Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001328682.2
Sequence Length
3565 nt
GC Content
0.4870
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAGCUUGAGAGCCGCGCGCUAGAGCGACCCGGCGAGGGAUGGCGGCCACCGGGACCGCGGCCGCCGCAGCCACGGGCAGGCUCCUGCUUCUGCUGCUGGUGGGGCUCACGGCGCCUGCCUUGGCGCUGGCCGGCUACAUCGAGGCUCUUGCAGCCAAUGCCGGAACAGGAUUUGCUGUUGCUGAGCCUCAAAUCGCAAUGUUUUGUGGGAAGUUAAAUAUGCAUGUGAACAUUCAGACUGGGAAAUGGGAACCUGAUCCAACAGGCACCAAGAGCUGCUUUGAAACAAAAGAAGAAGUUCUUCAGUACUGUCAGGAGAUGUAUCCAGAGCUACAGAUCACAAAUGUGAUGGAGGCAAACCAGCGGGUUAGUAUUGACAACUGGUGCCGGAGGGACAAAAAGCAAUGCAAGAGUCGCUUUGUUACACCUUUCAAGUGUCUCGUGGGUGAAUUUGUAAGUGAUGUCCUGCUAGUUCCAGAAAAGUGCCAGUUUUUCCACAAAGAGCGGAUGGAGGUGUGUGAGAAUCACCAGCACUGGCACACGGUAGUCAAAGAGGCAUGUCUGACUCAGGGAAUGACCUUAUAUAGCUACGGCAUGCUGCUCCCAUGUGGGGUAGACCAGUUCCAUGGCACUGAAUAUGUGUGCUGCCCUCAGACAAAGAUUAUUGGAUCUGUGUCAAAAGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGACUAUGAUGUUUAUAAAAGUGAAUUUCCUACUGAAGCAGAUCUGGAAGACUUCACAGAAGCAGCUGUGGAUGAGGAUGAUGAGGAUGAGGAAGAAGGGGAGGAAGUGGUGGAGGACCGAGAUUACUACUAUGACACCUUCAAAGGAGAUGACUACAAUGAGGAGAAUCCUACUGAACCCGGCAGCGACGGCACCAUGUCAGACAAGGAAAUUACUCAUGAUGUCAAAGUUCCUCCAACUCCUCUGCCAACCAAUGAUGUUGAUGUGUAUUUCGAGACCUCUGCAGAUGAUAAUGAGCAUGCUCGCUUCCAGAAGGCUAAGGAGCAGCUGGAGAUUCGGCACCGCAACCGAAUGGACAGGGUAAAGAAGGAAUGGGAAGAGGCAGAGCUUCAAGCUAAGAACCUCCCCAAAGCAGAGAGGCAGACUCUGAUUCAGCACUUCCAAGCCAUGGUUAAAGCUUUAGAGAAGGAAGCAGCCAGUGAGAAGCAGCAGCUGGUGGAGACCCACCUGGCCCGAGUGGAAGCUAUGCUGAAUGACCGCCGUCGGAUGGCUCUGGAGAACUACCUGGCUGCCUUGCAGUCUGACCCGCCACGGCCUCAUCGCAUUCUCCAGGCCUUACGGCGUUAUGUCCGUGCUGAGAACAAAGAUCGCUUACAUACCAUCCGUCAUUACCAGCAUGUGUUGGCUGUUGACCCAGAAAAGGCGGCCCAGAUGAAAUCCCAGGUGAUGACACAUCUCCACGUGAUUGAAGAAAGGAGGAACCAAAGCCUCUCUCUGCUCUACAAAGUACCUUAUGUAGCCCAAGAAAUUCAAGAGGAAAUUGAUGAGCUCCUUCAGGAGCAGCGUGCAGAUAUGGACCAGUUCACUGCCUCAAUCUCAGAGACCCCUGUGGACGUCCGGGUGAGCUCUGAGGAGAGUGAGGAGAUCCCACCGUUCCACCCCUUCCACCCCUUCCCAGCCCUACCUGAGAACGAAGACACUCAGCCGGAGUUGUACCACCCAAUGAAAAAAGGAUCUGGAGUGGGAGAGCAGGAUGGGGGACUGAUCGGUGCCGAAGAGAAAGUGAUUAACAGUAAGAAUAAAGUGGAUGAAAACAUGGUCAUUGACGAGACUCUGGAUGUUAAGGAAAUGAUUUUCAAUGCCGAGAGAGUUGGAGGCCUCGAGGAAGAGCGGGAAUCCGUGGGCCCACUGCGGGAGGACUUCAGUCUGAGUAGCAGUGCUCUCAUUGGCCUGCUGGUCAUCGCAGUGGCCAUUGCCACGGUCAUCGUCAUCAGCCUGGUGAUGCUGAGGAAGAGGCAGUAUGGCACCAUCAGCCACGGGAUCGUGGAGGUUGAUCCAAUGCUCACCCCAGAAGAGCGUCACCUGAACAAGAUGCAGAACCAUGGCUAUGAGAACCCCACCUACAAAUACCUGGAGCAGAUGCAGAUUUAGGUGGCAGGGAGCGCGGCAGCCCUGGCGGAGGGAUGCAGGUGGGCCGGAAGAUCCCACGAUUCCGAUCGACUGCCAAGCAGCAGCCGCUGCCAGGGGCUGCGUCUGACAUCCUGACCUCCUGGACUGUAGGACUAUAUAAAGUACUACUGUAGAACUGCAAUUUCCAUUCUUUUAAAUGGGUGAAAAAUGGUAAUAUAACAAUAUAUGAUAUAUAAACCUUAAAUGAAAAAAAUGAUCUAUUGCAGAUAUUUGAUGUAGUUUUCUUUUUUAAAUUAAUCAGAAACCCCACUUCCAUUGUAUUGUCUGACACAUGCUCUCAAUAUAUAAUAAAUGGGAAAUGUCGAUUUUCAAUAAUAGACUUAUAUGCAGGCUGUCGUUCCGGUUAUGUUGUGUAAGUCAACUCUUCAGCCUCAUUCACUGUCCUGGCUUUUAUUUAAAGAAAAAAAAGGCAGUAUUCCCUUUUUAAAUGAGCUUUCAGGAAGUUGCUGAGAAAUGGGGUGGAAUAGGGAACUGUAAUGGCCACUGAAGCACGUGAGAGACCCUCGCAAAAUGAUGUGAAAGGACCAGUUUCUUGAAGUCCAGUGUUUCCACGGCUGGAUACCUGUGUGUCUCCAUAAAAGUCCUGUCACCAAGGACGUUAAAGGCAUUUUAUUCCAGCGUCUUCUAGAGAGCUUAGUGUAUACAGAUGAGGGUGUCCGCUGCUGCUUUCCUUCGGAAUCCAGUGCUUCCACAGAGAUUAGCCUGUAGCUUAUAUUUGACAUUCUUCACUGUCUGUUGUUUACCUACCGUAGCUUUUUACCGUUCACUUCCCCUUCCAACUAUGUCCAGAUGUGCAGGCUCCUCCUCUCUGGACUUUCUCCAAAGGCACUGACCCUCGGCCUCUACUUUGUCCCCUCACCUCCACCCCCUCCUGUCACCGGCCUUGUGACAUUCACUCAGAGAAGACCACACCAAGGAGGCGGCCGCUGGCCCAGGAGAGAACACGGGGAGGUUUGUUUGUGUGAAAGGAAAGUAGUCCAGGCUGUCCCUGAAACUGAGUCUGUGGACACUGUGGAAAGCUUUGAACAAUUGUGUUUUCGUCACAGGAGUCUUUGUAAUGCUUGUACAGUUGAUGUCGAUGCUCACUGCUUCUGCUUUUUCUUUCUUUUUAUUUUAAAUCUGAAGGUUCUGGUAACCUGUGGUGUAUUUUUAUUUUCCUGUGACUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUCCUUUUUCCUCCCCUUUGACCCUAUUCAUGUCUCUACCCACUAUGCACAGAUUAAACUUCACCUACAAACUCCUUAAUAUGAUCUGUGGAGAAUGUACACAGUUUAAACACAUCAAUAAAUACUUUAACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1150.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1215.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 680.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((..(.((.....)).)..)).((((((((.(((....)))))))))))...))))))))).))).....((((((....)).))))..((((((((((...((((((....))))))..))))).)))))((((..(((((((......)))))))...)))).))))(((((((..((((((((..((......))..)))..))))).)))))))....(((((....)))))(((((((((((((((.((((.(((((((((((((.(..(((...((((......))))..)))((((((.((((.........)))).))))))((((((((.((.(((......))).))(((....(((((....)))))...))).((((....))))))))))))...((((.((.((.((((((....((..((((((..((((((((..((((.......))))..)).)))))).)))))).))..)))))).)).)).)))).....).)))))))...((((..(((((((((...((((((.((...........)).)))))).(((((....(((((((.((((...))))..))).)))).....)))))..))).))))))...))))(((((((.((((.(((((........)))).).))))......((((.(((((....))))).)))).((((..((((((((((((((.(((.(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......(((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.(..(((.((.(.(.((.(((...((((((((((((..(..(((((((............))))))).)..).)))))........((((....(((((.....((((.((((....((..((....)).))...))))...)))).....)))))...))))...))))))...))).))).))).)))..).))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(((((....))..))))))))))))))))))))(((((((((((((((...((((..((((((((((.(((.(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...))))))))...((((((.....(((.((((((((......((((((...))))))(((.(((...)))..))).....)))))))))))..))))))....((((((((((...........((((............(((((((((..(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).((((......(..(((((....(((((........))))).(((...((((((((...))).)))))