Basic Information
Symbol
ASMTL
RNA class
mRNA
Alias
Acetylserotonin O-Methyltransferase Like
Probable Bifunctional DTTP/UTP Pyrophosphatase/Methyltransferase Protein
N-Acetylserotonin O-Methyltransferase-Like Protein
Acetylserotonin N-Methyltransferase-Like
ASMTLX
ASMTLY
ASTML
Location (GRCh38)
X:1403138-1453786
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
MANE select
Transcript ID
NM_004192.4
Sequence length
2065.0 nt
GC content
0.6150
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-894.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-928.56 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
547.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((.((((..((((((((.(((....))).)))).))))(((((((.((((((((((((((((...((((((((((...((((.((.((((..((.((((...))))))..)))))).))))..)))).....(((((((.(......).))))))).(((..((((.(((....((((.((((......))))))))....))).)))).))).........)))))))))))))...(((((...(((......)))..)))))...(((((((...((((((.......(((.((((((((...(((((..((.((....)).))))))).)))))))).))).))))))...)))))))((((...(..(((((((.(((....)))(((((......)))))..((((((...))))))..)))))))..)...)))).....((((((...........))))))((((...((((((........))))...))...))))..(((((((((((.(((....)).).))))))))))).))))))).)).)))))))..((.((...(((.((((...((((.....((...((((((((..(((.(.(((((((...((((.............))))...))))))).(((..((((...(((....))).))))..)))........(((((((...((((((..((((((((((..(((......)))....)))..)))))))...))))))....((((.........)))))))))))((((..(((..((((......(((((....))))).))))..)))))))..((((((((((((((((((....)).(((((((.(((((...(((....((((.......))))..))).)))))(((.(((((.((.....(((((..((.((((((((..(((....))).((((..((...(((..((((((..((((......))))..)))))).)))...)).))))....((((((....((((((((((((.(((.....))).))))))..(((....(((((((((..((...((((.((.......))))))...))..)))...))))))..))).....))))))))))))..))))))))))..))))).((((((((((.((((((......(((.((.(.((((.((((((.........(((((((.(((.((((.............(((((.((....)).)))))(((.....(((((...)))))))).))))))).))).))))((((((....)).)))))))))))))).))).))).....)))))).)))))))..))))).))))).)))..)))))))....)))))))))))))))).(((((((((((.(((..(((.(((((((((.((......)).))..)))))))))).))).))).))))))))...(((((((......)))))))...).)))..))))))))...)).....))))..)))).))).)).))..((((((..(((((((((..........((((.....))))..((.((..((((((..((.((.((..((((((((.(((.((((..(((......))).....)))).))))))))))))))).))..))).)))..)).))..))))))))).))))))....(((((.....))))).....))))))))))))))..)))...(((((((.(((((((((.(((..(((((...((.....))(.((((((((((((((....)))))))....(((((..((((((..(((((((((.....)))))))))((((.(((((((..((((...))))..))..)).))))))).))))))...)))))............((((.....))))))))))).).((.(((((....))))))).............))))).)))...)))))))..)))))))))..........((....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((((((((((.({((.{((((((((.(((....))).)))).))))(((((((.((((((((((((((((,,,((((((((((.,.((({.((.((((,.(,{((((...)))))},,}))))),)})),}))))..,..(((((((.(......).))))))).{{{..((((.(((,...((({,((({......}))))))}....))).)))),}}}.{,,,....)))))}))))))),|.,{(((...{{{..|||,||},.))}))}}.{((((((...((((({.......(((.((((((((...(((((..((.((....)).))))))).)))))))).))).})))))...))))))|((((...{..(((((((.{((.,,,|||(((((......))))}..{{{{{|,,,))}))}..))))))).,,...)))),}||,{(((((........,,.)))))}{{((||||(((((........))))}..,|...}))}..(((((((((((.{({,,.,}}|},)))))))}}}}.))))))).)).))))))),.{{.{(...(((.((((...((((.....((...((((((((..((({({(((((((...,.,{.|}}|},,,,...|(|((((((.||||,(((..{{((...{{{....))),}))},.)}),,,,,,,)|||||{|,}.(({{((.,({(((((((((,(({....,,})),}}.}}},.)))))))...))))))....{{((,,,..,.}|))))))))))}((({|.{((,.{{{{......(((((....))))).))))..)))))}),}((((((((((((((((((..(((..(((((...(((((...(((..{{(({{.....,.})))}.))).)))))))))))))..))}(((((((((({...,(((((((..(((....))).((((..((...(((..((((((..((((......))))..)))))).)))...)).))))....((((((....((((((((((((.(((.....))).)))))),,(((....(((((({((,.,{...((({{((.......))))))...))..))),..})))))..}}}.....))))))))))))..)))))))||....,,,,.((((((((((.((((((.,....(((.((.(.((({{((((((.........(((((((.(({{((((.....,,,.,...(((((.((....)).))))){,,....,{({{,...}))))))).))))))).))).))))((((((....)).)))))))))))))).))).)))....,)))))).)))))))..)))|{(((....))),}))))))))))))))))))))))))))}.(((((((((((.(((..(((.((((((({{.((,,,...,,.)),,)))))))))).))).))).))))))))...(((((((......))))))).,,).}))..)))))))}...}}.....)}})..)))).|)).|},}}..((((((..(((((((((,........,(((,..,,,)}}}{.((.((,.((((((.,(,,({.((..((((((((.(((.((((..(((......))).....)))).)))))))))))))},,)}}}))),,)),.)),)).,))))))))).))))))..,.{((((.....)))))..,.,)))))))))))))),,))}.,,((((({{,((((((((({((({,(,(({..{((..,..||{,({{(({{{{{{|{{,,.,)})))))},,||||||,,((({((,.(((((((((.....)))))))))((((,{{{|{{{..|||,...,|||,,|},..),))))}}|,)}}))),.,))))),}}}}}}.....((({.....)))))))})}),),((.(((((....)))))))..,,,||...}}.)}))).}}}.,,,)))))),,}))))))))..........{{....}}...
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| ACUCCCCUCCCACCAGGCACGAGGACAUCCCCAUCCCCACGCCACUCGC… | 2042 nt | 0.6126 | |
| CAGCCGCGCUGCGCGCACCGCGGGCUCCGGGCUCAGAAGUGCGGACGCC… | 2017 nt | 0.6143 | |
| CAGCCGCGCUGCGCGCACCGCGGGCUCCGGGCUCAGAAGUGCGGACGCC… | 2065 nt | 0.6150 |
Summary
The protein encoded by this gene has an N-terminus that is similar to the multicopy associated filamentation (maf) protein of Bacillus subtilis and to orfE of Escherichia coli, while the C-terminus is similar to N- acetylserotonin O-methyltransferase. This gene is located in the pseudoautosomal region 1 (PAR1) of X and Y chromosomes. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2010]
Forensic Context
A study in rats demonstrated that the ASMTL transcript was differentially expressed in the hypothalamus during hypothermia, with its expression being three times more abundant in hypothermic hypothalami (9 tags) compared to control hypothalami (3 tags) [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2012.04.017]. This finding was part of a broader transcriptomic analysis identifying 367 statistically significant differentially expressed transcripts, where the ASMTL was cataloged as an RNA marker for hypothermia diagnosis.