Basic Information

Symbol
APOBEC3G
RNA class
mRNA
Alias
Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme Catalytic Subunit 3G CEM15 DNA DC->DU-Editing Enzyme APOBEC-3G DJ494G10.1 BK150C2.7 MDS019 Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme, Catalytic Polypeptide-Like 3G APOBEC-Related Cytidine Deaminase APOBEC-Related Protein 9 Deoxycytidine Deaminase FLJ12740 CEM-15 ARP-9 ARCD A3G Apolipoprotein B Editing Enzyme Catalytic Polypeptide-Like 3G Apolipoprotein B MRNA-Editing Enzyme Catalytic Polypeptide 3G Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme Cytidine Deaminase Phorbolin-Like Protein MDS019 DNA DC->DU Editing Enzyme APOBEC-Related Protein EC 3.5.4.38 EC 3.5.4.5 EC 3.5.4 ARP9
Location (GRCh38)
22:39077059-39087743
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021822.4
Sequence length
1564.0 nt
GC content
0.4827

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-503.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -531.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 304.22
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001349436.1 NCBI
GUGCUCUGCUGGCUCAGCCUGGUGUGGACCCACCUCCCGGGCGCUGGCU… 1624 nt 0.4926
NM_001349437.2 NCBI
GGGCUGUCCUAAAACCAGAAGCUUGGAGCAGAAAGUGAAACCCUGGUGC… 1410 nt 0.4830
NM_021822.4 NCBI
GGGCUGUCCUAAAACCAGAAGCUUGGAGCAGAAAGUGAAACCCUGGUGC… 1564 nt 0.4827
Summary

This gene is a member of the cytidine deaminase gene family. It is one of seven related genes or pseudogenes found in a cluster, thought to result from gene duplication, on chromosome 22. Members of the cluster encode proteins that are structurally and functionally related to the C to U RNA-editing cytidine deaminase APOBEC1. The protein encoded by this gene catalyzes site-specific deamination of both RNA and single-stranded DNA. The encoded protein has been found to be a specific inhibitor of human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) infectivity. [provided by RefSeq, Mar 2017]

Forensic Context

A review of the literature in vertebrates, including humans and mice, proposes that the APOBEC3G is expressed in post-mitotic neurons and appears to exert its action on the nascent DNA strand produced by reverse transcription [Mattick DOI:10.1002/bies.201000028]. A study in mice demonstrated that the APOBEC3G transcript, an anti-viral protein, increased in relative abundance within one hour postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].