))...)))..((.(((.((((.((........)))))).))).))....((((((((..(((....(((((....((((.((((..(((((...))))).))))...)))).)))))..))))))))))))))))))))))))).((((...((((.......))))..))))..((((....)))).((((.(((((.((((.(((((((((.(((.((((((((....)))))))).))).)))..(((((((...)))))))..(((((.(((..........))).)))))))))))..(((((.....)))))...(((....))).(((((........))))))))))))))...))))..))))..)))))))((.(((((((((....))))).....)))).))((.(((.((((.....((((((((((...))))..((((((.......)))))).(((((...(((.((((((((..((...(((((....((((.......))))..))))).....(((((....))))).))..)))))))).))).....))))).(((((..(((....))).)))))........))))))....)))).))).))....))).)))..)))))))))))))))..((((((((....((((((((((((.....(((((.((.((((...(((((((.((.............)))))))))...)))))).))))))))))))...))))))))))))).............((((((((((((............((.((((.(((...(((((...((((((((.((((......)))).................((((((........(((((((((.(((...((((.(((...))).))))(((.(((..(..(((...)))..)..)))))))))...)))))))))........)))).)).....))))))))....))))))))))))))..)))))).)))))).))))))))))))))))))))))))(((((...((((((.....)))))).)))))..((((((.(((.......((((((((..(((((((.((((.((((((.(.(((((....)))..)).).)))))).))..))....))))))).........(((((((......((((..((((((.((..(((((....)).))).))...))))))..))))...((.(((((....))))).))..(((.(((.....))).)))))))))).)))))))).....)))))))))....)))))))))).))))))))))))))).))..........))))).)))((((((.(((.(((((((((.........)))))))..((((((((....(((......)))))))))))....)).))).))))))............(((..(((((.((((((((((.....(((((((((((((((((.....((.(((((.........)))))))...........(((((((....((((.(((((.(.((.((((((((((.((((.((.(((.((..((.((((((...))))))))..)).))))).)))).)).)).)))))).))..).)))))))))..))))))).....)).)))))))).(((((((.(((.(((...))).)))..)))))))...((..((((((....))))))..)).(((.(((((((.((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((...(((((((((......)))))..((((.....)))).((((.(((.....))).)))).((.((((((((...(((((((((((((((.(((((...))))))))).((.((((((.......)))))).)).....((((((..(........)..)))))).....(((((.....(((((....)))))))))).))).))))..)))))))))))).))((.(.((((((((.((((.....))))..)))))))).).)).......((((.(((((((....((((((....))))))))))))))))).))))...))))))))))))))).))))........((((((...(((..(((.(((((((.....((((((((.......(((((.((((((......)))))).))))).....(((((.(...((.((((((..((((.((((.........)))).))))....((((((.((((......)))))))))))))))).))...).)))))...))))))))))))))).((((...((((...(((.(((((((((((....))).)))).))))))).)))).)))).((((..((((((((...........(((((.....................)))))...........))))))))...))))....)))..)))...)))))).....))))).)))))).)))).)))))))))))))..))).....)))))))).))))).))))..))))).)))(((((.......((((((((((...((((....)))))))))).....)))))))))....(((((.((((((((......(((.........)))......)))))))).))))).(((.((((((.(((((((......))))))).)))))).)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((({(((,(.(((((.(((((....|))).)))))|{|{||,..|}.((((((((.((.((((((((((((((((..........)))))},{{{({{((({({{({(((((((,,(((,(({{{{(((.(((((({||((,{((((((.(.((..{(,|(..((((((.{((((((.,{{,,,{{(((,,,....,,,}}.)))))