Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286035.2
Sequence Length
4751 nt
GC Content
0.4628
GGGGUGGCGCGGCGGCGGUGGCAUCUGCGGCCAUGGCGGCGACUACUGCCAACCCCGCCUGAUCUUGGACUCAAGAUUCUCCUGCCUCAGACCCCGAGUAGCUGGGACUACAGAAAUGACAUCAGAUGUACCAUCACUGGGUCCAGCCAUUGCCUCUGGAAACUCUGGACCUGGAAUUCAAGGUGGAGGAGCCAUUGUCCAGAGGGCUAUUAAGCGGCGACCAGGGCUGGAUUUUGAUGAUGAUGGAGAAGGGAACAGUAAAUUUUUGAGGUGUGAUGAUGAUCAGAUGUCUAACGAUAAGGAGCGGUUUGCCAGGUCGGAUGAUGAGCAGAGCUCUGCGGAUAAAGAGAGACUUGCCAGGGAAAAUCACAGUGAAAUUGAACGGCGGCGACGGAACAAGAUGACAGCCUACAUCACAGAACUGUCAGAUAUGGUACCCACCUGUAGUGCCCUGGCUCGAAAACCAGACAAGCUAACCAUCUUACGCAUGGCAGUUUCUCACAUGAAGUCCUUGCGGGGAACUGGCAACACAUCCACUGAUGGCUCCUAUAAGCCGUCUUUCCUCACUGAUCAGGAACUGAAACAUUUGAUCUUGGAGGCAGCAGAUGGCUUUCUGUUUAUUGUCUCAUGUGAGACAGGCAGGGUGGUGUAUGUGUCUGACUCCGUGACUCCUGUUUUGAACCAGCCACAGUCUGAAUGGUUUGGCAGCACACUCUAUGAUCAGGUGCACCCAGAUGAUGUGGAUAAACUUCGUGAGCAGCUUUCCACUUCAGAAAAUGCCCUGACAGGGCGUAUCCUGGAUCUAAAGACUGGAACAGUGAAAAAGGAAGGUCAGCAGUCUUCCAUGAGAAUGUGUAUGGGCUCAAGGAGAUCGUUUAUUUGCCGAAUGAGGUGUGGCAGUAGCUCUGUGGACCCAGUUUCUGUGAAUAGGCUGAGCUUUGUGAGGAACAGAUGCAGGAAUGGACUUGGCUCUGUAAAGGAUGGGGAACCUCACUUCGUGGUGGUCCACUGCACAGGCUACAUCAAGGCCUGGCCCCCAGCAGAUGAUGACCCAGAGGCUGGCCAGGGAAGCAAGUUUUGCCUAGUGGCCAUUGGCAGAUUGCAGGUAACUAGUUCUCCCAACUGUACAGACAUGAGUAAUGUUUGUCAACCAACAGAGUUCAUCUCCCGACACAACAUUGAGGGUAUCUUCACUUUUGUGGAUCACCGCUGUGUGGCUACUGUUGGCUACCAGCCACAGGAACUCUUAGGAAAGAAUAUUGUAGAAUUCUGUCAUCCUGAAGACCAGCAGCUUCUAAGAGACAGCUUCCAACAGGUAGUGAAAUUAAAAGGCCAAGUGCUGUCUGUCAUGUUCCGGUUCCGGUCUAAGAACCAAGAAUGGCUCUGGAUGAGAACCAGCUCCUUUACUUUCCAGAACCCUUACUCAGAUGAAAUUGAGUACAUCAUCUGUACCAACACCAAUGUGAAGAACUCUAGCCAAGAACCACGGCCUACACUCUCCAACACAAUCCAGAGGCCACAACUAGGUCCCACAGCUAAUUUACCCCUGGAGAUGGGCUCAGGACAGCUGGCACCCAGGCAGCAGCAACAGCAAACAGAAUUGGACAUGGUACCAGGAAGAGAUGGACUGGCCAGCUACAAUCAUUCCCAGGUGGUUCAGCCUGUGACAACCACAGGACCAGAACACAGCAAGCCCCUUGAGAAGUCAGAUGGUUUAUUUGCCCAGGAUAGAGAUCCAAGAUUUUCAGAAAUCUAUCACAACAUCAAUGCGGAUCAGAGUAAAGGCAUCUCCUCCAGCACUGUCCCUGCCACCCAACAGCUAUUCUCCCAGGGCAACACAUUCCCUCCUACCCCCCGGCCGGCAGAGAAUUUCAGGAAUAGUGGCCUAGCCCCUCCUGUAACCAUUGUCCAGCCAUCAGCUUCUGCAGGACAGAUGUUGGCCCAGAUUUCCCGCCACUCCAACCCCACCCAAGGAGCAACCCCAACUUGGACCCCUACUACCCGCUCAGGCUUUUCUGCCCAGCAGGUGGCUACCCAGGCUACUGCUAAGACUCGUACUUCCCAGUUUGGUGUGGGCAGCUUUCAGACUCCAUCCUCCUUCAGCUCCAUGUCCCUCCCUGGUGCCCCAACUGCAUCGCCUGGUGCUGCUGCCUACCCUAGUCUCACCAAUCGUGGAUCUAACUUUGCUCCUGAGACUGGACAGACUGCAGGACAAUUCCAGACACGGACAGCAGAGGGUGUGGGUGUCUGGCCACAGUGGCAGGGCCAGCAGCCUCAUCAUCGUUCAAGUUCUAGUGAGCAACAUGUUCAACAACCGCCAGCACAGCAACCUGGCCAGCCUGAGGUCUUCCAGGAGAUGCUGUCCAUGCUGGGAGAUCAGAGCAACAGCUACAACAAUGAAGAAUUCCCUGAUCUAACUAUGUUUCCCCCCUUUUCAGAAUAGAACUAUUGGGGUGAGGAUAAGGGGUGGGGGAGAAAAAAUCACUGUUUGUUUUUAAAAAGCAAAUCUUUCUGUAAACAGAAUAAAAGUUCCUCUCCCUUCCCUUCCCUCACCCCUGACAUGUACCCCCUUUCCCUUCUGGCUGUUCCCCUGCUCUGUUGCCUCUCUAAGGUAACAUUUAUAGAAGAAAUGGAAUGAAUCUCCAAGGCUUUUAGGACUGUCUGAAAAUUUGAGGCUGGGUGAAGUUAAAACACCUUUCCUUAUGUCUCCUGACCUGAAAUUGUAUAGUGUUGAUUUGUGCUGAGAUCAAGAGGCAGGUUAGAAGAACCUGACAUCCACUGUUUGCCUUGGAUAGUAUGGCUUGUUUUUGGAAAGAAAUUCUGAAGAGAGUGGAGGAGAGGAGAAAUGUCCUCAUAUUUGAGGACCAUGAAACAUUGUAGGUAUAUAUGGGGCUUUAGCAAGUUUGAGCAUAGGCUCUUUUUGCUGCCUGUGAGCAGUCCCUCUGGAAAGAAACAUGUGAGUAAGUGAGAGAGAGUGUGUGUGUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCGCACACAUGCUUCUGUAUUUCACUCUUUCUCCCUAUUAGGGAGUUAUGCAAAAUUUGUCCCCGAUUUUACCUUUGUCUUUCUGUGUACUUUUCAAAGAGUCCUAAGGAGUUAAAUCUUCCAGGUAUUUUCCACUUAGUAUUGCAGCCAAAGAAUAUUUAAAUAAACGUCUUUGCUGCGCUUGCAUCCAUGCCCAGCCAAUAUACAACUGUAAAGCAAAUAUAGAAAGUCGGCUGUUGAUACGAUUGUCUGUUAUCGAACACAUUCAGUGAUAAAGCUGGGUUACUGCUGCUUUUGGUGCUCUCACCUUAUCUGGAAGAUCUGCAAACAUUACCUAAAUAGGCUGGCAAGAUAAACACUUUCUGGAACCCGAGACUUGGCCAUAAAGAUAAUGCUGCAUUUUUCUGUCAGAAUCACAUAUGAUGUGUGUUCUGUAGAGGUUAUUUCUGCAUGGAAACUCAACUUCUUGGAUUAGCCGUCCCAGUGAAAAUCCUCAUUGUUGGAGUGUAAACCAAAUACGAAGCCCUCUUGCAAAGUAGCCUCUUUCAUCCCAUACUCAAAAUACCCAGUUUAGCAAGCAACUGAGAUUUAAGUCUCUCUGGCCCUAAGAGGUUUUUCCUCUUUGCUCCCUCCAAUCUUGAGAUUGGGUUUUGCUUUAGAGUGCAAGUAUCAUAAUUCCGUAUGAUAGAUGGGGCCUGGACACCCAUCUCAACAGGGUCACUUGGUAAUUAACAAUAGCCAUAUAAAUGCGGAUACAGGUUACUACCCUCACCCUUUACCUUCCUCAGGUAACAGUCGUAGAUACCAGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAUUGGCUUUGGCCAGUAGCUAAAGUGCAAGACUGAAUUAAUGAGAAGAUAUAUUAAAUGUAGUCAUAGGGGACUGAGGAGCAAGGGUGGCCUUGAAGAGGCCAAAGGAAUGUCCAUUUGCUGAGUUUCCCUUCCUUAUGUCUCCAGUCUGGUGCCAGGUAGUGGAGUAAAAAAGGAGACAGUUUAUUUUUUUAUUCUAUGUGCACACUUACAGUAUACAUAUAUAUUUAUAUCACAAUUUACGAAACCAAAAAGUUGAGUUUCCAAUGGAACCCUUGUUUUUUAAUAAUCGACUUUUUAAAUGUGAUCAGGACUAUAAUAUUGUACAGUUAUUAUAGGGCUUUUGGGGAAGGGGAGGAUAGCGAGAAGAUGCUCUGGGGGUUUUGUUUUUGCUUUUCCUUCAGGGUUUUAUUUUUGACUGUUUUGUUUUCUUGUUGGCCAUUUCUGUAUUGCUGGCAUCUGUGCUAAGCUUUACAGUGGCAAAAAUAAUGACAUGUAGCAAAGAUUUUCAAACAAAAUAUUUUUUCCUUUUGUAAAAUUUCUUGUGUUGUGUGAUCUUGAUUGCGGCUUUAUCAUUCCUUUCCAGUUCAUAAACAACAGGCACCCACAACCAGAGGAAUCUAUAGUUUAAGCUCCAGACAUACAAACAUAAGGCACAUUGUGUCUUUAAUUUCAGGAAUCAGAAAUCAUAGGGUUCUGAUCACAUUGCACGCCUCCCCCCUCACUUGUCCUCCUGAUCCUGACACAUUCUGAGUAACAUCAGCAGGAAUGCUCUGACCAUGAGGUGGGGGUUUUGGGGUGGGCGUUGCCUGGGUUCUUGGGAGAGAGGGGAAGAGUCGGGACUUGAAAACCACUAGGGCACAUCUGGAUGCCUUCCCCCAGUAUGUCCUUUUCUGGAUUAAAAUGAGUGAAAUUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1487.