Basic Information

Symbol
ARNT
RNA class
mRNA
Alias
Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator BHLHe2 HIF-1beta ARNT1 Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 2 Hypoxia Inducible Factor 1 Subunit Beta Dioxin Receptor, Nuclear Translocator HIF-1-Beta HIF1-Beta Hypoxia-Inducible Factor 1, Beta Subunit Hypoxia-Inducible Factor 1-Beta ARNT Protein HIF1BETA BHLHE2 HIF1B TANGO
Location (GRCh38)
1:150808617-150876771
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001668.4
Sequence length
4710.0 nt
GC content
0.4622

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1468.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1558.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1480.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001197325.2 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4662 nt 0.4614
NM_001286035.2 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4751 nt 0.4628
NM_001286036.2 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4704 nt 0.4624
NM_001350224.2 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4745 nt 0.4622
NM_001350225.2 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4744 nt 0.4616
NM_001350226.2 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4741 nt 0.4615
NM_001668.4 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4710 nt 0.4622
NM_178427.3 NCBI
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGC… 4665 nt 0.4615
Summary

This gene encodes a protein containing a basic helix-loop-helix domain and two characteristic PAS domains along with a PAC domain. The encoded protein binds to ligand-bound aryl hydrocarbon receptor and aids in the movement of this complex to the nucleus, where it promotes the expression of genes involved in xenobiotic metabolism. This protein is also a co-factor for transcriptional regulation by hypoxia-inducible factor 1. Chromosomal translocation of this locus with the ETV6 (ets variant 6) gene on chromosome 12 have been described in leukemias. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2013]

Forensic Context

A study in human trauma patients demonstrated that the ARNT (ARNT/HIF1B) was identified as one of 16 overlapping blood transcriptomic biomarkers for the early prediction of multiple organ failure, with models incorporating these transcripts achieving high predictive accuracy (e.g., XGBoost model test AUROC: 0.907 [0.816–0.998]) and significantly outperforming traditional injury severity scores [Duran et al. DOI:10.1186/s13613-024-01364-5].