Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001024226.2
Sequence Length
1925 nt
GC Content
0.5506
AGAGCCGCCAUCUUGUGGGAGCAAAACCAACGCCUGGCUCGGAGCAGCAGCCUCUGAGGUGAGGGCGAGGGGCGCGGGCCGGUGUGGGCCGCAGAGACGUUGGAGCCGGCGGGGGCUGGGGACUGGCCUCGGGGCGACUUGAGGUGUCCCUGGCCAGUGUCCUUCCACCUGUCCACAAGCAUGGGGAACAUCUUCGCCAACCUCUUCAAGGGCCUUUUUGGCAAAAAAGAAAUGCGCAUCCUCAUGGUGGGCCUGGAUGCUGCAGGGAAGACCACGAUCCUCUACAAGCUUAAGCUGGGUGAGAUCGUGACCACCAUUCCCACCAUAGGCUUCAACGUGGAAACCGUGGAGUACAAGAACAUCAGCUUCACUGUGUGGGACGUGGGUGGCCAGGACAAGAUCCGGCCCCUGUGGCGCCACUACUUCCAGAACACACAAGGCCUGAUCUUCGUGGUGGACAGCAAUGACAGAGAGCGUGUGAACGAGGCCCGUGAGGAGCUCAUGAGGAUGCUGGCCGAGGACGAGCUCCGGGAUGCUGUCCUCCUGGUGUUCGCCAACAAGCAGGACCUCCCCAACGCCAUGAAUGCGGCCGAGAUCACAGACAAGCUGGGGCUGCACUCACUACGCCACAGGAACUGGUACAUUCAGGCCACCUGCGCCACCAGCGGCGACGGGCUCUAUGAAGGACUGGACUGGCUGUCCAAUCAGCUCCGGAACCAGAAGUGAACGCGACCCCCCUCCCUCUCACUCCUCUUGCCCUCUGCUUUACUCUCAUGUGGCAAACGUGCGGCUCGUGGUGUGAGUGCCAGAAGCUGCCUCCGUGGUUUGGUCACCGUGUGCAUCGCACCGUGCUGUAAAUGUGGCAGACGCAGCCUGCGGCCAGGCUUUUUAUUUAAUGUAAAUAGUUUUUGUUUCCAAUGAGGCAGUUUCUGGUACUCCUAUGCAAUAUUACUCAGCUUUUUUUAUUGUAAAAAGAAAAAUCAACUCACUGUUCAGUGCUGAGAGGGGAUGUAGGCCCAUGGGCACCUGGCCUCCAGGAGUCGCUGUGUUGGGAGAGCCGGCCACGCCCUUGGCUUUAGAGCUGUGUUGAAAUCCAUUUUGGUGGUUGGUUUUUAACCCAAACUCAGUGCAUUUUUUAAAAUAGUUAAGAAUCCAAGUCGAGAACACUUGAACACACAGAAGGGAGACCCCGCCUAGCAUAGAUUUGCAGUUACGGCCUGGAUGCCAGUCGCCAGCCCAGCUGUUCCCCUCGGGAACAUGAGGUGGUGGUGGCGCAGCAGACUGCGAUCAAUUCUGCAUGGUCACAGUAGAGAUCCCCGCAACUCGCUUGUCCUUGGGUCACCCUGCAUUCCAUAGCCAUGUGCUUGUCCCUGUGCUCCCACGGUUCCCAGGGGCCAGGCUGGGAGCCCACAGCCACCCCACUAUGCCGCAGGCCGCCCUACCCACCUUCAGGCAGCCUAUGGGACGCAGGGCCCCAUCUGUCCCUCGGUCGCCGUGUGGCCAGAGUGGGUCCGUCGUCCCCAACACUCGUGCUCGCUCAGACACUUUGGCAGGAUGUCUGGGGCCUCACCAGCAGGAGCGCGUGCAAGCCGGGCAGGCGGUCCACCUAGACCCACAGCCCCUCGGGAGCACCCCACCUCUGUGUGUGAUGUAGCUUUCUCUCCCUCAGCCUGCAAGGGUCCGAUUUGCCAUCGAAAAAGACAACCUCUACUUUUUUCUUUUGUAUUUUGAUAAACACUGAAGCUGGAGCUGUUAAAUUUAUCUUGGGGAAACCUCAGAACUGGUCUAUUUGGUGUCGUGGAACCUCUUACUGCUUUCAAUACACGAUUAGUAAUCAACUGUUUUGUAUACUUGUUUUCAGUUUUCAUUUCGACAAACAAGCACUGUAAUUAUAGCUAUUAGAAUAAAAUCUCUUAACUAUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-716.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -751.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 473.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((......))))..(((((((...((..(((((((((.(.((((...((((((.((((((((((((((.((((.((.(((((((((....(((((((((((((((((((..(((.(((((((..(((((.(((...)))))))).))))))).)))..)).))))))........(((.(((....))).))).(((.....)))(((.....)))..........(((((((((.............)))))).)))(((((...(((((((.((.((.(((....)))..))))))))))).......)))))......)))))))))))((.((((((((((((((.(.(((..(((.......(((((((.((((((((((((((((((.....((.((((((((((((((((...(((..(......)..)))......))))))).((((.....(((...(..(((((.(..(((((((..((.......((((.(.(((.....((.(((((.((((((........)))))).)))))))......))).))))).......))....))).))))..).)))))..)...)))..)))).........))))))))).(((((..((((((((((..(((((((((.(((.((.(((.(((.(((((((((.(((((.....))))).))(((...((....((.(((((..(.((......)).)..))))).))....))....)))...)).))))).)))...))))).))).)))))..(((((((((((((((((((..