Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382532.1
Sequence Length
3598 nt
GC Content
0.4892
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAGCUUGAGAGCCGCGCGCUAGAGCGACCCGGCGAGGGAUGGCGGCCACCGGGACCGCGGCCGCCGCAGCCACGGGCAGGCUCCUGCUUCUGCUGCUGGUGGGGCUCACGGCGCCUGCCUUGGCGCUGGCCGGCUACAUCGAGGCUCUUGCAGCCAAUGCCGGAACAGGAUUUGCUGUUGCUGAGCCUCAAAUCGCAAUGUUUUGUGGGAAGUUAAAUAUGCAUGUGAACAUUCAGACUGGGAAAUGGGAACCUGAUCCAACAGGCACCAAGAGCUGCUUUGAAACAAAAGAAGAAGUUCUUCAGUACUGUCAGGAGAUGUAUCCAGAGCUACAGAUCACAAAUGUGAUGGAGGCAAACCAGCGGGUUAGUAUUGACAACUGGUGCCGGAGGGACAAAAAGCAAUGCAAGAGUCGCUUUGUUACACCUUUCAAGUGUCUCGUGGGUGAAUUUGUAAGUGAUGUCCUGCUAGUUCCAGAAAAGUGCCAGUUUUUCCACAAAGAGCGGAUGGAGGUGUGUGAGAAUCACCAGCACUGGCACACGGUAGUCAAAGAGACAAAGAUUAUUGGAUCUGUGUCAAAAGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGACUAUGAUGUUUAUAAAAGUGAAUUUCCUACUGAAGCAGAUCUGGAAGACUUCACAGAAGCAGCUGUGGAUGAGGAUGAUGAGGAUGAGGAAGAAGGGGAGGAAGUGGUGGAGGACCGAGAUUACUACUAUGACACCUUCAAAGGAGAUGACUACAAUGAGGAGAAUCCUACUGAACCCGGCAGCGACGGCACCAUGUCAGACAAGGAAAUUACUCAUGAUGUCAAAGCUGUCUGCUCCCAGGAGGCGAUGACGGGGCCCUGCCGGGCCGUGAUGCCUCGUUGGUACUUCGACCUCUCCAAGGGAAAGUGCGUGCGCUUUAUAUAUGGUGGCUGCGGCGGCAACAGGAACAAUUUUGAGUCUGAGGAUUAUUGUAUGGCUGUGUGUAAAGCGAUGAUUCCUCCAACUCCUCUGCCAACCAAUGAUGUUGAUGUGUAUUUCGAGACCUCUGCAGAUGAUAAUGAGCAUGCUCGCUUCCAGAAGGCUAAGGAGCAGCUGGAGAUUCGGCACCGCAACCGAAUGGACAGGGUAAAGAAGGAAUGGGAAGAGGCAGAGCUUCAAGCUAAGAACCUCCCCAAAGCAGAGAGGCAGACUCUGAUUCAGCACUUCCAAGCCAUGGUUAAAGCUUUAGAGAAGGAAGCAGCCAGUGAGAAGCAGCAGCUGGUGGAGACCCACCUGGCCCGAGUGGAAGCUAUGCUGAAUGACCGCCGUCGGAUGGCUCUGGAGAACUACCUGGCUGCCUUGCAGUCUGACCCGCCACGGCCUCAUCGCAUUCUCCAGGCCUUACGGCGUUAUGUCCGUGCUGAGAACAAAGAUCGCUUACAUACCAUCCGUCAUUACCAGCAUGUGUUGGCUGUUGACCCAGAAAAGGCGGCCCAGAUGAAAUCCCAGGUGAUGACACAUCUCCACGUGAUUGAAGAAAGGAGGAACCAAAGCCUCUCUCUGCUCUACAAAGUACCUUAUGUAGCCCAAGAAAUUCAAGAGGAAAUUGAUGAGCUCCUUCAGGAGCAGCGUGCAGAUAUGGACCAGUUCACUGCCUCAAUCUCAGAGACCCCUGUGGACGUCCGGGUGAGCUCUGAGGAGAGUGAGGAGAUCCCACCGUUCCACCCCUUCCACCCCUUCCCAGCCCUACCUGAGAACGAAGGAUCUGGAGUGGGAGAGCAGGAUGGGGGACUGAUCGGUGCCGAAGAGAAAGUGAUUAACAGUAAGAAUAAAGUGGAUGAAAACAUGGUCAUUGACGAGACUCUGGAUGUUAAGGAAAUGAUUUUCAAUGCCGAGAGAGUUGGAGGCCUCGAGGAAGAGCGGGAAUCCGUGGGCCCACUGCGGGAGGACUUCAGUCUGAGUAGCAGUGCUCUCAUUGGCCUGCUGGUCAUCGCAGUGGCCAUUGCCACGGUCAUCGUCAUCAGCCUGGUGAUGCUGAGGAAGAGGCAGUAUGGCACCAUCAGCCACGGGAUCGUGGAGGUUGAUCCAAUGCUCACCCCAGAAGAGCGUCACCUGAACAAGAUGCAGAACCAUGGCUAUGAGAACCCCACCUACAAAUACCUGGAGCAGAUGCAGAUUUAGGUGGCAGGGAGCGCGGCAGCCCUGGCGGAGGGAUGCAGGUGGGCCGGAAGAUCCCACGAUUCCGAUCGACUGCCAAGCAGCAGCCGCUGCCAGGGGCUGCGUCUGACAUCCUGACCUCCUGGACUGUAGGACUAUAUAAAGUACUACUGUAGAACUGCAAUUUCCAUUCUUUUAAAUGGGUGAAAAAUGGUAAUAUAACAAUAUAUGAUAUAUAAACCUUAAAUGAAAAAAAUGAUCUAUUGCAGAUAUUUGAUGUAGUUUUCUUUUUUAAAUUAAUCAGAAACCCCACUUCCAUUGUAUUGUCUGACACAUGCUCUCAAUAUAUAAUAAAUGGGAAAUGUCGAUUUUCAAUAAUAGACUUAUAUGCAGGCUGUCGUUCCGGUUAUGUUGUGUAAGUCAACUCUUCAGCCUCAUUCACUGUCCUGGCUUUUAUUUAAAGAAAAAAAAGGCAGUAUUCCCUUUUUAAAUGAGCUUUCAGGAAGUUGCUGAGAAAUGGGGUGGAAUAGGGAACUGUAAUGGCCACUGAAGCACGUGAGAGACCCUCGCAAAAUGAUGUGAAAGGACCAGUUUCUUGAAGUCCAGUGUUUCCACGGCUGGAUACCUGUGUGUCUCCAUAAAAGUCCUGUCACCAAGGACGUUAAAGGCAUUUUAUUCCAGCGUCUUCUAGAGAGCUUAGUGUAUACAGAUGAGGGUGUCCGCUGCUGCUUUCCUUCGGAAUCCAGUGCUUCCACAGAGAUUAGCCUGUAGCUUAUAUUUGACAUUCUUCACUGUCUGUUGUUUACCUACCGUAGCUUUUUACCGUUCACUUCCCCUUCCAACUAUGUCCAGAUGUGCAGGCUCCUCCUCUCUGGACUUUCUCCAAAGGCACUGACCCUCGGCCUCUACUUUGUCCCCUCACCUCCACCCCCUCCUGUCACCGGCCUUGUGACAUUCACUCAGAGAAGACCACACCAAGGAGGCGGCCGCUGGCCCAGGAGAGAACACGGGGAGGUUUGUUUGUGUGAAAGGAAAGUAGUCCAGGCUGUCCCUGAAACUGAGUCUGUGGACACUGUGGAAAGCUUUGAACAAUUGUGUUUUCGUCACAGGAGUCUUUGUAAUGCUUGUACAGUUGAUGUCGAUGCUCACUGCUUCUGCUUUUUCUUUCUUUUUAUUUUAAAUCUGAAGGUUCUGGUAACCUGUGGUGUAUUUUUAUUUUCCUGUGACUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUCCUUUUUCCUCCCCUUUGACCCUAUUCAUGUCUCUACCCACUAUGCACAGAUUAAACUUCACCUACAAACUCCUUAAUAUGAUCUGUGGAGAAUGUACACAGUUUAAACACAUCAAUAAAUACUUUAACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1179.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1243.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 689.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((..(.((.....)).)..)).((((((((.(((....)))))))))))...))))))))).))).....((((((....)).))))..((((((((((...((((((....))))))..))))).)))))((((..(((((((......)))))))...)))).))))(((((((..((((((((..((......))..)))..))))).)))))))....(((((....)))))(((((((((((((((.((((.((((((...((((((....(((......)))....(((((((((((((.((((.........)))).))))))((((((((.((.(((......))).))(((....(((((....)))))...))).((((....))))))))))))....)))))))((.((((((....((..((((((..((((((((..((((.......))))..)).)))))).)))))).))..)))))).))..))))))....((((((((...(((((........).))))(.((.((((...)))))).)))))))))...(((((...(((((((........(((((..(.((((((.(..((((((((((((((.(((.(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......(((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.(..(((..(((((....(((((.((((..((((.(((((..(((((((((........)).)))))))....)))))........((((....(((((.....((((.((((....((..((....)).))...))))...)))).....)))))...)))).(((.....))).((((((((((....((.(((((....))))).)).)))))).))))..))))..))))(((...))).....(((.(((((((((((((((.(.(((((...(..((((..((....))..))))..)....)))))).))))))))))))))))))..)))))....)))))......)))..).))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(((((....))..))))))))))))))))))))(((((((((((((((...((((..((((((((((.(((.(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...))))))))...((((((.....(((.((((((((......((((((...))))))(((.(((...)))..))).....)))))))))))..))))))....((((((((((...........((((............(((((((((..(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).((((......