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1575.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 1364.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((.(((((.(((((((...(..(((.....)))..)...)))).)))))))).(((((((....)))))))(((((.(((((((.(((.(((((((((((((.(((..(((((((...))))..)))..))))))))........((((((((..((((..((((........))))...))))......))))))))(((....)))(((.((((((.(((((.......(((...((.((((((((((((((((....((.((.((((....)))).)).)).........(((((..(((((...(((....)))..))))))))))..(((((.(((((((((((........((((.((((....((((((.(.((.(((((((..(((((.((((.....((((.((...((((((((..((((((((((....((((((((........))))....(((((.....))).)).((.(((((((((.((.(.....).)).))))))))).))...........(((((((......)))))))...((((...((((((............))))))...)))).((((((......))))))...((((((....)))))))))))))))).)))).)))))))))).))))....(((((((..((((((.((((((..((.((((((..((((.((........))))))..)))))).))(((((....((.(....).))...)))))(((((...(((((((...)))))))...))))).....))))))............(((((.((..(((((((((((((((..(((((.(((((((...)))...((((((((((.(((((.(((.(.((((.....)))).))))))..))).))))))))))((((((((((..((.(((((..((((......))))..))))).(((((.((....)))).))).((((....)))).((.((((((.......))))))))..(((((...((......))...)))))...(((((((.(((..(((((.((((((...)))....))))))))))).))).))))...((.((((((((.....)))))))))).)).))))))))))...)))))))))....(((((((((((((((....))))).....((((.(((((((....)))))))))))....((...((((((((.(((((........)))))....))))).)))))(((((((((((((.(((.((((...(((((((((((((....((((((..(((.(((((..((((((.((((((..(((((.((.(((....))).)))))))..)))))..((((((((((((((((((.......(((.((....(((.(((((.....)))))))).....)).))).....(((..((((((((...(((((((...........((.(((((((.(((...(((((..................)))))...))).)))(((.((((.((((((.((((.((((.....(((..(((....((((((((..(.((((.(.((((((((((..((((.............(.((((((..((((((.....))))))....)))).)).)(((((..((((....))))..)))))....((((.((((....)))).((((((....))))))......(((((((((.(((...((((...(((((((...((((((((((((.(((........((((........((((.........))))..........(((.(((((.(.....(((((...(.(((...)))).)))))....).))).)).)))...))))...))))))))).))))))...)))).....))).............(((((............))))).......(((((.(((..(((......))).))).))))).......(((....)))...)))).....)))))..))))))))))))))).))))..)))))))))))...)..))))))))....))).))).....))))...)))))))))))))))))...(((((((((........(((.(.......).)))))))))))).......(((((..