(((...((.(((.(((((...))))).)))))......((.((((.......)))).)).(((((.(((((.....))))).)))))......)))..)))))))))))))))))))((((((.......((((((((((((((...))))))))......(((.....)))....)))))).(((........))).(((((.(((((...))))).(.(((((.((((((((((((((((((.....(((.(((.((......)).))).))).....))))))))))))...))).))).))))))..(((((((.....)))))))......(((((....)))))..........(((....))))))))))))))....))))....))))))))))))))).((((.((((.((((((((...))))))...)).))).).))))((((....))))((((...(((((.((....)))))))))))...))......))))))))..)))))))).)).))))))).......)))))).).)))))).)))))))).)).((((...(((((((...)).))))).))))....((((((((((.(((.............))).))))..((((((..((((((..((((.(((.(((...))).).)).))))..))))))..)))))).....(.(((((((.(((((((((((....))).))))))))((.......))..))))))).)...))..)))).))))))))))).).))).).))))))))(((((((..((((.....).)))..)).)))))))))))))))).))))...).)))))...)))).)).....((((..(((((((((.....(((((......)))))....)))).))))).)))).......(((.(((....))).)))(((((((......((((..(((((.(.......).)))))..)))))))))))........)))))))...(((((((...(((........))))))))))..........((((.((..(((......)))..)).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((,{({{....}}||..||....|,,.,,..{((((((((.(.((((...((((((.((((((((((((((.((((.((.(((((((((....(((((((((((((((((((..(((.(((((((..(((((,,({...)))))))).))))))).)))..)).))))))........(((.(({....})).))).(((.....}))(((.....)))....,,,...{((((((((....{,....,,.)))))).)))(((((,..(((((({{((.,{.(((....)))..,,))))))))).......)))))......)))))))))))((.((((((((((((((.(.(((..(((..,,...(((((((.((((((((((((((((((...{{(,.,(((({(((((((((({.{(,,..,......|{{|,|...,{{|||||({{(((({.,..{.{.{{((.(((...{..((((((({{(...)))})),{,.,.||}}}}..|,}||,||}|||,,|,}}}}})}|||||,{|||,},,,,},..)))}},,,,.....,)))}}}}}||,))))..,..,.,.....,{|||{||||||...,....}}}},,})}.(((((,.{(((((((((..(((((((((.(((.(({{{({(({.{{{{{,((.{((({{,{(((|,,,,.,)||||}}||..||{(.(((((..(.({......}).}..))))).}},..||}}..,|||..,{..,},,),))),..,}))).))).))))),.(((((((((((((((((((..(((..,{{.{{{.({(((,..})))).}}||||{,..,{{{|},}.)}}|{{{||,,,,)}||||.,((((.....})))),)},........)))..)))))))))))))))))))((((((.......(((((({((((((.....,}))))),......{{..,,.,,..}}})))))).(((........))).{((((.(((((...))))).{.(((((.((((((((((((((((((.....(((.{({.{(,,...,)).})}.))).....))))))))))))...)))}}}).))))),..{((((({.....)))))))..,,,{({({{....)))),..........(((....)))))))}))))))....))})....))))))))))))))),||||}||||}||((((((...)))))),..,))})))))))))||||,,}.}|||({{{...(((((.((....)))))))),,,...}}.....,))))))))..)))))))).)).)))))))....,}.)))))).).))))))})})))))).)).((((...((((({{...}).))))).))))....(((({{((((.(((.............))).))))..((((((..((((((..((((.(((.(((...))).).)).))))..))))))..)))))).....({(,(((({,(((((((((({....})).)))))))),,......}))}.)))}))).}...}}..)))}.))))))))))).).))).).))))))))(((((((..((((.....).)))..)).)))))))))))))))).))))...).)))))...)))}..{{{{,{({{,..{{{{{{{||,.,..{{{{(.....,|||}|,,,,|||}.||||},}||}.......{{(,((({...)))}))}||.||||},,}}}}}||.,{{{{{.,....,,,}.}},}}{(({(.{{,{(((.....))))}),)))}}.(((((((,{.{,,........)),)))))))..,,{,....||||.||..|||......,)),.,,.}},,..,.
Back