Basic Information

Symbol
APLP2
RNA class
mRNA
Alias
Amyloid Beta Precursor Like Protein 2 APPH Amyloid Beta (A4) Precursor-Like Protein 2 APPL2 Sperm Membrane Protein YWK-II CDEI Box-Binding Protein APLP-2 CDEBP Amyloid Precursor Protein Homolog HSD-2 Testicular Tissue Protein Li 23 Amyloid Protein Homolog Amyloid-Like Protein 2
Location (GRCh38)
11:130068147-130144811
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001142276.2
Sequence length
3697.0 nt
GC content
0.4901

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1209.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1275.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((..(.((.....)).)..)).((((((((.(((....)))))))))))...))))))))).))).....((((((....)).))))..((((((((((...((((((....))))))..))))).)))))((((..(((((((......)))))))...)))).))))(((((((..((((((((..((......))..)))..))))).)))))))....(((((....)))))(((((((((((((((.((((.(((((((((((((.(..(((...((((......))))..)))((((((.((((.........)))).))))))((((((((.((.(((......))).))(((....(((((....)))))...))).((((....))))))))))))...((((.((.((.((((((....((..((((((..((((((((..((((.......))))..)).)))))).)))))).))..)))))).)).)).)))).....).)))))))...((((..(((((((((...((((((.((...........)).)))))).(((((....(((((((.((((...))))..))).)))).....)))))..))).))))))...))))(((((((.((((.(((((........)))).).))))......((((.(((((....))))).)))).((((..((((((((((((((.(((.(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......(((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.(..(((..(((((....(((((.((((..((((.(((((..(((((((((........)).)))))))....)))))........((((....(((((.....((((.((((....((..((....)).))...))))...)))).....)))))...)))).(((.....))).((((((((((....((.(((((....))))).)).)))))).))))..))))..))))(((...))).....(((.(((((((((((((((.(.(((((...(..((((..((....))..))))..)....)))))).))))))))))))))))))..)))))....)))))......)))..).))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(((((....))..))))))))))))))))))))(((((((((((((((...((((..((((((((((.(((.(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...))))))))...((((((.....(((.((((((((......((((((...))))))(((.(((...)))..))).....)))))))))))..))))))....((((((((((...........((((............(((((((((..(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).((((......(..(((((....(((((........))))).(((...((((((((...))).)))))....)))..)))))..)......)))).(((((....)))))))))..))).))))))))))....)))))))....((((((..(((((........)))).)..))))))((((.((((((.(((((((((((((..(((.(((((..(((((((((......))).)...)))))...))))).))).)))).)).))))((.((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....)))).....(.((((((..((((.((((.((((.(..(((((..((((((..(((((((((..((((....))))((.((((((.(((......))))))))).)).)))))))))......))))))(((.((((((((...)))))))).)))......((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((........((.........))..........(((((((..(((..(((.(.....).)))))))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).((..((((((.((...)).))))))..))....)))))..))))).)((.((((.(((......))).)))).))....(((((((...((((.((((....((((.....(((...(((((....)))))..)))....))))......)))).))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.((((....(((.((((.....(((((............)))))..)))))))...))))....((((((((((((.((((......))))..)).))))))))))......(((((..(.(((.(((....(((((..(((((((.......((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))).))))))((((..(((((.((.(((((.....(((((.((((.(((((..(((((......)))))..(((((((....)))..))))...)))))))))((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....))))))).))))((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((........))))..)).))..)))..)))))........)))))))))....))))))....))))))....)))))))))))))))).))))).)))))))))))).)))))))..)))))))..)))))).)))))))))....))))))))...))))))........))).)))))))))).....(((((((((.(((((.((((...(((.......)))...))))((.....)).))))).))))..))))).......))))))))))....)).))))...(((((..((((.(.((((((.((.......)).).))))).).))))..)))))...((((((((....(((.(((((....))))).)))....))))))))........))))..))))))).))).))))))))))..........))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).))).....)))))).))))))))..))))(((.........))))))))))....(.(((((((((.........................))))))))).))))))).))))))................))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(({(((((((((((({{{{{((,..{{,.{{..{|{{(((,,,,,.|||}}.,)})))))))))...))))))))).))),,,|{((((((..,,,,.}))}}}|||||(((((,{.((((((....))))}}.,))))).||||}{(({..{((((((......)))))))},,)))).))))(((((((..((((({((..((......))..))),,))}}}.)))))))....(((((....)))))(((((((((((({{{.((((.((((((.,,(((({...{((,..((((......}}||,.|||((((((.((((.........)))).))))))|{{(((({,{{.(((......))).},{((,{,,(((((....})}}},|,|||.{(((....))))}))}}})}...{|||||||((,((((({....((..{(({,,.,{{{|{||{..{(({.......))))..}|,||||||,|}}}}}.||..}}}}}},}}.}}.})}}....((((((((...((({(.....,.}),}}}}(,((.(({{...}))))}.})))))))).,.((({{...{((((((({((((,...|||{.,},.}}}}.....||,,,,|},,,((((|(({....))))))).,{{,,.,,.