Basic Information

Symbol
APOE
RNA class
mRNA
Alias
Apolipoprotein E AD2 Alzheimer Disease 2 (APOE*E4-Associated, Late Onset) Apolipoprotein E3 LDLCQ5 APO-E ApoE4 Apo-E LPG
Location (GRCh38)
19:44903787-44909396
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000041.4
Sequence length
1166.0 nt
GC content
0.6904

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-587.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -604.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 217.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000041.4 NCBI
CUACUCAGCCCCAGCGGAGGUGAAGGACGUCCUUCCCCAGGAGCCGACU… 1166 nt 0.6904
NM_001302688.2 NCBI
CUACUCAGCCCCAGCGGAGGUGAAGGACGUCCUUCCCCAGGAGCCGGUG… 1248 nt 0.6891
NM_001302689.2 NCBI
AGAGACGACCCGACCCGCUAGAAGACUGGCCAAUCACAGGCAGGAAGAU… 1144 nt 0.6897
NM_001302690.2 NCBI
GGAUGGGGAGAUAAGAGAAGACCAGGAGGGAGUUAAAUAGGGAAUGGGU… 1244 nt 0.6736
NM_001302691.2 NCBI
CUACUCAGCCCCAGCGGAGGUGAAGGACGUCCUUCCCCAGGAGCCGUUU… 1181 nt 0.6884
Summary

The protein encoded by this gene is a major apoprotein of the chylomicron. It binds to a specific liver and peripheral cell receptor, and is essential for the normal catabolism of triglyceride-rich lipoprotein constituents. This gene maps to chromosome 19 in a cluster with the related apolipoprotein C1 and C2 genes. Mutations in this gene result in familial dysbetalipoproteinemia, or type III hyperlipoproteinemia (HLP III), in which increased plasma cholesterol and triglycerides are the consequence of impaired clearance of chylomicron and VLDL remnants. [provided by RefSeq, Jun 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the APOE was downregulated in monocytes from heart and lung tissues of septic mice compared to sham mice [Li et al. DOI:10.1007/s00011-025-02068-7]. A study in humans demonstrated that the APOE gene was upregulated in subcutaneous adipose tissue during short-term weight loss, with its expression pattern showing a reciprocal relationship to acquired obesity in BMI-discordant monozygotic twin pairs [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].