Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001412756.1
Sequence Length
3979 nt
GC Content
0.5808
CCCCCUCCCCUCCCGCCGCCUCCCGGCCGGACGAUGGAUCCCUGCAGAUCCCAGGGCUGAGAGCACCGCGCACCGCGCCGAGCCCGGGCAGACCGAGCCGAGGCGAGCGAGCCAGCGAGCCAGCGCGCGCGGGCGGGCGGACAGAUCGGAGCCGAGCGGGGCCGGGCGGGGCGCUCCCUGCAGGGCUCUGCGCGGCGUGCCGCGGCGGCCGCGGGCUCCGGCCCCGGGCCAUGAGCCCCUCCGCGACUCGGCGCUGAGCCCGCCACCGGUCCAGCGCCCCAGGACCCGCCGCCGGCUGCCGGCUUGCCGAAGCCCCCUCAGGAUCCCCUCAACAAGGAUGGAACUGAAGGCCGAGGAGGAGGAGGUGGGUGGCGUCCAGCCGGUGAGCAUCCAGGCCUUCGCCAGCAGCUCCACACUGCACGGCCUGGCCCACAUCUUCUCCUACGAGCGGCUGUCUCUGAAGCGGGCACUGUGGGCCCUGUGCUUCCUGGGCUCCCUGGCUGUGCUGCUGUGUGUGUGCACGGAGCGUGUGCAGUACUACUUCCACUACCACCAUGUCACCAAGCUCGACGAGGUGGCUGCCUCUCAGCUUACCUUCCCUGCUGUCACGCUGUGCAACCUCAACGAGUUCCGCUUUAGCCAAGUCUCCAAGAAUGACCUGUAUCAUGCUGGGGAGCUGCUGGCCCUGCUCAACAACAGGUAUGAGAUACCAGACACACAGAUGGCAGAUGAAAAGCAGCUGGAGAUACUGCAGGACAAAGCCAACUUCCGCAGCUUCAAACCCAAACCCUUCAACAUGCGUGAGUUCUACGACCGAGCUGGGCACGACAUUCGAGACAUGCUGCUCUCCUGCCACUUCCGGGGGGAGGUCUGCAGCGCUGAAGACUUCAAGGUGAAGCCCAUGCAGGUGGCAAAGGAGCUCAGGCGAUGCACCCUACCAGGAACAGUUUUCCAGGGCACACAGAGGGCAAGAAAGGGUGAGAAACAGGUCUUCACACGCUAUGGAAAGUGCUACACGUUCAACUCGGGCCGAGAUGGGCGGCCGCGGCUGAAGACCAUGAAGGGUGGGACGGGCAAUGGGCUGGAAAUCAUGCUGGACAUCCAGCAGGACGAGUACCUGCCUGUGUGGGGGGAGACUGACGAGACGUCCUUCGAAGCAGGCAUCAAAGUGCAGAUCCAUAGUCAGGAUGAACCUCCUUUCAUCGACCAGCUGGGCUUUGGCGUGGCCCCAGGCUUCCAGACCUUUGUGGCCUGCCAGGAGCAGCGGCUCAUCUACCUGCCCCCACCCUGGGGCACCUGCAAAGCUGUUACCAUGGACUCGGAUUUGGAUUUCUUCGACUCCUACAGCAUCACUGCCUGCCGCAUCGACUGUGAGACGCGCUACCUGGUGGAGAACUGCAACUGCCGCAUGGUGCACAUGCCAGGGGAUGCCCCAUACUGUACUCCAGAGCAGUACAAGGAGUGUGCAGAUCCUGCUCUGGACUUCCUGGUGGAGAAGGACCAGGAGUACUGCGUGUGUGAAAUGCCUUGCAACCUGACCCGCUAUGGCAAAGAGCUGUCCAUGGUCAAGAUCCCCAGCAAAGCCUCAGCCAAGUACCUGGCCAAGAAGUUCAACAAAUCUGAGCAAUACAUAGGGGAGAACAUCCUGGUGCUGGACAUUUUCUUUGAAGUCCUCAACUAUGAGACCAUUGAACAGAAGAAGGCCUAUGAGAUUGCAGGGCUCCUGGGUGACAUCGGGGGCCAGAUGGGGCUGUUCAUCGGGGCCAGCAUCCUCACGGUGCUGGAGCUCUUUGACUACGCCUACGAGGUCAUUAAGCACAAGCUGUGCCGACGAGGAAAAUGCCAGAAGGAGGCCAAAAGGAGCAGUGCGGACAAGGGCGUGGCCCUCAGCCUGGACGACGUCAAAAGACACAACCCGUGCGAGAGCCUUCGGGGCCACCCUGCCGGGAUGACAUACGCUGCCAACAUCCUACCUCACCAUCCGGCCCGAGGCACGUUCGAGGACUUUACCUGCUGAGCCCCGCAGGCCGCUGAACCAAAGGCCUAGAUGGGGAGGACUAGGAGAGCGAGGGGGCCCCCAGCUGCCUCCUCACAUCUGCCCUGGGGACUCCCCACACUCCGGGGCAGAUCUUUCCUCUUGUCUGUGGUAAGGAAGGAGUCUUGACCAUAGAGUCCUCUCUCUGCCUCUAUCCCAUUCUUUUUACAUUUAACAAAACUAAUCUAAAAAAGAACUAAAAAGGGAGAACGGGGCAAGGGACCUCAGGCUGCCCCUCUCUCCUCCAUGCUGCCUCCCCUAGCUCCCAGCCUGAAUUCUGUCUAUCUAGCUGUCUGCCAUCUGAGUGUCCAUCUACAUUCUGCUGCCACCAGUCACCAAAGGCCCUUCCCAGUGAGGGGUGGAAGGGAUCUCUGGGGUCUGGAAUUUGGCCCCAAACCAGAGAAUGUACCUUAAGGGGGAGGGCUAGUGUGGGGGAGGGAGGCUUCCCCAGCCUUAAGAGACCCUCUCAGCCCAGUGACUGUCCCCAAACCCAAGUCUCCUGGCAGGAACUAAAACCUCAGCCCCACUCUCUCACACCAUGUGGAAUCUCGUGGGGGUCGGGGAUCCCCUUAAGAAGUGGUAAUGGGGACAAGAUGCGGCCCUGGUGCUGUAGGCUACAUCCUGAUACCUAUAAGUUCACCCCCACCCCACAGCUGCUGGAGAGAAAUCCCAAGAGGCAGCCCUUCCUCACCAUCCCAUUAAAGACCGGGCUGGUUAGCGUCCAGCUCAGGGAGAAGGGCGCUAGUGCCUAACCUCACUGGUCCCUCUCCCGGAGGCCCUUGUAGAGGGCCACGUCCAUAAAUUUUCUUAUGGAACUCUCCCACAUCCUCUUCCCCAACUUCAUUUGCUUCUCUCAACAACCUCAUCUGCAUUUUCUAUUUCUAUAUGAUACAGACUCUAUAUUGCUAUAUCUCUGUAUAUACUUUCCCAGCCCUGUCUGUCUCCACCCCAUCCCCUCUUGUCUCUGAGAACCAUUCUCCCACCCCAAGUUCCACCUUCUAUGUUUCUACUCCCUCCCUGGUCUCUGAAUGCCUUCGCCUGUAUAAAGAGUUGGACUCUCUCCCCUGGUGUCUGUACUGUGUACACACAUCCCUCUGAGAAGCACAAGGAGACGACACGCGCAUUGUAACCUUUGCACUGUCUCAGUGGCGACAAAGGAAGCUGUGAAUCACAAGCUCUGCCUCUUUCUGGCCUCACCCUCUCCCCCAACCCGGGCACCCUCGGCCCUCCCUGCAGCCUUAACAUUCUCUUCCCCUGCUCCUCCUAUCCCAUUGCCCUCUGCCCAGCUGACAGUGGCAUCCCCAGGGAAGGGGUUGCUGUAGAGAUAGCCCCCACCCAGGGGAUGGAGGUCUACCCUGGACACUAAGCCAAGUGUGUCAGAGACAGAAGGGAGCUGGGGAUUGGCGACUCCUGAAGUUGGGGCAGUGGGAUGCUGACAGGCAGAAGCUGAGGUCCUCAGUCAGUGGCCUUUCCUCCUUCUGGGUGCCCAGCCCCCUUUCCUCACCUGAUACCCAAGCCCACCACUUUUAUUUUCUGGUGAGGUGGGUUUGGGAGGAAAGAGAGGCCUAGAGGAGGAGUUGAAAGCUCUGCUGUUGUCUCACCCUAUCUUAAUGAGAGACAAGUGAGGUGGAGGGCCUGCCCCCCCUCCCUCCACCAGACACUCCUUCCAGGCCUGAGCCCCAACCCCUCUUCAGGCCUUCCUUCCCUAGCUGUGUCUUGGUCUUCAAUCCCAGAACAGGACCUGUGAGCAGCUGCAUUGGCCUGGAGCUGGAGAGUAAGGCUGUAGGAUCUUUGGAAUCUCUUGGUUCCUAAGAGUUUCCUCAGAGAUCAUACCUCCCCAGAGGGAAGCAGGAAUGAGGCCAAAAAGUGUGCAUUGGAUAGGGGAACAGCAGGCAGGGCUCUGGGUGACGCAUGCCUCUGGUCUAAUAAACUGGGUUUCAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1585.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1654.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 888.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((..((((((((((((....)).))).))..)))....(((((((.((((((..(((((..((((....(((..((.((.(((.....))).))))..))).(((((((.((.((((.(.(((.(((((((((((....((((((.((((.((((((((..((((((....))))))..)))))))).))))(.((((...)))))((((((((.(((.((((((...(((...)))...).))))).)))))))))))..))))))...)))))...).))))))))))))))).)))))))....(((...((((..((((((.....)))..))).)))).)))(((((((((((..(((((((((((.(((..(..((((.....(((....)))....))))..).))).)).)))..)))))).))))))))).)).))))((..((((...((((((...(((((....((((..((((((((((...(((((((((((.((((....)))).)))).)))))))..........(((((..(((((((((.((((((..(((((.((.((....((((...........))))....))...)).)))))