(..(((((....(((((........))))).(((...((((((((...))).)))))....)))..)))))..)......)))).(((((....)))))))))..))).))))))))))....)))))))....((((((..(((((........)))).)..))))))((((.((((((.(((((((((((((..(((.(((((..(((((((((......))).)...)))))...))))).))).)))).)).))))((.((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....)))).....(.((((((..((((.((((.((((.(..(((((..((((((..(((((((((..((((....))))((.((((((.(((......))))))))).)).)))))))))......))))))(((.((((((((...)))))))).)))......((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((........((.........))..........(((((((..(((..(((.(.....).)))))))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).((..((((((.((...)).))))))..))....)))))..))))).)((.((((.(((......))).)))).))....(((((((...((((.((((....((((.....(((...(((((....)))))..)))....))))......)))).))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.((((....(((.((((.....(((((............)))))..)))))))...))))....((((((((((((.((((......))))..)).))))))))))......(((((..(.(((.(((....(((((..(((((((.......((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))).))))))((((..(((((.((.(((((.....(((((.((((.(((((..(((((......)))))..(((((((....)))..))))...)))))))))((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....))))))).))))((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((........))))..)).))..)))..)))))........)))))))))....))))))....))))))....)))))))))))))))).))))).)))))))))))).)))))))..)))))))..)))))).)))))))))....))))))))...))))))........))).)))))))))).....(((((((((.(((((.((((...(((.......)))...))))((.....)).))))).))))..))))).......))))))))))....)).))))...(((((..((((.(.((((((.((.......)).).))))).).))))..)))))...((((((((....(((.(((((....))))).)))....))))))))........))))..))))))).))).))))))))))..........))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).))).....)))))).))))))))..))))))))..))))))))))))....))))).(((((((((.........................)))))))))..)))))).))))))................))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(({(((((((((((({{{{{((,..{{,.{{..{|{{(((,,,,,.|||}}.,)})))))))))...))))))))).))),,,|{((((((..,,,,.}))}}}|||||(((((,{.((((((....))))}}.,))))).||||}{{({..{((((((......)))))))},,)))).))))(((((((..((((({((..((......))..))),,))}}}.)))))))....(((((....)))))(((((((((((({{{.((((.((((((.,,((((,...,{(,..((((......}}|}..}}|((((((.((((.........)))).))))))|||||{{|,{{.(((......))).},{((,{,,(((({...,||}}}{{,|||.{(((....))))}}}}}}|},..{|||||||((,({((({....((..{{{{,,.,|{{|||||..{{{{,......)))),.}|,||||||,||}}}}.||..}}}}}|,}}.|}.})}}....((((((((...((({(.....,.,),}}}}(,((.(({{...}))))}.)))))))))..,{{{{{...(((((((........{(({{..(.(((((({(..((((((((((((((,(((,(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......{((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.,..