|||{{{.......},)})))}}}}})}}|||.(((({....))))),.((({((((..((((((((((((((,(((,(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......{((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.,..(((.,({(((.,..(((((.((((..((((,(((((..(((((((,,........,}.)))))))..,.)))))..,{.{,.((((....(((((.....((((.((({.,..((..((....)).))..,))))...)))).....)))))...)))}.,{{.,,},})).((({(((((,,{.,({.(((((....))))),),})))))).))))..))))..))))|||..,}||..,,.(((.(((((((((((((((.(.(((((.,,(..((((..({....})..))))..).,,.)))))).)))))))))))))))))).})))))...,)))))..})}.)))..,.))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(({((....))..}))))))))))))))))))}(((((((((((((((...((((.,((((((((((.{((,(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...)))))))),,.((((((..,,.(((.((((((((......((((((...)))))){{{.{{(...})),.}},.....))))))))))),,)))))),},,((((((((((...........{{{{............(((((((((.,(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).,{(({,(,,.{..,,,.,,...(((((........))))).{{({..((((({((...})).)))))..},})}...|||,..}},..,,))}}.(((((....)))))}))),.))).))))))))))....)))))))...,((((((..(((((.{,....})))).)..))))))((((.((((((.(((((((((((((..{(({(((((..((((({(((......))).)...)))))...))))).))).)))).)).}))|((.((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....))))....{(.((((((..((({{((((.((({,(..(((((..(((((((,(((((((({..{(((....)))|((.((((((.(((......))))))))).)),})))))))),,....))))))(((.((((((((...}))))))).)))....,.((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((.......,{{,....,,},,,..,.......(((((({..{({..(((.(.....).)))})))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).,(,.((((((.({...}).)))))).,})....)))))..))))).){(.((((.{((......))}.)))).))....(((((((...((((.((((,...((((.....{({,,.(((({....)))))..)}}....))))....,,))),.))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.{((({{{{({,.({{{.....{{{||.|,,........))))}.,}}}}}}}...)}}}....((((((((((((,((((......)))),.))},)))))))))......(((((..{.(((.(((....(((({.,((((({,.....,{((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))}.))))))((((..(((((.((.(((((.....({{({.((((.(((((,{(((((......))))}..((((,,|....,)}..)))).),))))))))}((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....)))))),.,,,,((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((......,.))))..}),)}..)))..)))))........))))))))),...)))))).,..})}}))....)))))))))))))))).))))).))))))))))))},))))))..)))))))..))))))})))))))))....))))))))...)))))),,,.....))).)))))))))).....(((((((((.(((((.{(((...(((.......)))...)))}((.....)).))))).)))}.,))))).}.....))))))))))....)).))))...{{(((..((((.(.((((((.{{.......)).).))))).).))))..||}||{{.((((((((,...(((.(((({....})))).)))....))))))))...}),,.))),.,})))))),))),)))))))))),...,,,...))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).)))},,,.}})))))))))))))..))))))),,.,,,}}})))))).,,,}},,|.||{{{{{{{...,,....,,,....,,,......))))))))),,)))))).))))}}................,},.)))))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142276.2 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3697 nt 0.4901
NM_001142277.2 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3529 nt 0.4871
NM_001142278.2 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3010 nt 0.4910
NM_001243299.2 NCBI
UUUGUUGCCAGGUGGACGCGGCCCCGGCCUUCGCGCGCGGCAGGGAUGC… 3688 nt 0.4902
NM_001328682.2 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3565 nt 0.4870
NM_001328684.2 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3544 nt 0.4859
NM_001328685.2 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3376 nt 0.4825
NM_001328686.2 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3634 nt 0.4890
NM_001382526.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3727 nt 0.4902
NM_001382527.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3727 nt 0.4897
Showing 1 to 10 of 30 entries
Summary

This gene encodes amyloid precursor- like protein 2 (APLP2), which is a member of the APP (amyloid precursor protein) family including APP, APLP1 and APLP2. This protein is ubiquitously expressed. It contains heparin-, copper- and zinc- binding domains at the N-terminus, BPTI/Kunitz inhibitor and E2 domains in the middle region, and transmembrane and intracellular domains at the C-terminus. This protein interacts with major histocompatibility complex (MHC) class I molecules. The synergy of this protein and the APP is required to mediate neuromuscular transmission, spatial learning and synaptic plasticity. This protein has been implicated in the pathogenesis of Alzheimer's disease. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the mRNA of the APLP2 was significantly upregulated in salivary extracellular vesicles from acute head trauma patients (EDPT) compared to healthy controls (p=0.0008) and also showed a significant difference in expression between acute (EDPT) and outpatient concussion clinic patients (CCPT) (p=0.0159) [Cheng et al. DOI:10.1002/jcp.28139].