(((.(((((...(((.....(((((.(((.(((((..((((...)))).((((.....))))............(((((((.((((((...)))))).......(((((((((((.(((((...(((...)))...)))))...))))))....))))).((((((((((....)))..................))))))).........................)))))))...(((((((((..((((((.(((((((...........(((((((((...)))))))))..(((((....))))).........))))))).)))))).))))))))).))))).))).))))))))..)))))..)))..)))))..((((((((.....)))))))).............)))).))....((((((((.....(((.((((........(((((..(((((.........)))))..)))))..(((.((((((((...........(.(((((((......))))))).)..)))))))).)))....))))))).......))))))))..))).)))).))))))))..)))..)))))..))))))))))))).........(((((((....)))))))...).)))).))..)).))))))..)))))).........((((....)))).))))))))))))))))).))).)).))))).....((((.(((((((((((((((((((.(((.....((((((((((((......)))))))))))).....)))..))))))))))).......((((...((.....))...)))).(((((.(((((((...((((.((.......)).))))...))))).)).))))).....((......))..........(((((.(((((...((.....))...)))))))))))))))).))))))((((((...(((.((.(((..........(((((.(((((..........))))).))))).............))))))))..)))))).....))))))...)))))))))).))))..))))))).))))..)).)).))).....)))))))))))))....((((.(((...((((...))))))).)))).....))))))))))))))))((((.((((((...))))))))))..(((((((((((.((((.(((.......((((((((.((.((..(((((((((......))))))..)))..)).))))))....))))...))))))))))))))))))....................))).))))))......)))).))))))))))))))).(((((((((((.....))))))((((((.(((((((....))))))).(((((........)))))..(((...((((.(((((((((((((.........)))))))....(((((....((((((((.......((.........)).......)))))))).....)))))((((((.....))))))(((((...(.(((.((((...................((((((....))))))))))...))))..)))))..((((((........)))))).....)))))).)))).))))))))))))))((((((...)))))).......)))))))))))))...))))))))))...)))))))))))))))))..(((((((((((((((((...........)))))))))))))).))).....((((((((.....(((((((..((((((.((((........(((((((((.........(((((....))))).......)))))))))))))))))))..))).))))))))))))))))))))...)))..))))))).)))))(((((((((((((...((((((((((....((....))....))))))))))....)))))).)))))))((((((..(((.((((...(((((..(((((((....)))).)))..))))))))).......((.(((((..(((((((((((((((.((((....))))...)))).))))))).))))..))))).))........((((((.....((((((((...((((..(((..(((((((((((..((((((...(((..(((....)))..)))...........(((((((...)))))))........(..(((((((.((....)))))))))..)..........((((((((((...(((.......(((((.......((((......))))))))).......)))..))))).))))))))))).)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))).)))