Basic Information

Symbol
AMY2A
RNA class
mRNA
Alias
Amylase Alpha 2A 1,4-Alpha-D-Glucan Glucanohydrolase Amylase Alpha 2A (Pancreatic) Pancreatic Alpha-Amylase EC 3.2.1.1 AMY2 PA Amylase, Alpha 2A; Pancreatic Pancreatic Amylase Alpha 2A Glycogenase
Location (GRCh38)
1:103617427-103625780
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000699.4
Sequence length
1584.0 nt
GC content
0.4104

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-439.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -472.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 273.02
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((........)))))))..(((((((..........(((((((((....)))))))))...(((((..........(((...((((((((.((.(((((((((((...((((...(((((((((((((((........)))))))).)))))))...(((((((((((....)))))))))))(((((((.(((((..((((.......))))..)))))....)))))))......((((.((((((((.((.((.((((((((....((((....(((((.((((((((...(((((.((.((.....)).)).))))).)))))))).)))))..))))(((((((((...((((.((((....))))))))(((((((((.((((.((.(((((.((((((((((((.......)))))...)))))))))(.((((((((.......)))))))).)..((((((((..((((...((.((.((....)).)).))...))))....))))).)))(((((((........)))))))))))).)))).))))))))).......))))))).))..((((((((((((.....((((.....((((.....(((..(((((...(((((((....))).))))...)))))..))).....))))))))..)))))))))))).....)))))))).))...))))))))))(((.....))).....((((.(((.(((((....))))).)))...)))))))).)))).....))))))...((((((.((((((((((((((..((..((......))..))....))))))).)).)))))...)))))).))))).)).))))))))..))).......)))))((((((((((....))).))))))))))))))...(((((...((((....))))))))).....((((((((((((((((.(.(((((.((((((........))))))..))))).)....(((((.((((.(((...((((((...((((....)))).....))))))..))).)))).)))))((((((..(((((.....((.(...).))......)))))..)).)))).(((........)))(((((((.....)))))))......(((..((((((((((((.((((((((((((..(((...)))..))).)).............)))))))..)))))).))))))..))))))))))(((((((.((((.......(((((.((((..((((((.((((.((((((....(((((((.((((((((...)))))))).(((((((....................))))))).)))).))).((((...)))).(((((((...((((((.(((((((((.(.........).)))))..))))..))))))...)))))))..(((.((......)).)))..)))).)).)))).)))))).))))..))))).......)))).)))))))(((((....))))).))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((........))))))}...,,(((({,,,,,,...(((((((((....)))))))))..,(((((..........{((...((((((((.((.((((((((((({(.((((...(((((((((((((((........))))))))))}))),)}..(((((((((((....))))))))))|((((((,.(((((..((((.......))))..)))))....}))))))......,{{{{((((((({,{{.{{.((((((((....{(((,...(((((.((((((({...(((((.((.((.....)).)).))))).}))))))).))))).,}|||(((((((((..,((((.((((....))))))))(((((((((.((((.((.(((,{{((((((((((((.....,.)))))),.}))))))))|,{(((((((.......)))))))}....((((((((.,((((...((.((.((....)).)).))...)))).,..))))).)))(((((((........)))))))))))).)))).))))))))).......))))))).))||{(((((((((((.....,,{({{{(.,,,{,,,,.,..,}|}|||,,|||}}}}|..,,|,{((,{{{{{,||,|..,,})).))))).)))...)))))))))))),....)))))))).}}...}}))))))))|{{,,.,.)},.....{(({.(((.(((((....))))).)))...))))))}}.)))).)),.}}))))...(((((({((((((((((((((..,,..,,,,.....},,},....))))))).)},)))))}}.)))))).))))).)).))))))))..))).......)))))|(((((({({....,),.)))))))))})))),,.(((((...((((....))))))))).,...((((((((((((((((.{.(((((.((((((........))))))..))))).}....{((((.((((.(((...((((((...((((....)))).....))))))..))).}))).))))}(((({(..(((((,,...,{.|,,.).,}.,,...}))))..))})))).(((........)))(((((((.....)))))))......(((..((((((((((((.(((((((({(((,.{{,...,||..)}),}}......,,..,..)))))))..)))))).))))))..))))))))))(((((((.((((..,....(((((.((((..((((((.(((({(.((((....(((((((.((((((((...)))))))).(((((((,,.............,}...))))))).)))).))).((({...}))).(((((((.,.((((((.((,((((((.(.........).)))))}..)))..))))))},.)))))))..{{{.{{......,}.}}}..)))).))})))}.)))))).))))..))))).......)))).))))))){((({....})))}.))))))))).........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000699.4 NCBI
AACUUCAAAGCAAAAUGAAGUUCUUUCUGUUGCUUUUCACCAUUGGGUU… 1584 nt 0.4104
Summary

This gene encodes a member of the alpha-amylase family of proteins. Amylases are secreted proteins that hydrolyze 1,4-alpha-glucoside bonds in oligosaccharides and polysaccharides, catalyzing the first step in digestion of dietary starch and glycogen. This gene and several family members are present in a gene cluster on chromosome 1. This gene encodes an amylase isoenzyme produced by the pancreas. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in human postmortem tissues from a cancer research autopsy program demonstrated that the AMY2A transcript is overrepresented in normal pancreatic tissues and can be used to discriminate gene expression signatures between normal and cancer samples via RNA sequencing, even in samples with low RNA integrity [Fan et al. DOI:10.18632/oncotarget.11836]. Furthermore, a multi-omics review of human biological age estimation identified the AMY2A protein as having higher abundance in the age-dependent urine proteome of healthy men [Solovev et al. DOI:10.1016/j.mad.2019.111192].