Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004192.4
Sequence Length
2065 nt
GC Content
0.6150
CAGCCGCGCUGCGCGCACCGCGGGCUCCGGGCUCAGAAGUGCGGACGCCCGGCUCCCGGCGUGGACGCCAUGGUGCUGUGCCCGGUGAUUGGGAAGCUGCUGCACAAGCGCGUGGUGCUGGCCAGCGCCUCCCCACGCCGUCAGGAGAUCCUCAGCAACGCGGGUCUCAGGUUUGAGGUGGUCCCCUCCAAGUUUAAAGAGAAGCUGGACAAAGCCUCCUUCGCUACUCCGUAUGGGUACGCCAUGGAGACCGCCAAGCAGAAGGCCCUGGAGGUGGCCAACCGGCUGUACCAGAAAGACCUGCGGGCCCCCGACGUGGUCAUUGGAGCGGACACGAUCGUGACAGUCGGGGGGCUGAUUCUGGAGAAGCCGGUGGACAAGCAGGACGCCUACAGGAUGCUGUCCCGGUUGAGUGGGAGAGAACACAGCGUGUUCACAGGUGUCGCGAUCGUCCACUGCUCCAGCAAAGACCAUCAGCUGGACACCAGGGUCUCGGAAUUCUACGAGGAAACGAAGGUGAAGUUCUCGGAGCUGUCCGAGGAGCUGCUCUGGGAAUACGUCCACAGCGGGGAGCCCAUGGACAAAGCUGGCGGCUACGGGAUCCAGGCCCUGGGCGGCAUGCUGGUGGAGUCCGUACACGGGGACUUUCUGAACGUGGUGGGAUUCCCGCUGAACCACUUCUGCAAGCAGCUGGUGAAGCUCUACUACCCGCCCCGUCCGGAGGACCUGCGGCGGAGUGUCAAGCACGACUCCAUCCCGGCCGCGGACACCUUCGAAGACCUCAGUGACGUGGAGGGGGGCGGCUCGGAGCCCACUCAGAGGGACGCGGGCAGCCGCGAUGAGAAGGCCGAGGCGGGAGAGGCGGGACAGGCCACGGCAGAGGCUGAGUGUCACAGGACUCGGGAGACCCUGCCUCCGUUCCCGACACGCCUCCUGGAGCUGAUUGAGGGCUUUAUGCUAUCCAAGGGCCUGCUCACCGCUUGCAAACUGAAGGUGUUCGAUUUGUUAAAAGAUGAAGCACCCCAGAAGGCUGCGGAUAUUGCCAGCAAAGUGGACGCCUCUGCGUGUGGAAUGGAGAGGCUUCUGGACAUCUGUGCUGCCAUGGGGCUCCUGGAGAAGACAGAGCAAGGUUACAGUAACACAGAGACAGCGAACGUCUACCUGGCAUCGGAUGGCGAAUACUCUCUGCACGGCUUCAUCAUGCACAAUAAUGACCUCACAUGGAACCUCUUUACAUACCUGGAGUUUGCCAUCCGAGAGGGAACAAACCAGCACCACAGGGCGUUGGGGAAGAAGGCGGAAGAUCUGUUCCAGGAUGCGUACUACCAGAGCCCGGAGACGCGGCUGAGGUUCAUGCGGGCCAUGCACGGCAUGACGAAGCUGACUGCGUGCCAGGUGGCCACGGCCUUCAAUCUGUCCCGCUUCUCCUCCGCCUGCGACGUGGGAGGCUGCACGGGUGCACUGGCCCGAGAGCUGGCCCGUGAGUACCCUCGUAUGCAGGUGACUGUGUUUGACCUCCCAGACAUUAUCGAGCUGGCCGCCCACUUCCAACCCCCCGGACCGCAGGCAGUGCAGAUCCACUUCGCAGCAGGUGACUUUUUCAGGGACCCCCUCCCCAGCGCUGAGCUGUACGUCCUGUGCCGGAUCCUGCAUGACUGGCCAGACGACAAAGUCCACAAGUUACUCAGCAGGGUCGCCGAGAGCUGCAAGCCAGGGGCCGGCCUGCUGCUGGUGGAGACGCUCCUGGAUGAGGAGAAGAGGGUGGCGCAGCGCGCCCUGAUGCAGUCACUGAACAUGCUGGUGCAGACUGAAGGCAAGGAGCGGAGCCUGGGCGAGUAUCAGUGCUUGCUGGAGCUGCACGGCUUCCACCAGGUGCAGGUGGUGCACUUGGGGGGUGUCCUGGAUGCCAUCUUGGCCACCAAAGUGGCCCCCUGAAGCCCAGGCAGCAUGUUCAUUAUAGGGAUGUCCUCCCCCAGGCUGCAGGUGGACCGCCCGGUCCCCAAGUACCAUAGGACAGUCACAUAGGAGCGUGUAGUCGUGACUGAAUAAAGAAAGCAAAAGCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-894.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -928.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((.((((..((((((((.(((....))).)))).))))(((((((.((((((((((((((((...((((((((((...((((.((.((((..((.((((...))))))..)))))).))))..)))).....(((((((.(......).))))))).(((..((((.(((....((((.((((......))))))))....))).)))).))).........)))))))))))))...(((((...(((......)))..)))))...(((((((...((((((.......(((.((((((((...(((((..((.((....)).))))))).)))))))).))).))))))...)))))))((((...(..(((((((.(((....)))(((((......)))))..((((((...))))))..)))))))..)...)))).....((((((...........))))))((((...((((((........))))...))...))))..(((((((((((.(((....)).).))))))))))).))))))).)).)))))))..((.((...(((.((((...((((.....((...((((((((..(((.(.(((((((...((((.............))))...))))))).(((..((((...(((....))).))))..)))........(((((((...((((((..((((((((((..(((......)))....)))..)))))))...))))))....((((.........)))))))))))((((..(((..((((......(((((....))))).))))..)))))))..((((((((((((((((((....)).(((((((.(((((...(((....((((.......))))..))).)))))