..))))))..(((((.....))))).))))..))))((....((((......)))).....)).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({((((.(((((.(((((((...{..(({...,,}))..}...)))),,))))))).{((((((....))))))}{((((,((((((({(({.{(({(((((((((.(((..(((((((...})))..)))..))))))))|||..,,.((((((((..((((..((((,,....,.))))...))))......))))))))(((....)))(((,{((({{{(((((....{{{,{({{,((,((((((((((((((((.,,.((.((.((((....)))).)).))....,....({(({,,((((({,,{((,,.,|||{.|||||,||}|.|{{{{,.{(((((((((({,,{,,..,,{{.(((({...,{{,{{{{,{{,{(((((,.,{((((.((((.,...((((.((...(((((((({,{(((((((((...,(({{((((........))))....{|||.,,,,,,...}}.{(.(((((((((.((.{.....}.)).))))))))).)}...,,,,....||||||{.....,|||||||{,,((((...(((((({..........,))))))...)))).}|,))))))}},.||||,...((((((....)))))))))))))))).))))}))))))))}}.}}}},,,,(((((((..((((((.(({(((..((.((((((..((((.((........))))))..)))))).))(((((....((.{....).)).,,))))){((((...(((((((...))))))).,.))))}.....}}|}))...,........{(({{,({..(((((((((({,({,,.,{{{..,|{{{{{|,{|||.{{((((((((((.({{{,.(((.(.((((.....)))).})))}}},})),))))})))))|)|,||||{|||{,.(((((..((((......))))..)))))..,{{,,((,...})}}|}}}.|{{|,.,,))}),{{.((((((.......))))))}},,{{((({{.,{.{{{{{||{.{|||||.{{,(((.((((((..,(((,.,,}||{.,,||}{{{.,||||},.,)).)})}},)),..{(.((((((((.....))))))))}}.,,.,|||{{||,..|}|,.,.{{{{{...{({((,...}}}}|,..,})))|}..,,,((((.(((((({....}))))))))))...{(({{(((((.((({((,((,,..,{{{|||||{{{.,,,,|,,||,,||,||||}}}}{{||{{.(((,,,.{{{||{|||{{,.....,||||{..{||}|}}||,||{{||{||(((((..((((,{((.(((....))).)))))))..)))))..(((((((((((((((((,....,,,(((,{{,...|||,|||{,...}})),,,,,,{{,...,})).,,...(((..((((((((...(((({({,,,.{{{{...,,.,{{,(((,(({...(((((..................)))))...))),))}(((.((((.(((((({((((.((((.....(((..(((....((((((((..(.((({,(.((((((((((..((((.............{,((((((.,((((((.....))))))....)))).}}.|(((((..((((....))))..))))}...|{{{{.{(((,{,.,||}.{({{{,...,)}}))),,,...,{{{{,,{(.(({...((((...(({((((...(((((((((((({(((........((((........((((.{.....,,))))..........(((.(((((.{.....(((((...(.(((...)))}.)))))....}.))).)).)))...))))...))))))))).))))))...))))...,.}}}}}}}....,....{{{{|,.|......,..})))).......(((((.(((..(((......))).))).))))).,.,{{{|(({{|||,,,,{,,,,...,,)},))},,})))}))))})))).})))..)))))))))))...)..))))))))....))).))).....))))...)))))))))))))))))...(((((((((........(({.{.......).}}}))))))))).,{{{,.(((((..{,,.(((((...(((.,,,,({(((,({(,{(({(,{(((,,..,|||.{((|.,,,,})),.......,,,,.{(((({,.{((({,...