Basic Information

Symbol
ARF1
RNA class
mRNA
Alias
ARF GTPase 1 ADP Ribosylation Factor 1 ADP-Ribosylation Factor 1 EC 3.6.5.2 PVNH8
Location (GRCh38)
1:228081841-228099212
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001658.4
Sequence length
1840.0 nt
GC content
0.5402

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-644.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -680.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 479.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001024226.2 NCBI
AGAGCCGCCAUCUUGUGGGAGCAAAACCAACGCCUGGCUCGGAGCAGCA… 1925 nt 0.5506
NM_001024227.1 NCBI
GCCCGCGCGUGGACGGUUGGGAUUAGCGGCCGCGGGGGCCGGUGGGGGU… 2020 nt 0.5530
NM_001024228.2 NCBI
CUCGUUUCCCGAGGCCGCCCGCGCGUGGACGGUUGGGAUUAGCGGCCGC… 2001 nt 0.5582
NM_001658.4 NCBI
AGAGCCGCCAUCUUGUGGGAGCAAAACCAACGCCUGGCUCGGAGCAGCA… 1840 nt 0.5402
Summary

ADP-ribosylation factor 1 (ARF1) is a member of the human ARF gene family. The family members encode small guanine nucleotide-binding proteins that stimulate the ADP-ribosyltransferase activity of cholera toxin and play a role in vesicular trafficking as activators of phospholipase D. The gene products, including 6 ARF proteins and 11 ARF-like proteins, constitute a family of the RAS superfamily. The ARF proteins are categorized as class I (ARF1, ARF2 and ARF3), class II (ARF4 and ARF5) and class III (ARF6), and members of each class share a common gene organization. The ARF1 protein is localized to the Golgi apparatus and has a central role in intra-Golgi transport. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the ARF1 was down-regulated in the motor cortex of alcoholic cases compared to controls, as identified through cDNA microarray profiling and Bayesian statistical analysis [Liu et al. DOI:10.1111/J.1471-4159.2004.02570.X].