(((.(((((.((.....(((((..((.((((((((..(((....))).((((..((...(((..((((((..((((......))))..)))))).)))...)).))))....((((((....((((((((((((.(((.....))).))))))..(((....(((((((((..((...((((.((.......))))))...))..)))...))))))..))).....))))))))))))..))))))))))..))))).((((((((((.((((((......(((.((.(.((((.((((((.........(((((((.(((.((((.............(((((.((....)).)))))(((.....(((((...)))))))).))))))).))).))))((((((....)).)))))))))))))).))).))).....)))))).)))))))..))))).))))).)))..)))))))....)))))))))))))))).(((((((((((.(((..(((.(((((((((.((......)).))..)))))))))).))).))).))))))))...(((((((......)))))))...).)))..))))))))...)).....))))..)))).))).)).))..((((((..(((((((((..........((((.....))))..((.((..((((((..((.((.((..((((((((.(((.((((..(((......))).....)))).))))))))))))))).))..))).)))..)).))..))))))))).))))))....(((((.....))))).....))))))))))))))..)))...(((((((.(((((((((.(((..(((((...((.....))(.((((((((((((((....)))))))....(((((..((((((..(((((((((.....)))))))))((((.(((((((..((((...))))..))..)).))))))).))))))...)))))............((((.....))))))))))).).((.(((((....))))))).............))))).)))...)))))))..)))))))))..........((....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((((((((((.({((.{((((((((.(((....))).)))).))))(((((((.((((((((((((((((,,,((((((((((.,.((({.((.((((,.(,{((((...)))))},,}))))),)})),}))))..,..(((((((.(......).))))))).{{{..((((.(((,...((({,((({......}))))))}....))).)))),}}}.{,,,....)))))}))))))),|.,{(((...{{{..|||,||},.))}))}}.{((((((...((((({.......(((.((((((((...(((((..((.((....)).))))))).)))))))).))).})))))...))))))|((((...{..(((((((.{((.,,,|||(((((......))))}..{{{{{|,,,))}))}..))))))).,,...)))),}||,{(((((........,,.)))))}{{((||||(((((........))))}..,|...}))}..(((((((((((.{({,,.,}}|},)))))))}}}}.))))))).)).))))))),.{{.{(...(((.((((...((((.....((...((((((((..((({({(((((((...,.,{.|}}|},,,,...|(|((((((.||||,(((..{{((...{{{....))),}))},.)}),,,,,,,)|||||{|,}.(({{((.,({(((((((((,(({....,,})),}}.}}},.)))))))...))))))....{{((,,,..,.}|))))))))))}((({|.{((,.{{{{......(((((....))))).))))..)))))}),}((((((((((((((((((..(((..(((((...(((((...(((..{{(({{.....,.})))}.))).)))))))))))))..))}(((((((((({...,(((((((..(((....))).((((..((...(((..((((((..((((......))))..)))))).)))...)).))))....((((((....((((((((((((.(((.....))).)))))),,(((....(((((({((,.,{...((({{((.......))))))...))..))),..})))))..}}}.....))))))))))))..)))))))||....,,,,.((((((((((.((((((.,....(((.((.(.((({{((((((.........(((((((.(({{((((.....,,,.,...(((((.((....)).))))){,,....,{({{,...}))))))).))))))).))).))))((((((....)).)))))))))))))).))).)))....,)))))).)))))))..)))|{(((....))),}))))))))))))))))))))))))))}.(((((((((((.(((..(((.((((((({{.((,,,...,,.)),,)))))))))).))).))).))))))))...(((((((......))))))).,,).}))..)))))))}...}}.....)}})..)))).|)).|},}}..((((((..(((((((((,........,(((,..,,,)}}}{.((.((,.((((((.,(,,({.((..((((((((.(((.((((..(((......))).....)))).)))))))))))))},,)}}}))),,)),.)),)).,))))))))).))))))..,.{((((.....)))))..,.,)))))))))))))),,))}.,,((((({{,((((((((({((({,(,(({..{((..,..||{,({{(({{{{{{|{{,,.,)})))))},,||||||,,((({((,.(((((((((.....)))))))))((((,{{{|{{{..|||,...,|||,,|},..),))))}}|,)}}))),.,))))),}}}}}}.....((({.....)))))))})}),),((.(((((....)))))))..,,,||...}}.)}))).}}}.,,,)))))),,}))))))))..........{{....}}...
Back