..))))))...(((((((...(((((...(((((.(.(((.(((.(((.((.(((((((....(((((........(((((...)))))............)))))......)))))))((.((..((((.(((...........)))))))..))...))................((((.....)))).)).))))))))).).))))))))))..(((((((((((.((......)).))))))...)))))))))))).......)))))....))))..)))))....))))))))))....)))))))))..((((.....))))((((((..((((((.((.(..((((.((((((((((((((((..(((....(((.(((...))).)))......(((((.......))))))))..)))))))).....((((((((((((((..(((((((...((.((((((....)))))).))(.(((((((((((((.(((((((.(.((....)).).)))))))..))))))).((((((.(((.......(((..((((((......)))))))))...))).))))))((.(((((((.(((..(((........)))...)))..(((((((..(((((((....((((((((((.(((((.(((((((..(((((.(.((((.((((.....(((((((...((......((((((((.(((.....)))..(((((((.(((((.((.((((((((.....(((((.....((((..(((((((((..((((...)))).........((((((((((((((.....)))))......))))))))).((((((((........))))))))....)))))))))..)))).))))).......)))))).))...)).)).))))))))))....(((((........((..((((......))))..))..(((((.......)))))........)))))........)))))))).......))...))))))).......)))).)))).))))))................)))))))))))).))))......)))))).))))))))))))))...)))))))))........)))))).).......(((((.((....)).)))))....(((((...)))))......(((((((((.(((..((((.....((((((((((.(((..((((((((((((((...(((((((..(((....))).......(((.(((((.....(((((...((((((((((.(((...................((((.((....))...))))...(((.(.((((.((((..((((((.((((((((((..((...))..))))).).))))((((((((((((((.((((((((........))))))))..(((((((((((((..........)))))))))))))))))))).....(((((((.((((.....)))).))))))))))))))....((((((..((((.((((((((....(((.......)))....)))))))).......))))....))))))((((..(((((((((..((((((((((((((((((((((((((.((...((((..((..........))..))))...)).....((((((......)))))).....(((((..((((....((.....))..))))..)))))((((..(((((((((((........)))))).....))))).....))))..)))))).))).)))))))))))))))))......))))))...))).))))))))))...))))..)))).).)))....))))))))))))).............)))))...))))).)))..(((((......((((((((.(((....)))....(((.(((((.(.((((..((.((((((......))))))..))...)))).)))))....).))))))))))).)))))(((((((((......))).....)))))).....((.((((.(((..........))).)))).)))))))))(((.((((((.(((.(((((((........)))))))))))))))).))).........)))))))))))((((((......)))))).............)))..))).)).......))))))))........)))).))))))))))))...........(((((((...((((....))))..)))))))........))))))))))))))).))))))........((((.....(((((...)))))......))))............))))))).).))))..))).))))))..)))))).))))))....))))