|,,,||..))))))}.))))))..,.)}})..)).).))))))|{((({(((((((((....(((({..,(({({{(({,{,{(({(,((({.,,,})))...})))})}},,|,,.......,(((((((((((((.......((((((((((((..(((((((...((.(((((.((.((..((......))...)).)).).)))).))))))))))))))},)))..,)))..((.(((.{(((.((.,....,}))}))).))).))....((((((((..(((....(((((.,,.({{{.((((..(((((...))))).))))...}))).)))))..)))))))))))))))))))))))){{((((...((((.......}})}..,))}..((((......)))).)))),,)))))..,.))))))||,,{{.((((((({....}))))))).}||.,,..}}})))}{((..((((.((({{.,((,((((((..((((,,,,,,,,}}||||.{((.((,.,,,|{{{|||,{(((((..({{.,(({{,||{{{,..||,|||{{.,|||,.}||||||||}.{(((,.,||}|,,|}}{((((....))))}.((((((..((((((((....))).)))))..)))))).,,}})))}|{((({.......))))),.,,,,((({((,{(((,,,,,..||}}}|||||}}}}||||}}}}}}}))))}.,)).)}}}...,,||}}}})}}},.))}}))||||||.|||{{{{{||},,....}})}))}),,..}||,,||}|||..})))},)),,))))).))))..)),....))))))))))))))....,,,,{((((((((((.(((((((((((((((.....(((((.,{.((((...(((((((.{,.............}))))))))...)))),}.))))))))))))...)))))(((((((({..(((((({{(((((({{{{((((....,,{{,,,,)),|{{(.{((,,,(((((,{((({((({{.{{({..,,,.|}||.............,,,{({(,{,.....,,.|{{{(((((.{,..((((((.({(...|}}.))}},||.,||....{{(({{{||...},})..})})}),}.)))}|||||......,,)))||||.....))))))))...,)})}}}}}}}))||,.||||||{||||,|{{{{,,}}})))))}||,{(((((((..((((.((((.(.{{....)))..}.)))}))))..))))))}}}}..((((,((,...|||}}|.{(((.((({|{,|}|||||....|,,..}}})}))))},.}}.,||},,})))))},((((....)))),}})..))})),))}}((((((.((..(((((....)),})).)},}.))))))..))),}}}}}.,,|||}}}}))))}.))}}}}})}}}}}},|}||,||||,|,|,.,||}|}},},,,,.}|}{|......)))))))))))).))))))))))}})}).))}},.,,,.,,))))).))){(((((.(((.({(((((((.........)))))))..((((((({.,..{{{......)))))))))))....)).))).)))))}..{,........,{{{{{{{{{,{,,(((((({,....{{{{{{{(((((((({{..,..{{.(((((.........))))))}..,......,}{((((((....((((.(((((.(.((,((((((((((.((((.((.(((.((..({{((((((...))))))))..)).))))).)))).)).)).)))))).),..}.))))))))),.))))))).....)).)))))))),(((((((.(((.(((...))).)))..)))))))|,.((..((((((....))))))..)}.||{,{({{{{||{{{{{||||{.{{{{((.{{{{{{,(((((((((((((((((...(((((((((.,,,..}}}))..{(((....,)))}.(({|.|||,,...}}}.}|||.{(.((((((((...((((((((.,,((((.(((((...))))))))).((.((((((.......)))))).)).....((((((..{........}..)))))).....(((((.....(((((....)))))))))),}},.))))..)))))))))))).)}||,{.((((((((.((((.....))))..)))))))).}.}}|......(({{{(((((((....(((((,....})))))))))))))))).))))...)))))))))))))))})))),,,,.,|||||{{|}}}||||||{||||||{{{|.,{,{,||||||.|||,|,{{(((.({((((,,,...}))})).))))}.,..,(((((,(,,.((.{{{{{{..((((.{{{{..|...}..)))}.)))),|,{{(((({{(((,...}}})))))}}))}}|||||{||...}})))},..,}}}|{(((((((({....,,,...|,...})))))))))|.(((({{{.|.,{||||...)))))..)))})))),{{{,..||((((((,,,,,,...,.{{{{{,.....,,,.....,,,.,,,|}|||{,,,{{,{{{{||||||,|...||||.....})}}).},,,.)))))}....})))),)))))}.||||.}}})))))}}))),.)))....,)))}}}}))))))}},,,)))))))),)}}(((((,......{(((((((({..{(({{....))}})))))).....)))))))))....(((((.((((((((......{((.........)}}......)))))))).))))).(((.((((((.(((((((......))))))).)))))).)))...,}},.
Back