....)))..)))))..)......)))).(((((....)))))))))..))).))))))))))....)))))))....((((((..(((((........)))).)..))))))((((.((((((.((((((.((((.((..(.(((((((.((.(((((((((...(((((..........)))))..)).))))..................)))...)).))))))).)..))))))))).((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....)))).....(.((((((..((((.((((.((((.(..(((((..((((((..(((((((((..((((....))))((.((((((.(((......))))))))).)).)))))))))......))))))(((.((((((((...)))))))).)))......((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((........((.........))..........(((((((..(((..(((.(.....).)))))))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).((..((((((.((...)).))))))..))....)))))..))))).)((.((((.(((......))).)))).))....(((((((...((((.((((....((((.....(((...(((((....)))))..)))....))))......)))).))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.((((....(((.((((.....(((((............)))))..)))))))...))))....((((((((((((.((((......))))..)).))))))))))......(((((..(.(((.(((....(((((..(((((((.......((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))).))))))((((..(((((.((.(((((.....(((((.((((.(((((..(((((......)))))..(((((((....)))..))))...)))))))))((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....))))))).))))((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((........))))..)).))..)))..)))))........)))))))))....))))))....))))))....)))))))))))))))).))))).)))))))))))).)))))))..)))))))..)))))).)))))))))....))))))))...))))..........))).)))))))))).....(((((((((.(((((.((((...(((.......)))...))))((.....)).))))).))))..))))).......))))))))))....)).))))...(((((..((((.(.((((((.((.......)).).))))).).))))..)))))...((((((((....(((.(((((....))))).)))....))))))))........))))..))))))).))).))))))))))..........))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).))).....)))))).))))))))..))))(((.........))))))))))....(.(((((((((.........................))))))))).))))))).))))))................))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(({(((((((((((({{{{{((,..{{,.{{..{|{{(((,,,,,.|||}}.,)})))))))))...))))))))).))),,,|{((((((..,,,,.}))}}}|||||(((((,{.((((((....))))}}.,))))).||||}{(({..{((((((......)))))))},,)))).))))(((((((..((((({((..((......))..))),,))}}}.)))))))....(((((....)))))(((((((((((({{{.((((.((((((.,,(((({...{((,..((((......}}||,.|||((((((.((((.........)))).))))))|{{(((({,{{.(((......))).},{((,{,,(((((....})}}},|,|||.{(((....))))}))}}})}...{|||||||((,((((({....((..{(({,,.,{{{|{||{..{(({.......))))..}|,||||||,|}}}}}.||..}}}}}},}}.}}.})}}....((((((((...((({(.....,.}),}}}}(,((.(({{...}))))}.})))))))).,.((({{...{((((((({((((,...|||{.,},.}}}}.....||,,,,|},,,((((|(({....))))))).,{{,,.,,.|||{{{.......},)})))}}}}})}}|||.(((({....))))),.((({((((..