(((.,({(((.,..(((((.((((..((((,(((((..(((((((,,........,}.)))))))..,.)))))..,{.{,.((((....(((((.....((((.((({.,..((..((....)).))..,))))...)))).....)))))...)))}.,{{.,,},})).((({(((((,,{.,({.(((((....))))),),})))))).))))..))))..))))|||..,}||..,,.(((.(((((((((((((((.(.(((((.,,(..((((..({....})..))))..).,,.)))))).)))))))))))))))))).})))))...,)))))..})}.)))..,.))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(({((....))..}))))))))))))))))))}(((((((((((((((...((((.,((((((((((.{((,(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...)))))))),,.((((((..,,.(((.((((((((......((((((...)))))){{{.{{(...})),.}},.....))))))))))),,)))))),},,((((((((((...........{{{{............(((((((((.,(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).,{(({,(,,.{..,,,.,,...(((((........))))).{{({..((((({((...})).)))))..},})}...|||,..}},..,,))}}.(((((....)))))}))),.))).))))))))))....)))))))...,((((((..(((((.{,....})))).)..))))))((((.((((((.(((((((((((((..{(({(((((..((((({(((......))).)...)))))...))))).))).)))).)).}))|((.((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....))))....{(.((((((..((({{((((.((({,(..(((((..(((((((,(((((((({..{(((....)))|((.((((((.(((......))))))))).)),})))))))),,....))))))(((.((((((((...}))))))).)))....,.((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((.......,{{,....,,},,,..,.......(((((({..{({..(((.(.....).)))})))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).,(,.((((((.({...}).)))))).,})....)))))..))))).){(.((((.{((......))}.)))).))....(((((((...((((.((((,...((((.....{({,,.(((({....)))))..)}}....))))....,,))),.))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.{((({{{{({,.({{{.....{{{||.|,,........))))}.,}}}}}}}...)}}}....((((((((((((,((((......)))),.))},)))))))))......(((((..{.(((.(((....(((({.,((((({,.....,{((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))}.))))))((((..(((((.((.(((((.....({{({.((((.(((((,{(((((......))))}..((((,,|....,)}..)))).),))))))))}((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....)))))),.,,,,((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((......,.))))..}),)}..)))..)))))........))))))))),...)))))).,..})}}))....)))))))))))))))).))))).))))))))))))},))))))..)))))))..))))))})))))))))....))))))))...)))))),,,.....))).)))))))))).....(((((((((.(((((.{(((...(((.......)))...)))}((.....)).))))).)))}.,))))).}.....))))))))))....)).))))...{{(((..((((.(.((((((.{{.......)).).))))).).))))..||}||{{.((((((((,...(((.(((({....})))).)))....))))))))...}),,.))),.,})))))),))),)))))))))),...,,,...))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).)))},,,.}})))))))))))))..)))))))},.})))}))))))).,,.)))}},||{{{{{{{...,,,,,,,,,...,,,,...,,,))))))))),.)))))).))))}}................}},.)))))))))).
Back