Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001319094.2
Sequence Length
2150 nt
GC Content
0.6414
AUCUCAGAGAGCGCGGGGUCCGGACAGCCGCGCGCUGAGGGUCUCGGGGCGGGCGCCGCGGGACCUCUCCGGGCCAUGGCAGCCCCUGUCAAAGGGAACAGGAAGCAGUCCACGGAGGGUGACGCCCUAGACCCACCUGCAUCCCCCAAACCUGCUGGCAAGCAGAACGGAAUCCAGAACCCCAUCUCGCUGGAGGACUCCCCCGAGGCAGGCGGGGAGCGGGAGGAGGAGCAGGAGCGGGAGGAGGAGCAGGCCUUCCUGGUCAGCCUCUACAAGUUCAUGAAGGAGCGACACACGCCCAUCGAGAGGGUGCCCCAUCUCGGCUUCAAGCAGAUUAACCUGUGGAAGAUCUACAAAGCAGUGGAGAAGCUGGGGGCCUAUGAGCUGGUGACCGGGCGCCGCCUCUGGAAGAACGUGUACGACGAGCUGGGGGGCAGCCCAGGCAGCACCAGCGCGGCCACGUGCACGCGCCGCCACUACGAGAGGGGGAGGAUGACAAGCCGCUGCCCACCUCCAAGCCCAGGAAACAGUACAAGAUGGCUAAGGAGAACAGGGGGGAUGAUGGGGCCACCGAGAGGCCGAAGAAGGCCAAGGAGGAGCGGCGCAUGGACCAGAUGAUGCCAGGAAAGACCAAAGCAGAUGCUGCUGACCCAGCACCACUUCCCAGCCAGGAGCCCCCCAGGAACAGCACAGAACAGCAGGGCCUGGCCUCUGGGUCUUCUGUGUCCUUUGUGGGUGCCAGCGGCUGUCCUGAGGCCUACAAGCGGCUCCUAUCCAGCUUCUACUGCAAGGGGACACACGGCAUCAUGUCACCACUGGCCAAAAAGAAGCUCCUGGCCCAGGUGAGCAAGGUGGAGGCCUUGCAGUGCCAGGAGGAGGGCUGCCGCCAUGGGGCAGAGCCCCAGGCGUCCCCAGCUGUUCACCUCCCAGAGAGUCCCCAGAGCCCCAAAGGGCUGACUGAGAACUCCAGGCACCGGCUGACCCCUCAGGAGGGAUUGCAGGCCCCAGGUGGCAGCCUCAGAGAGGAGGCGCAGGCAGGCCCCUGCCCGGCAGCCCCCAUCUUCAAGGGCUGCUUCUACACCCACCCCACCGAGGUGCUGAAGCCUGUCAGCCAGCACCCCAGGGACUUCUUCUCUAGACUUAAAGAUGGGGUGCUAUUGGGGCCUCCUGGCAAAGAGGGGCUGUCAGUGAAAGAGCCCCAGCUGGUGUGGGGCGGAGACGCUAACCGCCCUUCUGCGUUCCAUAAAGGUGGCUCCAGAAAGGGCAUCCUCUACCCCAAGCCCAAAGCCUGCUGGGUGUCCCCCAUGGCCAAGGUCCCAGCCGAGAGCCCCACGCUCCCGCCCACCUUCCCCAGUAGCCCAGGCCUGGGCAGCAAGCGCAGCCUGGAGGAAGAGGGUGCUGCCCACAGUGGGAAGAGACUGCGGGCCGUGUCUCCCUUUCUUAAGGAGGCGGAUGCCAAGAAGUGUGGGGCCAAACCUGCAGGGUCCGGCCUGGUCUCCUGCCUUCUGGGCCCAGCCCUGGGGCCUGUGCCCCCAGAGGCCUACAGGGGCACCAUGCUGCACUGCCCGCUGAACUUCACUGGCACCCCGGGCCCCUUGAAGGGCCAGGCUGCACUCCCCUUCAGCCCCCUGGUCAUCCCGGCCUUCCCGGCCCACUUCCUGGCCACCGCAGGCCCCUCGCCCAUGGCCGCUGGCCUGAUGCACUUCCCCCCAACGUCCUUCGACAGUGCCCUCCGCCACAGACUUUGCCCGGCCUCAUCUGCCUGGCACGCACCACCAGUCACAACCUAUGCAGCGCCCCACUUCUUCCACCUCAACACCAAGCUGUAGGCCAGCCCAUGGUGUUGUGUACACUGUGGAGUCGACAGGGGCCUACAACAGGCAGGUACUGCUGCCAGGGGGCUCUGAACUAGUGCCUGCUACCCAGGACACCCGGGCCAUGCCCCUGGCUGGGCAGCCUGGCACAAGUGAAGAAGAAGGCAGUGGGAAAACUGGGUUUAUCUCAAGGCAGCAGCCUGAGCCCAGGAGCAGAGGACCCAGUUGUUAUAAGGCGCUGGGAGAGGAUGGGCAGCUCCCACUGCCCCAGAGCGGAGCUCGAAGCACCCAGGUUGCCCACGGAAAAUCCAAUAAAAAGACACCAGUGUGAAUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-949.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -983.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 570.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((..((((((.(((.......))).))))))((((((((((.(((....))).))))))).)))((((((((((..((((((((...(((.....(((.....)))..(((((((...(((((...(((.(((((.(((.((....(((((....))))).......(((.(..((((.(((.(((((.((....))))..)))))).))))..).))))).))))))))...)))...))).))..))))))).((((((((........(((.(((.((.(((.....))))).))).)))((((((...((((((((((..((((......)))).)))).........((((((((..(((((((((((.....(((((((.(((((((((.(((.....((..(((.....)))..))))).))).)))).))...)))))))(((((..((....)).))))).........(((...(((((....(((((((((((((((((.((((..................))))..))))....((((((....(((((...))....((((......))))..((.((((.((.((.(((..(((....(((..((.....))...))).......)))..))))).)).))))))..)))....))))))(((....((((((((...((((((...))).)))....)))))))))))..)))))...)))))))))))))....)))......)))))....))))))))))))))..((((((....(((((....(((((...(((((............)))))..)))))(((((((....))))))).))))).((((((.(((((.((((.((((((...))))))))))....))))).)...)))))......))))))