..)).)))))..)))))).))))))).((((....))))((((.((((((.(((.((((..((((........))))..)))))))....)))))).)).)).......(((((((...))).)))).((((.((((.((((((((.((((((((.(.....((((.......))))...(((((((((((.....((((.((...(((((....((((((((((((..(.(((((((..(.....(((((((.(((..(((((((((....)).)))))))..))).)))))))...((((...(((((((((......))))).))))))))....)..))))))).)....(((((.....)))))))))))))))))(((.(((((.....((((.(((.(((((...(.((.....)).)...))))).)))))))...(((((((.........(((((((((((((((..........)))..))))))))))))))))))).(((((((.(((((((.((((...((((.(((..((((((...............))))))((((.(((((((((............)))))))))...)))).......)))..))))..)))).))))))))))))))..........((((.(((.((........)).)))))))..))))).))).(((.....)))..))))).)))))))))))))))))(((((((((((.(((((((...))))))).))))..)))))))...........).))).)).)))..)))))))).)))).).)))..))..)))))..(((.(((((..((((.....)).)).)))))))).............(((....))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{((((({({(((,((((,,...}))},))}.}..|||,,{,(((((((|(((((({{((((({.,,((((...)}}},(,(({(((,,,{,}}},||||.{{(,.(((((((.((.((((.{.(((.(((((((((((....((((((.((((.((((((((..((((((....))))))..)))))))).)))){.((((...})))}((((((({.(((,{{{||||..|||,,,},),},}.))))),)))))))))))..))))))...)))))...}.))))))))})))))).)))))))....|||.{.((((..((((((.....)))..))).)))).))|(({((((((((,,((((((((({{.{{|},{({((((..,,.(((....|}}.|,,|}}||.,.)})|||||)}.,)))))).})))))))).}).}}))}},.,}}}},||||||{.,,|||}))}),||))}||||||||||..,{(((({(({(((,((((..,,|||}.}|||{|}|||||.............(((((.((((.........)))).))))|,||,.},,}})},........,|||||||},}}||||}..,,.,..,||||...{({.{{({,,.,((((({.(.((((......)))).}))))))}}))))))).,,))}}.......(((((...})))).,.,,}}||||}||||}..|...,||,|}}||,||,.||||,||,....{|,,..,}}}|||||.||..,{{{{..{{({....{{(((.((((((((.(.(((..(((((((.,,{{.,|,|{{.{{{(((((((((((.((......)).))))))...)))))).)),...}}},,..)),,.))))).)).))).)....)))))))).)),}})...,......((((.....)))){(((((..((((((.({,(..((((.((((((((((((((((..(((..,,((,.(((...))).))),.....(((((.......))))))))..))))))))..,..((((((((((((((..(((((((,,,.,.((((((....)))))){||...(({(.(((((((.(,((((({{.((....)).}.)))))).,.)))))))..,,,||}|,|.}}}...{{{..((((((......})))))|||{.,|||,||||{((({.(((({{(((({...|}.}}}..).))))))))},(((((((..(((((((....((((((((((.(((((.(((((((..(((((.(.((((.((((.....(((((((...{{......((((((((.(((.....)))..(((((((.(((((.((.((((((((.,...(((({.....((((..{((((((((..((((...)))).........((((((((((((((.....))))}.....,))))))))).,(((((((........)))))))),.,.))))))))