Basic Information

Symbol
APLP2
RNA class
mRNA
Alias
Amyloid Beta Precursor Like Protein 2 APPH Amyloid Beta (A4) Precursor-Like Protein 2 APPL2 Sperm Membrane Protein YWK-II CDEI Box-Binding Protein APLP-2 CDEBP Amyloid Precursor Protein Homolog HSD-2 Testicular Tissue Protein Li 23 Amyloid Protein Homolog Amyloid-Like Protein 2
Location (GRCh38)
11:130068147-130144811
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001142276.2
Sequence length
3697.0 nt
GC content
0.4901

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1209.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1275.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001382528.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3712 nt 0.4900
NM_001382529.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3691 nt 0.4904
NM_001382530.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3622 nt 0.4901
NM_001382531.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3601 nt 0.4904
NM_001382532.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3598 nt 0.4892
NM_001382533.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3559 nt 0.4917
NM_001382534.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3547 nt 0.4866
NM_001382535.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3544 nt 0.4870
NM_001382536.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3523 nt 0.4919
NM_001382537.1 NCBI
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAG… 3448 nt 0.4867
Showing 11 to 20 of 30 entries
Summary

This gene encodes amyloid precursor- like protein 2 (APLP2), which is a member of the APP (amyloid precursor protein) family including APP, APLP1 and APLP2. This protein is ubiquitously expressed. It contains heparin-, copper- and zinc- binding domains at the N-terminus, BPTI/Kunitz inhibitor and E2 domains in the middle region, and transmembrane and intracellular domains at the C-terminus. This protein interacts with major histocompatibility complex (MHC) class I molecules. The synergy of this protein and the APP is required to mediate neuromuscular transmission, spatial learning and synaptic plasticity. This protein has been implicated in the pathogenesis of Alzheimer's disease. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the mRNA of the APLP2 was significantly upregulated in salivary extracellular vesicles from acute head trauma patients (EDPT) compared to healthy controls (p=0.0008) and also showed a significant difference in expression between acute (EDPT) and outpatient concussion clinic patients (CCPT) (p=0.0159) [Cheng et al. DOI:10.1002/jcp.28139].