..(((((....)))))..))))))......))))))))))))))((((.((.(((...(((((((((((((((..(((.((((((((((((.(((((.((.((((((.((((((((((((((((.((((((((((((..(((((........).))))..))))).....))))........(((((.....)))))...))).))))))))).)))..((((((((..((((.....((((((...........)))))).((((((.(((((.((((.........(((((((((.(..((((....))))..)))).))))))...)))).))))).)))...)))....((((.....))))..))))))))))))))))...((((((((((..(((((..(((((((((..(((((....))))).((....))...)))).))))).)))))..((((.((((........)))).)))).((((((.(((((.....))))).)))))).....)))))))))).......)))))).)).))))))))))))...)))))))))))..)))))))))))).))))).))))))))))))))).))))).......)))))))))....((((((....((..((.(((....((((((((((((.....((((.((...((((((..(((((((((((..((((........))))....((((((....(((...)))....)))))).........(((((...(((....))).(((........))).((((.((((.(((.......))).)))).........))))........((.((.(((((.....(((((((.((((((((.((((.....))))...)))))))).)......))))))......))))))).))...(((((......))))).))))).(((..(((.(((((.(((.(((((..((...((((...)))).)).))))).)))..))))).)))..))).))))))..)))))..)))))).....)).))))..)))))))).))))))).))...)).((((((.(((....)))))))))......(((((((((.....(((....((((...))))...)))....))))))))).(((...)))............))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{((.,.((((((.(((.......))).))))))((((((((((.(((....))).))))))).))).((({{(((((.(((((((((...,,(,,{.(((.((.(.(((.(((((((...(((((...(((.(((((.(((,((....(((((....))))).......(((.(..((((.(((.{(({(.((....))))..)}}))).))))..).))))).))))))))...)))...))).))..)))))))))}.).}),)))....}|||.,{,.((.(((.....))))).}||{|||((,..))).}||||{((((..((((......)))).}},,.{((((......|}}}||||||||||((((({(.{(((((((...(((((((.((({....((..(((.....)))..))))),))).)))).(((.((.{..(((((....)))))..).)).))).......((((,((((((.{....({{(((((....((((.((((...,.............,))))..))))....(((((((.({.((((((..((.(.((((((((..((((..(((((..(((.(.((,((((((..,.((((((..(((..,..,(({{.,{||{||{...)))),.|,{{{..,.(({{(({((,,({{({(,,..(({{{{{,,,,({(((({{{|}|,|||||..,}}|||||,{|||,||||.({{((.((,((.{.{{,,(((.....|.||||||{...|||},..,.))),.}})))}},}..|||{|},.,{||||.,,|||{{.......,}},,))))}..))))}(((((((....))))))).|||||,(({(({.(((((.((((.((((((...))))))))))....))))).),,.)))))..|.{(((.{.((((((((....)))))..))).).))))},)))}),,}}}}...((((.((.(((...(((((((((((({((..(((.((((((((((((.(((((.((.((((((.((((((((((((((((.{(((({(({{{{..{{{{{........}.))}|,,|}}}|.....}))),,,,||,,{|||{.....}}}}}.}.})}.))))))))).)))..((((((((..((((...,.(((({............,||((((((.(((.,,(((((({(,.,......(((((((((.(..((((....))))..))))}}}))))...,}}}.}}},..))))...))).)))))).}))))))...)))))))))))))))).{.((((((((((,,{((((.,(((({........(((((,,((.((.....)).)))))))),|||||.|||||{.((((.((((........)))).)))).|||{{{|{|||},,.,}))}))}))..,}...}.)))))))))),......)))))).)).))))))))))))...))))))))}}}.,)))))))))))),))))).)))),,,.|||||||,,}..},}},.,)))}},}))..)))..))))))....,((({{..,,,,|||}},({,{{..,,.,,,}}))))),.)))))))))))).,))))).))))..))))..)))).)))..))))))))((.{,.((((...))))}}..))...)))))))...(((....))).{{{|,,,..},}}}.{{{,.((((.(((.......))).)))).........})}}.........))))))),,,.,,)))))),)}}|,,|||||.||||}}}}})}||{{{||||||,,...}}})))))),},.)))))))))........((((({{,{{{}}}}|{(,,|||.|||...}))}))))})).,((.((...,)})))))))))))|{|{.((((((((((((.....{{{........((((((((((...((((({,,..,{{.{(((....))))))))))))..,{......((((({,(({....)))))))))......,,.,}...))))))))))...((((...))))....))})))))))))))).(((...)))............})})},})}.....
Back