}..)))).}))))...,...)))))).))...)).)).))))))))))....(((((.{,...,,((..((((......))))..))..(((((.......)))))........)))))........)))))))).......}}...))))))).......)))).)))).))))))........,,......)))))))))))).))))......)))))).))))))))))))))...{({|((((((((.....)))))))).,)))..{{{{{.{|,,,.)}.)))),....(((({...})))).||.,.((((((((,,(((..((((.....((((((((((.(((..((((((((((((((.,,(((((((..(((....))).......(((.(((((.....(((((...((((((((((.(((..,{{.(({{.....{,..,,,,.,,....))...}}))}}}||,.(.((((.((((..(((((({(((({(((((..{{...}}..))))).}.})))|((((({(((((((.((((((((........))))))))..(((((((((((((..........)))))))))))))))))))).....(((((((.((({.....)))).)))))))))))))},,,,((((((..((((.((((((((....(,,.......,))....)))))))).......))))....)))))}((((..(((((((((..((((((((((((((((((((((((((.((...((((..((..........))..))))...)),,...((((((......)))))).,,||(((((,,{({(....((,,,,,||,.}}))..)))))|{||,.(((((((((((........)))))),....})))).....)))}..))))))))}).)))))))))))))))))......))))))...))).))))))))))...))))..)))).}.,,,....))))))))))))).............)))))...))))).))),.{{,{{.....,|||(((((.((((.{((((,,,........|,|.}||}},,.((((.((({{((......)))))).)))).}|,.,|,......,,,,))))})))))}}.((((((((,{{....)))}....)))))).....{{.((((.(((..........))).)))).}))))))))(((.(((((,,(((.(((((((........)))))))))))))))).)))......,,.))))))))))|((((((......))))))}...........,)))..))).)}.,.....})))))))........)))).))))))))))))...,,..,,,.(((((((...{(((....})))..))))))),,,.,}}.))))))))))))))).)))))),,,.....((((.....(((({...}))))......))))............))))))).).))))..))).))))))..)))))}.{{(({{....{{{{{...})))),{{||||||,||,||||{.{{||||||))}|{((.((((((.(((.((((..((((........))))..)))))))....)))))).)).},...,{{.(((((((...))),}))),|{||.((((.((((((((.((((({((.......((((......,))))..,(((((((((((.....((({,({...(((((...,{(((((((((((..{.(((((((,,(.....(((((((.(((..(((((((((....)).)))))))..))).)))))))...|||{..,((({(((((......))))),})}},}}}....},,))))))).}..,.(((((.....))))))))))))))))}{{{.,{{{{|,,..((((.(((.(((((..,{.((.....}).,},.))))).}))))))...{{{{{{(,........((((((((((((,,,.,........)))}.))))))))))))}||}|||.(((((((.(((((((.((((...((((.((({,((((((.............,.))))))|(({.(((((((((...,........)))))))))..,)}},.....,,)))..))))..)))).)))))))))))))).,,,.,,|{{((((.{{{.(({({,....,..})}.})))))),,,.,)))}}}}....})}..))))).)))))))))))))))))|((((({((((.(((((((...))))))).))))..))))))}.....,,....).))),}).)))..)))))))).)))).),)))..,,.,)))))}.,,|}|||||}}|.|,}}}}})).)).)))}}}))}}.........,}|},.....}}.
Back