Basic Information

Symbol
ARID5A
RNA class
mRNA
Alias
AT-Rich Interaction Domain 5A MRF-1 Modulator Recognition Factor 1 RP11-363D14 AT-Rich Interactive Domain-Containing Protein 5A AT Rich Interactive Domain 5A (MRF1-Like) ARID Domain-Containing Protein 5A MRF1 Modulator Recognition Factor I RFVG5814
Location (GRCh38)
2:96536717-96552638
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_212481.3
Sequence length
2181.0 nt
GC content
0.6414

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-965.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -999.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 548.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001319085.2 NCBI
AUCUCAGAGAGCGCGGGGUCCGGACAGCCGCGCGCUGAGGGUCUCGGGG… 2343 nt 0.6470
NM_001319087.2 NCBI
AUCUCAGAGAGCGCGGGGUCCGGACAGCCGCGCGCUGAGGGUCUCGGGG… 2340 nt 0.6470
NM_001319092.1 NCBI
GUCUUGGGCCAGUAAGGAGUGCUCCGCGGGCCCCAGGGGAGGACAACAG… 2560 nt 0.6320
NM_001319093.2 NCBI
AUCUCAGAGAGCGCGGGGUCCGGACAGCCGCGCGCUGAGGGUCUCGGGG… 2039 nt 0.6405
NM_001319094.2 NCBI
AUCUCAGAGAGCGCGGGGUCCGGACAGCCGCGCGCUGAGGGUCUCGGGG… 2150 nt 0.6414
NM_001319096.2 NCBI
AUCUCAGAGAGCGCGGGGUCCGGACAGCCGCGCGCUGAGGGUCUCGGGG… 2042 nt 0.6405
NM_212481.3 NCBI
AUCUCAGAGAGCGCGGGGUCCGGACAGCCGCGCGCUGAGGGUCUCGGGG… 2181 nt 0.6414
Summary

Members of the ARID protein family, including ARID5A, have diverse functions but all appear to play important roles in development, tissue-specific gene expression, and regulation of cell growth (Patsialou et al., 2005 [PubMed 15640446]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that the ARID5A mRNA expression in contused skeletal muscle was significantly higher than controls at multiple time points from 4 to 48 hours post-injury and was incorporated into an optimized "up, no change, or down" model for wound age estimation, which achieved an internal validation accuracy of 0.71 [Dang et al. DOI:10.1007/s00414-020-02411-z]. A subsequent rat study confirmed its time-dependent expression pattern within 24 hours post-injury and further showed that ratios involving the ARID5A expression (e.g., Arid5a/Ier3, Arid5a/Lcp1) provided distinct temporal information, improving the accuracy of multiple prediction models for wound age estimation when used as additional input variables [Li et al. DOI:10.1007/s00414-023-03095-x].