Basic Information

Symbol
ASIC1
RNA class
mRNA
Alias
Acid Sensing Ion Channel Subunit 1 Amiloride-Sensitive Cation Channel 2, Neuronal BNaC2 ACCN2 Acid Sensing (Proton Gated) Ion Channel 1 Acid-Sensing Ion Channel 1 Brain Sodium Channel 2 HBNaC2 Cation Channel, Amiloride-Sensitive, Neuronal, 2 Acid-Sensing (Proton-Gated) Ion Channel 1 Acid-Sensing Ion Channel 1a Protein BNAC2 ASIC
Location (GRCh38)
12:50057548-50083621
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001095.4
Sequence length
3886.0 nt
GC content
0.5813

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1546.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1614.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 755.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001095.4 NCBI
CCCCCUCCCCUCCCGCCGCCUCCCGGCCGGACGAUGGAUCCCUGCAGAU… 3886 nt 0.5813
NM_001256830.2 NCBI
ACACUGCCACAGAGGCCCUGGUGAGGAAGGACGGCCAGCUGGGCUGAGA… 3823 nt 0.5674
NM_001412756.1 NCBI
CCCCCUCCCCUCCCGCCGCCUCCCGGCCGGACGAUGGAUCCCUGCAGAU… 3979 nt 0.5808
NM_001412757.1 NCBI
ACUCCCAACAUACACACAGCCUGCGCUUAUGUGAGAACUGGAGACACCC… 3618 nt 0.5605
NM_001412759.1 NCBI
AGCUCCCGCUGCCUUAGCUGCUUCCUUCUGGAAAUCAAUCUACUUCCCC… 3374 nt 0.5575
NM_001412760.1 NCBI
AGCUCCCGCUGCCUUAGCUGCUUCCUUCUGGAAAUCAAUCUACUUCCCC… 3292 nt 0.5571
NM_001412761.1 NCBI
AGCUCCCGCUGCCUUAGCUGCUUCCUUCUGGAAAUCAAUCUACUUCCCC… 3371 nt 0.5574
NM_001412762.1 NCBI
AGCUCCCGCUGCCUUAGCUGCUUCCUUCUGGAAAUCAAUCUACUUCCCC… 3289 nt 0.5570
NM_020039.4 NCBI
CCCCCUCCCCUCCCGCCGCCUCCCGGCCGGACGAUGGAUCCCUGCAGAU… 4024 nt 0.5815
Summary

This gene encodes a member of the acid-sensing ion channel (ASIC) family of proteins, which are part of the degenerin/epithelial sodium channel (DEG/ENaC) superfamily. Members of the ASIC family are sensitive to amiloride and funct ion in neurotransmiss ion . The encoded proteins funct ion in learning, pain transduct ion , touch sensat ion , and development of memory and fear. Alternatively spliced transcript variants have been described. [provided by RefSeq, Feb 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ASIC1 mRNA expression was significantly reduced in the brainstem of animals subjected to carbon dioxide intoxication, combined high CO2/hypoxia, and hypoxia due to oxygen deficiency compared to controls, but it showed no significant differences between these experimental conditions, indicating it is not useful for differential diagnosis of these specific causes of death [Yatsushiro et al. DOI:10.1007/S12024-025-00981-1].