|)}}}}.......(((((((((((.(((((...(((...)))...)))))...)))))}...,))))),((((((({((....))}.,.....,|.,,...,,.)))))))......................,..)}))))}...(((((((((..((((((.(((((((...........(((((((({...}))))))))..(((((....))))).........))))))).)))))).))))))))).))))),)}}.}}}}}}})..))))),})))..)))))}}|||(((((.....))))))}}.,..,,,,,,...||||..,....||||{{{|,,,||(({.((((.,......(((((..(((((.........)))))..))))).,(((.((((((((...........(.(((((((......))))))).)..)))))))).))).,}.))))}}).}})...)))))))).,))}.)))).))))))))..)))..)))))..))))))))))))).}}},....(((((((....))))))),|}|,,|,,,.|.{||{{.,,,|{{||,,...{{{{{{{{.,(({{,|||||{||}}|||||}}}},,)),))|.,||||||,|||.....{,{{|,,{(.(((((((((((.,.{.{,,.({(((((((((({,....))))))))))))....,)))..))))))))))).}),,,.||||}}}||}}.}}))}}}))))}},..,)))}}..,)}))))})}}}.||}}}}.}})}))|||..((({.....,}}}}}||||,,,.,,,....,}},..(((({,(((((...{{.....}}...)))))))))))))))).})}.}),|}))))....{,,..{{{,.........(((((.(((((..........))))).))))),,,.,....,...},))),},..,)))))))},}))))),...}}|}))),))},})}))))))))),))))..}),}).))}.....))))))))))}}}....{{{{.(((...({{{...})))))).}))).....)))))})))))))))|((((,(((((,..,))))})))))}.(((((((((((.((((.(({.......{{{{((((.((,{(..(((((((((......))))))..)))..))}),))))....}}})...))})))))))))))))))..,,,,.},,,,,,......,}|,|||,,,....,,}))).|||}}}})))))}}},{((({,{((((.....)}}}}|((((((.{((((((....))))))}.{((((........))))}.{((({,.,,,,.||||||{((((((.........))))))}....(((((....{(((({{{.......{{{,,.....,)}}}.....}))))}))}},..}||||,,,{((,,,{{||||},(((((.,.,.{,,.((((...................{(((((....)))))}})))...}),}..}}}))..,,|,||}}}}}.,,|||...,},}}}))}}}.}})},})}))))))))))|((((({...)))))),..(({...)))})))))))...))))))))))))}))))))))))))))))).,(({((((((((((((((.{{....,}}.)))))))))))))).})).,...{{{{((({...{{((,,{{|..{{{{{,,{{{|.......{(((((((((,,{{{....|||||...,|||,,..,,,,,))))))))))}||||||}|,{|||.|||||||}}}}}}}}})))),,.}||,.,}|||||.}||||(((((((((((((.,.((((((((((....((....))....))))))))))....)))))).))))}}|(({|||,,{{{.((((...(((((..(((((((....)))),}))..)))))))))....,,,|{}||{{{,.(({{((((((({{{(,((((....,}}}...)))),))))))),||||{{|||||{,|{{.,,,,,{(((({{.,.{((((((((,.,(({{..{{{..{{|{{{{{{{{..{{|||||},|,{..|||,...)})}.)))},},,,,,,,,|{(((((...)))))},........{..((((({{{((....)))))))))..).,,,,..,||||({|({|||...|{{,....,.{{{{{.,.,...((((......))))})))}....,,.))),.})))).)))))}}}})),))))).,.)))))).))),.})))})})}|||||||}|||}{||,.{|},,,|{.,,{||..,..))),),),,)}}))))|{....((((......)))).....}}.,,..........
Back