((((((((((((((,(((,(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......{((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.{..(((.((.(,{.{{.(((,,.((((({((((({..{..((((((({..........,))))))).)..}.)))))........((((....(((((.....((((.((((.,..((..((....)).))..,))))...)))).....)))))...))))...))))))...})),))}.))).)))..}.))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(({((....))..}))))))))))))))))))}(((((((((((((((...((((.,((((((((((.{((,(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...)))))))),,.((((((..,,.(((.((((((((......((((((...)))))){{{.{{(...})),.}},.....))))))))))),,)))))),},,((((((((((...........{{{{............(((((((((.,(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).,{(({,(,,.{..,,,.,,...(((((........))))).{{({..((((({((...})).)))))..},})}...|||,..}},..,,))}}.(((((....)))))}))),.))).))))))))))....)))))))...,((((((..(((((.{,....})))).)..))))))((((.((((((.({((((.((({(({..(.(((((((,({.((((((({(,..(((((..........)))))..)).))))..................)))...)).))))))).)..))))))))),((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....))))....{(.((((((..((({{((((.((({,(..(((((..(((((((,(((((((({..{(((....)))|((.((((((.(((......))))))))).)),})))))))),,....))))))(((.((((((((...}))))))).)))....,.((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((.......,{{,....,,},,,..,.......(((((({..{({..(((.(.....).)))})))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).,(,.((((((.({...}).)))))).,})....)))))..))))).){(.((((.{((......))}.)))).))....(((((((...((((.((((,...((((.....{({,,.(((({....)))))..)}}....))))....,,))),.))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.{((({{{{({,.({{{.....{{{||.|,,........))))}.,}}}}}}}...)}}}....((((((((((((,((((......)))),.))},)))))))))......(((((..{.(((.(((....(((({.,((((({,.....,{((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))}.))))))((((..(((((.((.(((((.....({{({.((((.(((((,{(((((......))))}..((((,,|....,)}..)))).),))))))))}((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....)))))),.,,,,((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((......,.))))..}),)}..)))..)))))........))))))))),...)))))).,..})}}))....)))))))))))))))).))))).))))))))))))},))))))..)))))))..))))))})))))))))....))))))))...)))).,........})).)))))))))).....(((((((((.(((((.{(((...(((.......)))...)))}((.....)).))))).)))}.,))))).}.....))))))))))....)).))))...{{(((..((((.(.((((((.{{.......)).).))))).).))))..||}||{{.((((((((,...(((.(((({....})))).)))....))))))))...}),,.))),.,})))))),))),)))))))))),...,,,...))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).)))},,,.}})))))))))))))..))))))),,.,,,}}})))))).,,,}},,|.||{{{{{{{...,,....,,,....,,,......))))))))),,)))))).))))}}................,},.)))))))))).
Back